Constituirea unei matrici de caractere

Jen aici –

Interesat să înțelegi cum luăm date morfologice de la animale dispărute și le folosim pentru a deduce o istorie evolutivă? Acești arbori pot fi folosiți ca un cadru pentru a testa diferite întrebări macroevolutive privind distribuția speciilor, paleoecologia, ratele de schimbare și multe altele! Sperăm să pregătim terenul pentru a explica cum se realizează fiecare etapă! În primul rând, construirea unei matrice de caractere.

Înainte de a vă scufunda cu adevărat în ceva specific, v-aș sugera să vă gândiți puțin la evoluție, filogenie și la toată terminologia de bază care se referă la acest domeniu. V-aș recomanda să parcurgeți lucrarea The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures. Acesta este efectiv un manual de lucru care vă ghidează prin termeni, concepte și multe altele!

Acesta nu este menit să fie un ghid exhaustiv, ci mai degrabă să vă pregătească să explorați programul și să generați o matrice de caractere de test!

Pasul 1: Învățați despre grupul dvs. de studiu

Acest lucru va implica MULTĂ lectură și o scufundare în istoria animalelor care vă interesează. În unele cazuri, acest lucru este ușor, în altele este foarte dificil! Nu voi insista prea mult asupra acestui aspect, dar este ușor să uiți de unde să începi. Aș începe prin a folosi Google Scholar pentru a cerceta grupul care vă interesează, plus evoluția, morfologia, filogenia. Apoi, probabil că va trebui să vă îndreptați spre bibliotecă înarmat cu o listă de literatură mult mai veche decât dvs. pentru a începe cu adevărat scufundarea profundă. Nu uitați că ideile se schimbă în timp, așa că a începe de la început este foarte valoros pentru a afla cum s-au schimbat ideile!

Ceea ce este important este să învățați și despre omologie și să lucrați pentru a înțelege elementele omoloage ale creaturilor dumneavoastră. Omologia este pur și simplu similitudinea datorată moștenirii de la un strămoș comun. Înțelegerea și evaluarea omologiei pot fi diferite în funcție de grupul pe care îl analizați. De exemplu, echinodermele au fost considerate astfel de ceva timp și există mai multe scheme. Una ia în considerare corpul ca întreg și modul în care elementele sunt conectate, iar cealaltă are o abordare mai specifică, analizând plăci specifice din jurul gurii. Acestea nu sunt scheme care se exclud reciproc, ci pot fi folosite în mod concertat una cu cealaltă. Un alt lucru bun de reținut este că unora le place să creadă că sunt mai corecți decât alții – cine poate spune, de fapt. Asigurați-vă doar că vă faceți propriile teme pentru a vă forma propriile opinii și idei.

Pasul 2: Organizați-vă informațiile

Există mai multe moduri de a face acest lucru, ați putea stoca pur și simplu informațiile în Excel sau Google Sheets sau ați putea folosi un program conceput pentru conservarea datelor despre personaje. Eu am folosit Mesquite pentru acest lucru. Mesquite este un software disponibil gratuit care este

„…un software modular, extensibil pentru biologia evoluționistă, conceput pentru a ajuta biologii să organizeze și să analizeze datele comparative despre organisme. Accentul său este pus pe analiza filogenetică, dar unele dintre modulele sale se referă la genetica populațiilor, în timp ce altele fac analize multivariate non-filogenetice. Deoarece este modular, analizele disponibile depind de modulele instalate.”

Puteți descrie cu ușurință caracterele, adăugați noi taxoni, eliminați taxoni, importați sau desenați un arbore și vedeți cum se modifică caracterele în diferite topologii de arbori.

Aici este locul de pornire gol-goluț. Am configurat un fișier nou și am spus că vreau trei taxoni și trei caractere. Acum pot să intru și să încep să editez lucrurile!

Există o bară de instrumente laterală de unde puteți începe cu ușurință să modificați matricea. Astfel, puteți schimba numele taxonilor, adăuga taxoni, schimba caractere, adăuga caractere, șterge orice doriți și multe altele cu care nu m-am jucat cu adevărat! Vă sugerez ca, dacă sunteți utilizator pentru prima dată, să petreceți ceva timp cu matricea falsă, jucându-vă cu ea. Odată ce obțineți un set de date considerabil aici, cel mai bine este să nu faceți nicio greșeală! Aflați unde ați putea greși și rezolvați problemele din timp.

Iată matricea mea editată în care am adăugat trei taxoni și trei caractere. Observați în partea de jos unde se arată un caracter și diferitele stări care sunt disponibile. Așadar, atunci când editați matricea, puteți folosi numere sau starea personajului – numerele sunt mai ușoare!

O modalitate mai ușoară de a importa caracterele și diferitele stări este de a folosi fereastra State Names Editor. Aceasta vă arată lista personajelor dvs. și toate diferitele stări pe care le poate avea – le puteți edita cu ușurință și este o modalitate plăcută de a organiza personajele, deoarece în matricea de caractere textul este înclinat și cam greu de citit.

Matrice de caractere cu lista de caractere pe coloana din extrema stângă și stările care se întind pe restul. Stările pot fi orice doriți – și aici se poate strecura prejudecata, așa că nu uitați să vă referiți la baza de cunoștințe și la înțelegerea homologiei.

Funcționalitatea lui Mesquite se extinde destul de mult dincolo de aceasta. Dacă sunteți în căutarea unor tutoriale sau pentru a împinge limitele programului, iată câteva lecturi suplimentare:

  • Mesquite Project home (o mulțime de tutoriale și ghiduri pas cu pas)
  • Integrative Biology 200A, vechi manual de laborator
  • KU Lab, modificat de Paul Lewis

Pasul 3: Exportați matricea pentru analiză

Opțiuni extinse de export prin Mesquite!

File >Exportul vă va oferi o serie de opțiuni pentru a vă exporta fișierul, nu uitați de asemenea să SALVAȚI regulat fișierul, astfel încât să puteți revedea matricea dvs. pentru a adăuga cu ușurință la ea! Majoritatea programelor care deduc filogenii au nevoie de un fișier NEXUS. Acest tip de fișier conține matricea dvs. și, adesea, ceva mai multe informații despre ceea ce doriți în cadrul analizei sau informații despre caractere. V-aș sugera să folosiți editorul dvs. preferat de text simplu și să exportați câteva tipuri diferite, astfel încât să puteți vedea cum sunt structurate și de ce anumite programe pot dori fișiere diferite și informații diferite!

.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată.