Poziția geografică a Indiilor de Est, la căpătâiul unor sisteme eoliene și rute comerciale importante, a influențat profund istoria sa. Clima și activitatea geologică i-au format pământul și au creat arhipelagul.
Odinioară, cred geologii, nu existau insule în marea antică ce despărțea Asia și Australia. Stratul exterior al Pământului este împărțit în multe blocuri rigide, numite plăci tectonice, care se deplasează încet pe suprafața Pământului. Unele dintre insulele din Indiile de Est au fost create atunci când o placă submarină a început să se ciocnească cu o altă placă. Căldura și mișcarea unei plăci care a depășit-o pe cealaltă au ridicat crestele de crustă, iar vârfurile au format insule. Aceste forțe geologice sunt evidente astăzi prin gheizerele, vulcanii activi și cutremurele frecvente care au loc în Indiile de Est. Alte mișcări ale plăcilor sunt evidente în forma răsucită a unor insule, cum ar fi cele patru brațe ale insulei Celebes.
Mările dintre insule sunt foarte puțin adânci, iar curenții sunt puternici. Este dificil pentru navele mari să treacă între cele mai multe dintre insule și este un drum lung în jurul lor. Timp de secole, navele care fac comerț între Europa, Africa, Peninsula Arabică și India dinspre vest și China, Japonia și vestul Statelor Unite dinspre est au trecut între Sumatra și Peninsula Malay prin apele adânci cunoscute sub numele de Strâmtoarea Malacca.
Distribuția plantelor și a animalelor în Indiile de Est, împreună cu alte dovezi, i-a determinat pe oamenii de știință să concluzioneze că unele dintre insulele vestice au fost cândva conectate pe uscat cu partea continentală a Asiei de sud-est. Noua Guinee a fost odată unită cu Australia. Mările relativ puțin adânci dintre Peninsula Malay și insulele Sumatra, Java, Bali și Borneo au o adâncime mai mică de 90 de metri (300 de picioare). Animalele de pe continent – cum ar fi tigrii, rinocerii și maimuțele – se găsesc pe aceste insule. Pe insulele din est, însă, animalele sunt asemănătoare celor din Australia. Naturalistul Alfred Russel Wallace a cartografiat această diviziune, cunoscută acum sub numele de Linia lui Wallace, și a publicat-o în 1869. Studiind modul în care păsările se răspândeau și își schimbau speciile între insule, Wallace a ajuns la teoria evoluției, independent de Charles Darwin.
Pădurile tropicale luxuriante, palmierii, ferigile, bambușii și florile strălucitoare din Indiile de Est fac parte din fabula sa. Ele sunt rezultatul unui climat ecuatorial care este în general cald și umed. Precipitațiile în majoritatea locurilor sunt cuprinse între 100 și 150 de inci (250 și 380 de centimetri) pe an. La nivelul mării, temperatura în majoritatea locurilor este cuprinsă între 26° și 32° C (80° și 90° F) pe tot parcursul anului. Cu toate acestea, insulele sunt muntoase, iar multe locuri se află la umbra unui munte și primesc ploi puține sau doar sezoniere. Pe munții și platourile mai înalte, clima este subtropicală, iar vârfurile de peste 3.050 de metri (10.000 de picioare) au un climat răcoros și chiar zăpadă. Insulele mai nordice sunt puternic influențate de vânturile musonice în ceea ce privește regimul pluviometric.
Vânturile schimbătoare au fost foarte importante pentru comerț și navigație până la dezvoltarea vaporului cu aburi în secolul al XIX-lea. Negustorii navigau din China spre Sumatra pe musonul de nord-est, își depozitau mărfurile în depozite și luau marfă din India sau din Orientul Mijlociu. Apoi, în timpul musonului de sud-vest, navigau înapoi în China, în timp ce negustorii soseau din India, își descărcau încărcăturile, luau la bord bunurile chinezești din depozite și se întorceau în India cu următorul muson de nord-est. În acest fel, orașele și imperiile au înflorit în Indii.
.