Microbiologie

În timpul procesului de transcripție, informația codificată în secvența de ADN a uneia sau mai multor gene este transcrisă într-un șir de ARN, numit și transcript de ARN. Molecula de ARN monocatenar rezultată, compusă din ribonucleotide care conțin bazele adenină (A), citozină (C), guanină (G) și uracil (U), acționează ca o copie moleculară mobilă a secvenței originale de ADN. Transcripția la procariote și la eucariote necesită ca dubla elice a ADN-ului să se desfășoare parțial în regiunea de sinteză a ARN-ului. Regiunea derulată se numește bulă de transcripție. Transcrierea unei anumite gene se realizează întotdeauna pornind de la una dintre cele două catene de ADN care acționează ca șablon, așa-numita catenă antisens. Produsul ARN este complementar șirului șablonului șablon de ADN șablon și este aproape identic cu șirul de ADN care nu este șablon, sau șirul sens. Singura diferență este că în ARN, toate nucleotidele T sunt înlocuite cu nucleotide U; în timpul sintezei ARN, U este încorporat atunci când există un A în șirul complementar antisens.

Transcrierea la bacterii

Bacteriile folosesc aceeași ARN polimerază pentru a transcrie toate genele lor. La fel ca ADN polimeraza, ARN polimeraza adaugă nucleotide una câte una la grupa 3′-OH a lanțului nucleotidic în creștere. O diferență critică în activitatea dintre ADN polimeraza și ARN polimeraza este cerința de a avea un 3′-OH pe care să se adauge nucleotide: ADN polimeraza are nevoie de o astfel de grupare 3′-OH, necesitând astfel o amorsă, în timp ce ARN polimeraza nu are nevoie. În timpul transcripției, o ribonucleotidă complementară șirului șablon de ADN este adăugată la șirul de ARN în creștere și o legătură covalentă fosfodiester se formează prin sinteză de deshidratare între noua nucleotidă și ultima adăugată. La E. coli, ARN polimeraza cuprinde șase subunități polipeptidice, dintre care cinci compun enzima nucleară a polimerazei, responsabilă de adăugarea de nucleotide de ARN la un șir în creștere. Cea de-a șasea subunitate este cunoscută sub numele de sigma (σ). Factorul σ permite ARN polimerazei să se lege de un promotor specific, permițând astfel transcrierea diferitelor gene. Există diverși factori σ care permit transcrierea diferitelor gene.

Inițiere

Inițierea transcripției începe la un promotor, o secvență de ADN pe care se leagă mașinăria de transcripție și care inițiază transcrierea. Perechea de nucleotide din dubla spirală de ADN care corespunde locului din care este transcrisă prima nucleotidă 5′ de ARN este situsul de inițiere. Nucleotidele care preced situsul de inițiere sunt denumite „în amonte”, în timp ce nucleotidele care urmează situsului de inițiere sunt denumite nucleotide „în aval”. În majoritatea cazurilor, promotorii sunt localizați chiar în amonte de genele pe care le reglează. Deși secvențele de promotori variază între genomurile bacteriene, câteva elemente sunt conservate. La pozițiile -10 și -35 din ADN, înainte de situsul de inițiere (denumit +1), există două secvențe consensuale ale promotorului, sau regiuni care sunt similare la toți promotorii și la diferite specii bacteriene. Secvența consensuală -10, numită caseta TATA, este TATAAT. Secvența -35 este recunoscută și legată de σ.

Elongația

Elongația în faza de transcripție începe atunci când subunitatea σ se disociază de la polimerază, permițând enzimei de bază să sintetizeze ARN-ul complementar șablonului de ADN în direcția 5′ spre 3′ cu o viteză de aproximativ 40 de nucleotide pe secundă. Pe măsură ce elongația avansează, ADN-ul este derulat continuu în fața enzimei de nucleu și derulat în spatele acesteia (figura 1).

Diagrama transcripției. O bucată de ADN bicatenar are o bucată mare ovală etichetată ARN polimerază așezată pe ea chiar după o regiune etichetată promotor. ADN-ul din ARN-polimeraza s-a separat, iar șirul inferior de ADN (șirul șablon etichetat ca șablon șablon șablon) are atașat un șir de ARN nou format. Șirul de ARN este construit de la 5′ la 3′. Celălalt șir de ADN este șirul care nu este șablon și nu are ARN în curs de formare.

Figura 1. În timpul elongației, ARN-polimeraza bacteriană urmărește de-a lungul șablonului ADN, sintetizează ARNm în direcția 5′ spre 3′ și derulează și rebobinează ADN-ul pe măsură ce este citit.

Terminare

După ce o genă este transcrisă, polimeraza bacteriană trebuie să se disocieze de șablonul ADN și să elibereze ARN-ul nou creat. Acest lucru se numește terminarea transcripției. Șablonul ADN include secvențe repetate de nucleotide care acționează ca semnale de terminare, determinând ARN polimeraza să stagneze și să se elibereze de șablonul ADN, eliberând transcriptul ARN.

Gândiți-vă

  • Unde se leagă factorul σ al ARN polimerazei de ADN pentru a începe transcripția?
  • Ce se întâmplă pentru a iniția activitatea de polimerizare a ARN polimerazei?
  • De unde provine semnalul de încheiere a transcripției?

Transcripția la eucariote

Procariotele și eucariotele realizează în mod fundamental același proces de transcripție, cu câteva diferențe semnificative (vezi tabelul 1). Eucariotele utilizează trei polimeraze diferite, ARN polimerazele I, II și III, toate diferite din punct de vedere structural de ARN polimeraza bacteriană. Fiecare dintre ele transcrie un subset diferit de gene. Este interesant faptul că archaea conține o singură ARN polimerază care este mai apropiată de ARN polimeraza II eucariotă decât de omologul său bacterian. ARNm eucariote sunt, de asemenea, de obicei monocistronice, ceea ce înseamnă că fiecare dintre ele codifică o singură polipeptidă, în timp ce ARNm procariote ale bacteriilor și arheilor sunt de obicei policistronice, ceea ce înseamnă că codifică mai multe polipeptide.

Cea mai importantă diferență dintre procariote și eucariote este nucleul membranar al acestora din urmă, care influențează ușurința de utilizare a moleculelor de ARN pentru sinteza proteinelor. Cu genele legate într-un nucleu, celula eucariotă trebuie să transporte moleculele de ARN codificatoare de proteine în citoplasmă pentru a fi traduse. Transcriptele primare codificatoare de proteine, moleculele de ARN sintetizate direct de ARN polimeraza, trebuie să treacă prin mai multe etape de procesare pentru a proteja aceste molecule de ARN de degradare în timpul în care sunt transferate din nucleu în citoplasmă și traduse într-o proteină. De exemplu, ARNm eucariote poate dura mai multe ore, în timp ce ARNm procariote tipice nu durează mai mult de 5 secunde.

Transcrisul primar (numit și ARN pre-m) este mai întâi acoperit cu proteine de stabilizare a ARN-ului pentru a-l proteja de degradare în timp ce este procesat și exportat din nucleu. Primul tip de procesare începe în timp ce transcriptul primar este încă în curs de sintetizare; la capătul 5′ al transcriptului în creștere se adaugă o nucleotidă specială de 7-metilguanosină, numită cap 5′. Pe lângă faptul că împiedică degradarea, factorii implicați în sinteza ulterioară a proteinelor recunosc capacul, ceea ce ajută la inițierea traducerii de către ribozomi. Odată ce alungirea este completă, o altă enzimă de procesare adaugă un șir de aproximativ 200 de nucleotide de adenină la capătul 3′, numit coadă poli-A. Această modificare protejează și mai mult pre-ARNm de degradare și semnalează factorilor celulari că transcripția trebuie să fie exportată în citoplasmă.

Genele eucariote care codifică polipeptide sunt compuse din secvențe codificatoare numite exoni (ex-on semnifică faptul că sunt exprimate) și secvențe intermediare numite introni (int-ron denotă rolul lor de intervenție). Secvențele de ARN transcrise care corespund intronilor nu codifică regiuni ale polipeptidei funcționale și sunt eliminate din pre-ARNm în timpul procesării. Este esențial ca toate secvențele de ARN codificate de introni să fie îndepărtate complet și cu precizie dintr-un ARN premergător înainte de sinteza proteică, astfel încât secvențele de ARN codificate de exoni să se unească în mod corespunzător pentru a codifica o polipeptidă funcțională. În cazul în care procesul greșește chiar și cu o singură nucleotidă, secvențele exonilor reuniți ar fi deplasate, iar polipeptidul rezultat ar fi nefuncțional. Procesul de îndepărtare a secvențelor de ARN codificate de introni și de reconectare a celor codificate de exoni se numește splicing al ARN și este facilitat de acțiunea unui spliceosom care conține proteine nucleare ribonucleare mici (snRNP). Secvențele de ARN codificate de introni sunt eliminate din ARN premergător în timp ce acesta se află încă în nucleu. Deși nu sunt traduși, intronii par să aibă diverse funcții, inclusiv reglarea genelor și transportul ARNm. La finalizarea acestor modificări, transcriptul matur, ARNm care codifică o polipeptidă, este transportat în afara nucleului, cu destinația citoplasmă pentru traducere. Intronii pot fi splitați în mod diferit, rezultând că diverși exoni sunt incluși sau excluși din produsul final ARNm. Acest proces este cunoscut sub numele de splicing alternativ. Avantajul splicingului alternativ constă în faptul că pot fi generate diferite tipuri de transcripții de ARNm, toate derivate din aceeași secvență de ADN. În ultimii ani, s-a demonstrat că unele archaea au, de asemenea, capacitatea de a-și splita pre-ARNm.

Monocistronic sau policistronic

Tabel 1. Comparație a transcripției la bacterii față de eucariote
Proprietate Bacterii Eucariote
Număr de polipeptide codificat per ARNm Exclusiv monocistronic
Alungirea catenei Nucleu + σ = holoenzima ARN polimerazele I, II, sau III
Adaosul capacului 5′ Nu Da
Adaosul cozii poli-A 3′ Nu Da
Încrucișarea preARNm Nu Da

Vizualizați cum are loc splicarea ARNm urmărind procesul în acțiune în acest videoclip.

Vezi aici cum sunt eliminați intronii în timpul splicării ARN-ului.

Gândiți-vă la asta

  • În celulele eucariote, cum este modificat transcriptul ARN al unei gene pentru o proteină după ce este transcris?
  • Exonii sau intronii conțin informații pentru secvențe proteice?

Clinical Focus: Travis, partea 2

Acest exemplu continuă povestea lui Travis care a început în Funcțiile materialului genetic.

În departamentul de urgență, o asistentă i-a spus lui Travis că a luat o decizie bună să vină la spital deoarece simptomele sale indicau o infecție care scăpase de sub control. Simptomele lui Travis progresaseră, zona de piele afectată și cantitatea de umflături crescând. În zona afectată, începuse o erupție cutanată, se formaseră bășici și mici pungi de gaz sub stratul cel mai exterior al pielii, iar o parte din piele devenise cenușie. Pe baza mirosului putred al puroiului care se scurgea din una dintre vezicule, a progresiei rapide a infecției și a aspectului vizual al pielii afectate, medicul a început imediat tratamentul pentru fasceită necrozantă. Medicul lui Travis a comandat o cultură a lichidului care se scurgea din veziculă și a comandat, de asemenea, analize de sânge, inclusiv un număr de globule albe.

Travis a fost internat în unitatea de terapie intensivă și a început administrarea intravenoasă a unui antibiotic cu spectru larg pentru a încerca să minimizeze răspândirea ulterioară a infecției. În ciuda antibioterapiei, starea lui Travis s-a deteriorat rapid. Travis a devenit confuz și amețit. La câteva ore de la internarea sa în spital, tensiunea arterială a scăzut semnificativ, iar respirația sa a devenit mai superficială și mai rapidă. În plus, bășicile au crescut, cu bășicile intensificându-și culoarea până la negru purpuriu, iar rana însăși părea să progreseze rapid în sus pe piciorul lui Travis.

  • Care sunt posibilii agenți cauzali ai fasciitei necrozante a lui Travis?
  • Care sunt posibilele explicații pentru care tratamentul cu antibiotice nu pare să funcționeze?

Vom reveni la exemplul lui Travis în paginile următoare.

Concepte cheie și rezumat

  • În timpul transcripției, informația codificată în ADN este utilizată pentru a produce ARN.
  • ARN polimeraza sintetizează ARN, folosind ca șablon antisens al ADN-ului ca șablon prin adăugarea de nucleotide complementare ARN la capătul 3′ al șirului în creștere.
  • ARN polimeraza se leagă de ADN la o secvență numită promotor în timpul inițierii transcripției.
  • Genele care codifică proteine cu funcții înrudite sunt frecvent transcrise sub controlul unui singur promotor la procariote, rezultând în formarea unei molecule de ARNm policistronic care codifică mai multe polipeptide.
  • Spre deosebire de ADN polimeraza, ARN polimeraza nu are nevoie de o grupare 3′-OH pentru a adăuga nucleotide, astfel încât nu este necesar un primer în timpul inițierii.
  • Încetarea transcripției la bacterii are loc atunci când ARN polimeraza întâlnește secvențe specifice de ADN care conduc la blocarea polimerazei. Aceasta are ca rezultat eliberarea ARN-polimerazei din șuvița șablon de ADN, eliberând transcriptul de ARN.
  • Eucariotele au trei ARN-polimeraze diferite. De asemenea, eucariotele au ARNm monocistronic, fiecare codificând doar o singură polipeptidă.
  • Transcriptele primare eucariote sunt procesate în mai multe moduri, inclusiv prin adăugarea unui capac 5′ și a unei cozi 3′-poly-A, precum și prin splicing, pentru a genera o moleculă de ARNm matură care poate fi transportată în afara nucleului și care este protejată de degradare.

Alegere multiplă

În care etapă a transcripției bacteriene este implicată subunitatea σ a ARN polimerazei?

  1. inițierea
  2. alungirea
  3. terminarea
  4. splicarea
Afișează răspunsul

Răspuns a. Subunitatea σ a ARN-polimerazei implicată în inițiere.

Care dintre următoarele componente este implicată în inițierea transcripției?

  1. primer
  2. origine
  3. promoter
  4. codon de început
Afișați răspunsul

Răspuns c. Un promotor este implicat în inițierea transcripției.

Care dintre următoarele nu este o funcție a capacului 5′ și a cozii poli-A 3′ a moleculei mature de ARNm eucariote?

  1. de a facilita splicingul
  2. de a preveni degradarea ARNm
  3. de a ajuta la exportul transcriptului matur în citoplasmă
  4. de a ajuta la legarea ribozomului la transcript
Afișează răspunsul

Răspunsul a. Facilitarea splicingului nu este o funcție a capacului 5′ și a cozii poli-A 3′.

ARNm matur provenit de la un eucariot ar conține fiecare dintre aceste caracteristici, cu excepția căreia dintre următoarele?

  1. ARN codificat în exon
  2. ARN codificat în intron
  3. 5′ cap
  4. 3′ coadă poli-A
Afișați răspunsul

Răspuns b. ARNm matur de la un eucariot nu ar conține ARN codificat în intron.

Completați spațiul gol

Un ARNm ________ este cel care codifică mai multe polipeptide.

Afișați răspunsul

Un ARNm policistronic este cel care codifică mai multe polipeptide.

Complexul proteic responsabil cu eliminarea secvențelor de ARN codificate de introni din transcriptele primare la eucariote se numește ________.

Arată răspunsul

Complexul proteic responsabil pentru eliminarea secvențelor de ARN codificate de introni din transcriptele primare la eucariote se numește spliceosom.

Gândiți-vă

  1. Care este scopul procesării ARN-ului la eucariote? De ce procariotele nu necesită o procesare similară?
  2. Mai jos este o secvență de ADN. Imaginați-vă că aceasta este o secțiune a unei molecule de ADN care s-a separat în vederea pregătirii pentru transcriere, astfel încât vedeți doar șirul antisens. Construiți secvența de ARNm transcrisă din acest șablon. 3′-T A C T G A C T G A C G A C G A T C-5′
  3. Prediceți efectul unei modificări în secvența de nucleotide din regiunea -35 a unui promotor bacterian.

.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată.