Pierpont Morgan descindea din cinci generații de cetățeni distinși din Noua Anglie – ambele părți ale familiei sale veniseră în Lumea Nouă înainte de Revoluție. Unul dintre strămoșii săi materni a fost James Pierpont, un fondator al Yale, a cărui fiică s-a căsătorit cu Jonathan Edwards. Mai departe pe această linie a venit reverendul John Pierpont, bunicul matern al lui Pierpont, ministru unitarian, poet și activist radical împotriva sclaviei și a temperanței. Din partea familiei Morgan, bunicul lui Pierpont, Joseph, a cofondat compania de asigurări Aetna și a lăsat o avere în valoare de aproximativ 1 milion de dolari în 1847. Junius Morgan (fiul lui Joseph) s-a căsătorit cu fiica reverendului Pierpont, Juliet, în 1836. Un an mai târziu, primul lor copil, Pierpont, s-a născut la Hartford. Ei au avut, de asemenea, trei fiice – Sarah, Mary și Juliet – și singurul frate al lui Pierpont, Junius, care a trăit doar până la vârsta de unsprezece ani.
După succesul său la o firmă de mărfuri uscate din Hartford, Junius Morgan a acceptat un parteneriat în casa de investiții George Peabody & Co. (care mai târziu a devenit J. S. Morgan & Co.,) și și-a mutat întreaga familie la Londra în 1854. Pierpont tocmai absolvise Liceul Englez din Boston. Pentru a-și pregăti fiul pentru o carieră în domeniul bancar internațional, Junius l-a trimis pe Pierpont în Europa după terminarea liceului pentru a învăța franceza și germana. Când a început să lucreze ca ucenic bancher în New York, în 1857, la vârsta de 20 de ani, vorbea fluent ambele limbi și cunoștea mai multe culturi decât majoritatea americanilor din vremea sa. În următorii treizeci de ani, el și tatăl său au lucrat împreună canalizând capital din Europa către economia americană emergentă, iar Pierpont traversa Atlanticul cel puțin o dată pe an pentru a se întâlni cu partenerii săi de la Londra și pentru a-și continua educația culturală europeană.
.