La organización que dio lugar al Sistema de Radio Auxiliar Militar se llamaba Sistema Auxiliar de Radioaficionados (AARS). El AARS fue creado en noviembre de 1925 por unos pocos pioneros del Cuerpo de Señales del Ejército de los Estados Unidos, dirigidos por el capitán Thomas C. Rives. Los Estados Unidos reconocieron que la radio era un modo de comunicación fundamental durante la Primera Guerra Mundial. La integración de la radio para apoyar las operaciones del Ejército generó una importante necesidad de mano de obra y habilidades que no era fácil de satisfacer. El Sistema de Radioaficionados del Ejército se formó en 1925 para proporcionar un grupo de operadores de radio capacitados para aumentar el Cuerpo de Señales durante la movilización en tiempo de guerra y proporcionar una extensión de la red de radio del Cuerpo de Señales para apoyar a la autoridad civil con los esfuerzos de socorro en caso de desastres naturales. Al mismo tiempo que apoyaba los objetivos militares, la organización estaba compuesta por civiles voluntarios que eran radioaficionados consumados. Estos civiles aplicaron sus habilidades especializadas en la comunicación por radio mientras apoyaban al Cuerpo de Señales en todo el territorio continental de los Estados Unidos, Filipinas, Panamá y Hawái.
La organización finalmente experimentó tanto el éxito como el fracaso. El Sistema de Radioaficionados del Ejército tuvo éxito en el desarrollo de la competencia de sus operadores de radio, como lo demuestra el apoyo prestado a las autoridades locales, estatales y federales durante los esfuerzos de ayuda en caso de desastres naturales. Sin embargo, en vísperas de la entrada de los Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial, los miembros del Sistema de Radioaficionados del Ejército estaban significativamente subdesarrollados en número para proporcionar mano de obra significativa para aumentar la movilización del Cuerpo de Señales para la guerra. La organización AARS continuó funcionando hasta la entrada de los Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial, el 7 de diciembre de 1941, momento en el que se negó a los radioaficionados el uso de las ondas, y se desactivó el servicio de aficionados y el Sistema de Radioaficionados del Ejército. Después de la Segunda Guerra Mundial, el Ejército de los Estados Unidos reconoció la importancia de reactivar el AARS para formar al personal de comunicaciones vitalmente necesario a un coste directo relativamente bajo para el gobierno, y en 1946 se reactivó el AARS.
El AARS funcionó como tal hasta la creación del Sistema de Radio Afiliado Militar en noviembre de 1948 con el establecimiento de programas MARS separados para el Ejército y la Fuerza Aérea, reflejando la creación de la Fuerza Aérea como un servicio separado. En 1948 el Capitán Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) seleccionó el uso del acrónimo MARS, el dios romano de la guerra, como un nombre apropiado para el renacimiento del AARS después de la Segunda Guerra Mundial como Sistema de Radioaficionados Militares. El nombre del programa se cambió a Sistema de Radioaficionados Militares el 2 de septiembre de 1952, en reconocimiento de la naturaleza cambiante de la organización con el creciente número de miembros civiles voluntarios. Finalmente, el programa MARS de la Armada y el Cuerpo de Marines se estableció oficialmente el 17 de agosto de 1962 y comenzó a funcionar el 1 de enero de 1963. Esto sucedió después de la crisis de los misiles en Cuba y de la preocupación del presidente Kennedy por la viabilidad y la ampliación de las capacidades de comunicación.
Durante la Guerra de Corea, la Guerra de Vietnam, la Guerra Fría y la Guerra del Golfo, el MARS fue más conocido por su manejo de los mensajes escritos «Marsgram» y el suministro de «parches telefónicos» para permitir a los militares en el extranjero ponerse en contacto con sus familias en casa.
El nombre del programa fue cambiado de nuevo al actual Sistema de Radio Auxiliar Militar el 23 de diciembre de 2009.
Un despacho emitido en mayo de 2009 anunció el cierre del programa MARS de la Armada y el Cuerpo de Marines para el 30 de septiembre de 2009. Sin embargo, el MARS de la Armada y el Cuerpo de Marines continuó funcionando hasta el 30 de septiembre de 2015.
La Instrucción 4650.02 del Departamento de Defensa, con fecha del 23 de diciembre de 2009, cambió el estatus del MARS de afiliado a auxiliar (igual en estatus que el Auxiliar de la Guardia Costera y la Patrulla Aérea Civil). Este cambio de estatus salvó el programa MARS de la Armada y del Cuerpo de Marines de ser cerrado y lo puso de nuevo en línea con la misión de Comunicaciones de Emergencia de sus servicios hermanos (MARS del Ejército y de la Fuerza Aérea).
