Para a maioria, os protozoários parasitas vivem em um ambiente bastante constante. A temperatura flutua muito pouco, ou não flutua de todo, dentro do hospedeiro, a dessecação não é um risco, e os alimentos estão em constante fornecimento. Os protists de vida livre, por outro lado, enfrentam mudanças de temperatura, acidez aquática, fornecimento de alimentos, umidade e luz, a curto ou longo prazo. Muitos protozoários reagem a condições ambientais adversas por meio de um ataque de foice: eles secretam uma parede espessa e dura ao redor de si mesmos e entram efetivamente em um estado de quiescência comparável à hibernação. A capacidade de formar um cisto resistente é generalizada entre diversos grupos de protistas e provavelmente desenvolveu-se no início da sua história evolutiva. Os quistos de repouso também são facilmente transportados pelo vento e formam um importante meio de dispersão para espécies que vivem no solo ou são comuns em lagoas e piscinas efémeras. Em climas com estações frias distintas, o cisto pode ser uma fase importante no ciclo de vida anual.
A parede do cisto é composta por um número variável de camadas, cujos componentes são dependentes das espécies. Durante o processo de formação do cisto, a célula protozoária sofre uma série de alterações que reduzem consideravelmente a complexidade do organismo. Os organismos flagelados e ciliados perdem seu flagelo e cílios, o vacúolo contrátil e os vacúolos alimentares desaparecem, e a distribuição dos organelos dentro da célula pode ser reorganizada. Em algumas espécies o volume celular diminui consideravelmente. Estas mudanças são revertidas durante o processo de excystment.
Certos tintinnídeos planctônicos marinhos são programados para sair de seus cistos em massa em épocas do ano em que o fornecimento de alimentos é abundante. Helicostomella subulata, por exemplo, exciste em junho em águas temperadas e se torna numerosa de julho a outubro. Volta a entrar em contacto em Outubro, afundando-se nos sedimentos, onde permanece até ao ano seguinte. O cisto é uma parte normal do ciclo de vida anual, e até populações de laboratório deste ciliado ao mesmo tempo que a população natural. Este tipo de padrão de estratégia de vida tem sido demonstrado em vários outros ciliados e em algumas amebas.
Para os protozoários do solo, o cisto é um refúgio importante quando a umidade do solo desaparece ou quando a água do solo fica congelada. Em solos que estão sujeitos ao congelamento e descongelamento periódico a curto prazo, os protozoários rapidamente excitem, se alimentam e se reproduzem e depois encitem novamente quando a água do solo se torna temporariamente indisponível para eles.
O cisto desempenha um papel importante nos ciclos de vida de vários protozoários parasitas que têm uma fase de dispersão livre, tais como Entamoeba histolytica e Cryptosporidium. Os cistos são excretados nas fezes do hospedeiro e sobrevivem na água ou no solo. Os humanos são geralmente infectados bebendo água contaminada ou comendo frutas e vegetais crus cultivados onde as fezes humanas são usadas como fertilizante.
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A.L. Leu
alguns protozoários de água doce, especialmente os ciliados Spirostomum, Loxodes e Plagiopyla, evitam condições desagradáveis, especialmente falta de oxigénio, abandonando o seu modo de vida de base e nadando para cima para se posicionarem a um nível onde algum oxigénio esteja disponível mas onde não estejam em competição directa com espécies planctónicas. Eles permanecem lá até que o oxigénio se torne novamente disponível no fundo do lago, altura em que migram para baixo.
A ocorrência generalizada de mixotrofia envolvendo simbiose algal e a retenção e sequestro dos plastídeos das presas fotossintéticas pelos protozoários planctónicos é considerada uma adaptação a águas onde a alimentação é limitada. As ciliadas que retêm os plastídeos parecem ser muito mais comuns em águas onde os alimentos são escassos do que em águas produtivas. Existe uma relação inversa entre esta forma de mixotrofia e a produtividade do ecossistema.