Después de décadas de gobierno bajo una dictadura militar, con sólo destellos de momentos en los que gobernaban civiles, el gobierno democrático se restableció con la elección de Hernán Suazo en 1982. Tras la elección de Suazo, los despidos en la industria minera del estaño provocaron la emigración a la región boliviana del Chapare, donde los emigrantes dependían del cultivo de la coca para subsistir y organizar su comercio. Las Seis Federaciones de Cocaleros, una unidad compuesta por sindicatos agrarios, gobernaban y mantenían la región en ausencia de una presencia estatal. Mientras se asentaba la región del Chapare, Estados Unidos restableció la ayuda que había sido cortada durante el golpe militar de 1980. La ayuda incluía fondos para el control de las drogas, así como 4 millones de dólares para la creación y el mantenimiento de UMOPAR, una unidad de policía rural antidroga.
La coca es una medicina sagrada para el pueblo aymara de los Andes, que utiliza el té de coca como estimulante para proporcionar energía en las alturas, para aliviar los dolores de cabeza y para aliviar el dolor menstrual. En junio de 2002, el embajador de Estados Unidos, Manuel Rocha, condenó a Evo Morales en un discurso, advirtiendo a los votantes bolivianos que si elegían a alguien que quisiera que Bolivia volviera a ser un gran exportador de cocaína, el futuro de la ayuda estadounidense estaría en peligro. El discurso fue ampliamente reconocido por generar un enorme impulso de más de diez puntos para Morales en las siguientes elecciones, quien estuvo a dos puntos de ganar la votación presidencial nacional. Morales llamó a Rocha su «jefe de campaña».
El Departamento de Estado de EE.UU. señala que el control de los narcóticos ilegales es un tema importante en la relación bilateral. Durante siglos, la hoja de coca boliviana se ha masticado y utilizado en rituales tradicionales, pero en los años 70 y 80 la aparición del narcotráfico condujo a una rápida expansión del cultivo de coca utilizado para fabricar cocaína, especialmente en la región tropical del Chapare, en el departamento de Cochabamba (que no es una zona tradicional de cultivo de coca). en 1986, EE.UU. utilizó sus propias tropas en la Operación Blast Furnace, «la primera gran operación antidroga en suelo extranjero en la que participaron públicamente fuerzas militares estadounidenses»). Los funcionarios estadounidenses afirmaron que esta acción militar era necesaria para cerrar los laboratorios de cocaína, bloquear las rutas de comercio de cocaína y confiscar los aviones de carga sospechosos de transportar cocaína. La presencia de Estados Unidos en el país provocó protestas por la violación de la soberanía de Bolivia. En 1988, una nueva ley, la 1008, reconoció que sólo 12.000 hectáreas en los Yungas eran suficientes para satisfacer la demanda lícita de coca. La Ley 1008 también establecía explícitamente que la coca cultivada en el Chapare no era necesaria para satisfacer la demanda tradicional de masticación o de té, y la ley exigía la erradicación, con el tiempo, de todo el «exceso» de coca.
Para lograr ese objetivo, los sucesivos gobiernos bolivianos instituyeron programas que ofrecían compensaciones en efectivo a los cocaleros que erradicaran voluntariamente, y el gobierno comenzó a desarrollar y promover cultivos alternativos adecuados para que los campesinos los cultivaran. A partir de 1997, el gobierno puso en marcha una política más eficaz de desarraigo físico de las plantas de coca ilegales, y la producción de coca ilegal de Bolivia se redujo en los cuatro años siguientes hasta en un 90%. Este plan, denominado Plan Dignidad, fue lanzado por el presidente Hugo Banzer. Basado en el concepto de «responsabilidad compartida con la comunidad internacional, los «cuatro pilares de acción» del Plan Dignidad incluían «desarrollo alternativo, prevención y rehabilitación, erradicación e interdicción». El desarrollo alternativo habría proporcionado nuevas oportunidades a los cocaleros para que no dependieran de los ingresos obtenidos de los cultivos de coca y pudieran dejar de cultivarla por completo.
Sin embargo, esta erradicación «forzosa» sigue siendo controvertida, y sindicatos de cocaleros bien organizados han bloqueado carreteras, acosado a los erradicadores de la policía y, en ocasiones, han recurrido a la violencia para protestar contra la política. En respuesta, las fuerzas de seguridad del gobierno anterior han utilizado la fuerza. En 1998, la Fuerza de Tarea Conjunta (FTC), una unidad combinada de policías y militares, estacionó a sus miembros en la región del Chapare. En 2001, se creó la Fuerza de Tarea Expedicionaria (ETF), de carácter paramilitar, con financiación de la embajada estadounidense. Aunque las tropas de la ETF eran civiles, los oficiales al mando eran militares bolivianos. El uso de las fuerzas de seguridad y el hecho de que el gobierno no negociara y/o mantuviera los acuerdos con los cocaleros dieron lugar a abusos de los derechos humanos. En lugar de ser juzgados en tribunales civiles de acuerdo con el derecho constitucional boliviano, los casos de abusos contra los derechos humanos fueron juzgados en tribunales militares, si es que fueron juzgados. En algunos casos, los enfrentamientos entre las fuerzas de seguridad y los cultivadores o distribuidores de coca se han saldado con heridos y muertos, lo que ha suscitado preocupación por los derechos humanos. El gobierno de Morales ha emprendido una política de erradicación voluntaria y control social. Aunque los enfrentamientos violentos entre la policía y los cultivadores y distribuidores de coca han disminuido con el nuevo enfoque, su eficacia a largo plazo aún está por demostrar.
Bolivia tiene previsto ampliar, al menos durante un tiempo limitado, la producción legal de coca a 20.000 hectáreas y hace hincapié en el desarrollo de los usos comerciales legales de la hoja de coca. Aunque Estados Unidos prefiere unos límites a largo plazo que se ajusten más a la actual demanda interna legal estimada de unas 4.000 a 6.000 hectáreas, seguirá apoyando los esfuerzos antinarcóticos en Bolivia, ya que la propuesta de 20.000 hectáreas sigue siendo significativamente inferior al cultivo actual, que ha oscilado entre unas 23.000 y 28.000 hectáreas desde 2001.
Estados Unidos también apoya en gran medida los esfuerzos paralelos para interceptar el contrabando de hojas de coca, cocaína y precursores químicos. El Gobierno estadounidense ha financiado, en gran medida, programas de desarrollo alternativo y el esfuerzo policial antinarcóticos. En 2007, Estados Unidos volvió a certificar que Bolivia no había «fracasado de forma demostrable» en la cooperación en materia de lucha contra los estupefacientes, y consideró que los esfuerzos de interdicción de Bolivia eran muy positivos, aunque en un contexto de aumento constante de la producción y el tráfico de cocaína. Los últimos gobiernos bolivianos han apoyado los programas antinarcóticos del Gobierno estadounidense.
La cantidad de cocaína boliviana que llega al mercado estadounidense es insignificante. El New York Times especula que la ayuda estadounidense para la erradicación de la coca puede estar diseñada más bien para dar a los funcionarios estadounidenses una rara ventana al gobierno del Sr. Morales. Sin embargo, incluso la limitada cooperación entre los dos gobiernos está sometida a una tensión creciente. Miembros radicales del gobierno de Morales han exigido la expulsión de los cooperantes estadounidenses. En junio de 2008, 20.000 manifestantes se dirigieron a la Embajada de Estados Unidos en La Paz, chocando con la policía y amenazando con quemar el edificio. Evo Morales elogió posteriormente a los manifestantes.