Redwood Creek oferă un habitat critic de reproducere și de creștere pentru somonul coho sau argintiu (Oncorhynchus kisutch), păstrăvul de coastă (Oncorhynchus clarki clarki) și păstrăvul steelhead (Oncorhynchus mykiss), fiecare dintre acestea fiind o specie amenințată. Pârâul se află aproape de cea mai sudică limită a habitatului coho, iar peștii nu au fost niciodată populați, astfel că au un ADN distinctiv. Somonii din Redwood Creek sunt somonii coho de pe Coasta Centrală, care au fost incluși pe lista speciilor amenințate la nivel federal din octombrie 2006 și pe lista speciilor pe cale de dispariție la nivel federal în iunie 2005. Coho migrează din ocean înapoi în apă dulce pentru o singură șansă de reproducere, în general după doi ani petrecuți în ocean. Migrațiile de reproducere încep după ce ploile abundente de la sfârșitul toamnei sau din timpul iernii deschid o breșă în bancul de nisip de la Muir Beach, permițând peștilor să se deplaseze în amonte (de obicei în decembrie și ianuarie). Nu a fost observat niciun somon în timpul migrației de iarnă 2007-2008 și nici în timpul migrației de iarnă 2008-2009. Dovezile indică epuizarea puieților care au rămas peste vară în pârâu din cauza pierderii resturilor lemnoase mari și a bazinelor adânci în care somonii tineri se pot odihni. Începând cu 2009, Serviciul Parcului Național va începe restaurarea Plajei Muir pentru a crea un ecosistem funcțional și autosustenabil și pentru a îmbunătăți accesul vizitatorilor. Intervenția a fost aproape prea târziu, deoarece coho are o durată de viață de numai trei ani. Din fericire, începând din ianuarie 2010 și pentru prima dată în ultimii trei ani, aproximativ 45 de coho au înotat în sus pe Redwood Creek pentru a se reproduce, creând 23 de redds sau grupuri de ouă. În 2011, au fost observați 11 coho adulți vii și o carcasă de coho, împreună cu trei redds, o creștere modestă față de sezonul de reproducere 2007-2008. La nivelul întregului stat, populația de coho este la 1% din nivelurile din anii 1940, iar peștii au dispărut din 90% din cursurile de apă pe care le frecventau în mod oficial. Watershed Alliance of Marin a raportat că niciun somon nu s-a întors să se reproducă în 2014, ceea ce a stârnit îngrijorarea că acest pește ar putea fi acum dispărut la nivel local. Trei masculi adulți coho capturați din pârâu în 2014, când erau tineri, au fost eliberați împreună cu trei femele din Olema Creek în cadrul operațiunii „coho jumpstart” a Departamentului de Pescuit și Faună și Natură din California, iar cel puțin unul dintre aceștia din urmă a fost observat în timp ce se reproducea, ceea ce a ridicat speranța revenirii unui rând viabil de reproducere în Redwood Creek.
În toamna anului 2003, NPS a finalizat prima fază a proiectului de restaurare a sitului Banducci, la aproximativ 1 km în amonte de gura de vărsare a pârâului de la Muir Beach. Au fost construite baraje artificiale de bușteni folosind copaci de Eucalyptus doborâți și prin spargerea digurilor constrângătoare pentru a reconecta canalul și câmpia inundabilă. Scopul principal al proiectului a fost de a crea bazine de creștere pentru salmonidele tinere. De asemenea, NPS a îndepărtat vegetația invazivă, non-nativă din coridorul riveran și a înlocuit-o cu vegetație nativă pentru a îmbunătăți habitatul de cuibărit pentru păsările cântătoare riverane rezidente și migratoare. Faza actuală a proiectului de restaurare a pârâului Redwood Creek, începută în 2009, este o încercare de a restaura câmpia inundabilă a pârâului de 46 de acri. Aceasta include crearea unui nou canal meandrat de 650 de picioare cu trei canale laterale, în încercarea de a restabili laguna istorică Big Lagoon, care, conform hărților din 1850, se întindea până la actualul Pelican Inn. Odată ce vegetația nativă plantată se va instala pe noile maluri ale pârâului, actuala parcare va fi rotită la 90 de grade și noul canal va fi conectat.
Alte specii rare care trăiesc în bazinul hidrografic includ bufnița cu pete nordice (Strix occidentalis caurina) și broasca cu picioare roșii din California (Rana aurora draytonii). La sfârșitul anului 2009, NPS a excavat un iaz într-o pășune de la Green Gulch Farm pentru a oferi un habitat pentru populația în scădere a broaștei cu picioare roșii din California, singura din bazinul hidrografic.
Luța de râu (Lontra canadensis) a fost observată în Redwood Creek în 1996 și se întoarce în fiecare an pentru a mânca păstrăvii steelhead. Vidra de râu nu a fost listată ca fiind nativă în Marin County în Grinnell’s 1937 Fur-bearing Mammals of California.