Apesar de ser desejável a imagem de células vivas, ela nem sempre é viável e em muitas situações as células são fixadas a fim de fornecer um ‘instantâneo’ da natureza e distribuição das moléculas dentro de uma célula, minimizando as mudanças do movimento celular, degradação da amostra, etc. Há uma grande variedade de métodos de fixação disponíveis que agem através de diferentes mecanismos e em diferentes componentes celulares. Cada método tem vantagens e desvantagens e uma escolha do método de fixação a escolher para um determinado experimento precisa levar esses fatores em consideração. Aqui usamos as imagens espectroscópicas Raman de células vivas, e comparadas com células preservadas com aldeído, ou métodos de fixação baseados em solventes orgânicos para avaliar as mudanças químicas induzidas por cada fixador, e seu impacto na qualidade das imagens que podem ser obtidas a partir de células fixas. Em geral, os métodos de fixação de aldeídos tiveram um desempenho significativamente melhor do que os solventes orgânicos com perda menos severa de informação bioquímica. Os fixadores à base de aldeídos mostram um conteúdo bioquímico alterado das células, atribuído à formação de adutos, mas isto pode ser minimizado através da optimização da temperatura de fixação, ou através da remoção da formação de adutos por tratamentos de permeabilização à base de detergentes como segunda etapa (ao custo da perda de outras informações bioquímicas). Os resultados mostraram que os solventes orgânicos, por outro lado, levam a uma grave perda de conteúdo celular, atribuída à perda de integridade da membrana após a remoção dos lípidos. Além disso, a fixação com aldeídos antes da permeabilização com solventes orgânicos não proporciona uma proteção adequada do conteúdo citoplasmático. O uso de imagens Raman é ideal para comparar grupos de células em termos de seu conteúdo molecular, e os resultados mostram que os métodos de fixação com aldeídos são preferíveis para estudos onde o conteúdo molecular geral das amostras é importante. Embora não exista um método de fixação universal para cada aplicação, os resultados nos permitem fornecer alguns princípios gerais: onde a semelhança espectral com células vivas é importante, a fixação com paraformaldeído à temperatura ambiente é preferível, ao custo de alguma bolha e formação de vacúolos. Onde a preservação da estrutura celular ou distribuição biomolecular é importante, uma mistura de paraformaldeído e glutaraldeído seria mais apropriada, mas ao custo de algumas mudanças no perfil espectral, particularmente em bandas relacionadas ao DNA.