FLAG-tag, ou FLAG octapeptide, ou FLAG epitope, é um tag de proteína polipéptida que pode ser adicionado a uma proteína usando tecnologia de DNA recombinante, tendo o motivo da seqüência DYKDDDK (onde D=ácido aséptico, Y=tirosina, e K=lysina). É uma das etiquetas mais específicas e é um antígeno artificial ao qual foram desenvolvidos anticorpos monoclonais específicos de alta afinidade e, portanto, pode ser usado para purificação de proteínas por cromatografia de afinidade e também pode ser usado para localização de proteínas dentro de células vivas. Tem sido utilizado para separar as proteínas recombinantes, sobreexpressas, das proteínas do tipo selvagem, expressas pelo organismo hospedeiro. Também pode ser usada no isolamento de complexos proteicos com múltiplas subunidades, porque o seu procedimento de purificação suave tende a não perturbar tais complexos. Tem sido usada para obter proteínas de pureza e qualidade suficientes para realizar a determinação da estrutura 3D por cristalografia de raios X.
A FLAG-tag pode ser usada em muitos ensaios diferentes que requerem o reconhecimento por um anticorpo. Se não houver anticorpos contra uma determinada proteína, adicionar uma FLAG-tag a uma proteína permite que a proteína seja estudada com um anticorpo contra a sequência FLAG. Exemplos são os estudos de localização celular por imunofluorescência, imunoprecipitação ou detecção por eletroforese da proteína SDS PAGE e Western blotting.
A sequência peptídeo da FLAG-tag do N-terminus para o C-terminus é: DYKDDDDK (1012 Da). Adicionalmente, pode ser usado em tandem, comumente o peptídeo 3xFLAG: DYKDHD-G-DYKDHD-I-DYKDDDDK (com a tag final codificando um local de clivagem enterokinase). Pode ser fundido ao términus C ou ao términus N de uma proteína, ou inserido dentro de uma proteína. Alguns anticorpos comercialmente disponíveis (por exemplo, M1/4E11) só reconhecem o epitópo quando este está presente no términus N. No entanto, outros anticorpos disponíveis (por exemplo, M2) são insensíveis à posição. O resíduo de tirosina na etiqueta FLAG pode ser sulfatado, o que pode afectar o reconhecimento de anticorpos do epitopo FLAG. A etiqueta FLAG pode ser usada em conjunto com outras etiquetas de afinidade, por exemplo, uma etiqueta de polistidina (His-tag), HA-tag ou myc-tag.