Infecțiile tractului urinar sunt printre cele mai frecvente infecții bacteriene. Ele pot să apară fie într-un cadru gazdă necomplicat, în care nu există nicio anomalie structurală sau funcțională subiacentă a tractului genito-urinar al pacientului, fie complicat, în care există. Pentru acestea din urmă, factorii predispozanți obișnuiți sunt prezența unui corp străin, inclusiv a unui cateter urinar, sau întreruperea fluxului urinar normal prin obstrucție sau retenție. Bacteriile variază foarte mult în ceea ce privește capacitatea lor de a invada cu succes tractul urinar; marea majoritate a acestor infecții fiind datorate unui număr mic de specii. Calea este, de obicei, ascensiunea din uretră. Anumite tulpini uropatogene de Escherichia coli sunt cele mai performante, după cum reiese din frecvența cu care sunt identificate ca fiind cauza. Aceste tulpini prezintă o serie de factori de virulență care le permit să ocupe această nișă – care, odată cu o mai bună înțelegere, ar putea promova diferite metode de tratament. Alte specii sunt adesea implicate doar în prezența unei anomalii urologice subiacente. Prezența unui cateter urinar sau a unui alt dispozitiv de drenaj al urinei oferă organismelor o platformă pregătită pentru a dezvolta un biofilm, care, la rândul său, le împiedică să fie eradicate cu succes. În mod similar, calculii renali pot fi legați de producerea de biofilme.
.