Colegiul de Farmacie a fost înființat și deschis în 1903 ca Școala de Farmacie și a fost situat în Science Hall. Școala avea un medic local, Dr. Samuel C. Benedict, care era decan cu jumătate de normă și un farmacist local de la H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, care era profesor de farmacie cu jumătate de normă. Dr. Benedict a predat, de asemenea, Materia Medica. Science Hall a fost distrusă de un incendiu în luna noiembrie a acelui prim an, astfel că Școala de Farmacie a fost mutată în subsolul Terrell Hall.
Școala l-a angajat pe Robert C. Wilson ca primul membru al personalului cu normă întreagă pentru începutul anului școlar 1907-08 (Wilson era nepotul lui George Foster Pierce). Primul grup de absolvenți a început în 1908, obținând diplomele de absolvent de farmacie (Ph.G.).
La moartea decanului Benedict în 1914, Robert Wilson a devenit directorul școlii și a rămas în această funcție până în 1948. Wilson a fost numit decan al Facultății de Farmacie în 1924. Școala și-a schimbat ulterior numele în Colegiul de Farmacie. În 1926, școala a devenit una dintre primele din țară care a oferit o licență de patru ani în farmacie. De asemenea, în acest moment și-a desființat pista de doctorat de doi ani.
Locația școlii a rămas în Terrell Hall până în 1939, când s-a mutat la etajele al doilea și al treilea din clădirea New College, recent remodelată. În anii 1940, Robert W. Woodruff a făcut mai multe donații pentru a finanța un laborator de distribuție, un dispensar și un laborator de farmacologie.
Programul de masterat în științe al Colegiului a început în 1951, iar programul de doctorat în 1964, primele doctorate fiind conferite în 1967. Școala s-a mutat în sediul actual, clădirea Robert C. Wilson Pharmacy Building, în 1964; cu toate acestea, clădirea nu a primit numele lui Wilson până în 1978 (când Dr. Wilson a împlinit 100 de ani).
Dr. Stuart Feldman de la Universitatea din Houston a fost numit decan în 1991. În timpul mandatului său, Colegiul a primit fonduri de la Loteria de Stat din Georgia pentru a crește tehnologia în educație, iar Centrul de Resurse Educaționale Millikan a fost transformat într-un laborator de calculatoare pentru accesul studenților. Urmând o tendință națională, curriculumul a fost modificat de la sistemul trimestrial la cel semestrial și au fost inițiate diploma de doctor în farmacie (PharmD) la nivel de intrare și programul non-tradițional Doctor of Pharmacy Pathway. A fost angajat un coordonator experiențial cu normă întreagă.
Dr. Svein Øie de la University of California San Francisco a devenit decan la 1 ianuarie 2000. Sub îndrumarea sa, Colegiul și-a mărit numărul de clase, și-a extins prezența regională, s-a implicat în înființarea unui Centru pentru descoperirea medicamentelor și a unui Centru pentru apărarea împotriva distrugerii în masă, a crescut cercetarea interdisciplinară și și-a consolidat accentul pe cercetare.
Colegiul s-a implicat activ în formarea de rezidențiat. În 2003, Colegiul și-a sărbătorit centenarul. Eforturile de strângere de fonduri au sporit numărul de burse, de catedre înzestrate și au crescut fondurile disponibile pentru îmbunătățirea clădirilor. În 2007, Legislativul din Georgia a aprobat o finanțare de 44 de milioane de dolari pentru o nouă anexă de 93.288 de metri pătrați a școlii. Cunoscută sub numele de Pharmacy South, noua facilitate a fost construită adiacentă clădirii Robert C. Wilson Pharmacy Building și a fost inaugurată în septembrie 2009. Renovarea a mai mult de 60% din clădirea Wilson a fost finalizată în 2010. Colegiul a stabilit un parteneriat cu Georgia Regents University’s Medical College of Georgia, situat în Augusta, Georgia. În toamna anului 2013, colegiul a înființat o nouă diplomă de licență în științe farmaceutice.
.