Agaros

Agarospulver och prefabricerade geler

Bio-Rad erbjuder en mängd olika agarospulver och prefabricerade agarosgeler för att tillgodose alla dina behov av DNA- och RNA-elektroforeser, inklusive pulsfältsgelelektroforeser och specialtillämpningar som IEP och IEF. Pulver är certifierad genetisk kvalitetstestad DNA-agaros. Våra prefabricerade geler finns både i TBE- eller TAE-buffert, med eller utan ethidiumbromid.

Agarosetyper och användningsområden vid elektrofores

Alla Bio-Rad agarosprodukter är garanterat fria från inhibitorer, DNaser och RNaser. Det finns en rad olika typer av agaros som har optimerats för olika användningsområden.

Molekylärbiologisk agaros: Detta är en agaros för allmänna ändamål som har en hög uteslutningsgräns. Denna typ av agaros har hög gelstyrka och är lätt att hantera vid låga procentsatser. Molekylärbiologisk agaros är av GQT-kvalitet (genetic quality tested), vilket gör den idealisk för preparativa geler och återvinning av DNA. Analytisk separation är >1 000 baspar (bp).

Low-melt agarose: Den huvudsakliga användningen av agaros med låg smältpunkt är för preparativ elektrofores. Den är idealisk för tillämpningar i gelen såsom ligering, PCR, digestion med restriktionsenzym, transformation och sekvensering. Andra tillämpningar är pulsad fältelektrofores av megabas-DNA och inbäddning av kromosomer. Denna agaros har en geleringstemperatur på 26 °C och hög upplösningsförmåga, >1 000 kb.

Low-melt agaros används också för att säkra immobiliserade pH-gradientremsor (IPG) för isoelektrisk fokusering, den andra dimensionen av 2-D SDS-PAGE. Denna agaros innehåller bromfenolblått för övervakning av elektroforesen.

PCR-agaros: Denna agaros med hög hållfasthet bildar geler som är lätta att hantera och förblir flexibla även vid höga gelprocentsatser, vilket minskar risken för sprickbildning eller brott. Geleringstemperaturen är 40 °C. Denna agaros har utmärkta siktningsegenskaper och den högsta gelstyrkan av alla agaroser.

PCR agaros med låg smältpunkt har en hög siktningskapacitet. Den är idealisk för preparativ elektrofores och tillämpningar i gelen, t.ex. restriktionsenzymdigester, ligering och transformation. PCR-agaros rekommenderas för DNA-fragment <1 000 bp.

Low range ultra agarose: Denna agaros ger upplösning av primers och små PCR-produkter vid lägre koncentrationer än standardagaros, vilket undviker behovet av att använda polyakrylamid. En 3-procentig gel löser tydligt upp en 10 bp ladder. Analytisk separation är 20-800 bp.

Megabase agarose: Denna agaros har en mycket hög gelstyrka, hög elektroforetisk rörlighet och hög uteslutningsgräns. Megabas-agaros är det bästa valet för tillämpningar med klämda homogena elektriska fält (CHEF) och fältinversionsgelelektrofores (FIGE). Gelerna förblir lätta att hantera vid koncentrationer så låga som 0,3 % och möjliggör kortare körtider. Låg bakgrundsfärgning ger också överlägsen avbildning av DNA med hög molekylvikt. Separationsområdet är mellan 1 kb och 5 Mb.

Pulsad fältagaros: Pulsed field gelelektrofores (PFGE) används för separation av stora DNA-fragment. Även om geler gjutna med denna agaros har längre PFGE-körtider än med megabasagaros, är körförhållanden för denna agaros ett förinställt, valbart protokoll för CHEF Mapper® XA-systemets automatiska algoritm. Separationsområdet är 1 kb till 2 Mb.

Agaros för IEP och IEF: Agaroser finns tillgängliga för immunoelektrofores (IEP) och isoelektrisk fokusering (IEF). De kan användas för att bestämma den relativa molekylvikten (Mr). Agarosen för IEF har ingen påvisbar elektroendosmosis.

Prefabricerade agarosgeler

Prefabricerade agarosgeler har flera fördelar, förutom snabbhet och reproducerbarhet. Den låsbara brickan innebär att agarosgelerna inte rör sig under laddning och i början av en körning, vilket kan leda till slöseri med prov, ojämn belastning och minskad bandskärpa. Den UV-transparenta brickan har fluorescerande numrerade brunnar som hjälper till att hålla reda på laddningsmönster när det finns många prover, samt en fluorescerande linjal längs ena sidan för att mäta migrationen.

En mängd olika geler, 1 och 3 % agaros, TBE och TAE, samt med och utan ethidiumbromid, är tillgängliga. Brunnskonfigurationer passar behoven från förberedande till screening av ett stort antal prover (upp till fyra rader av brunnar). Enhetligheten gör att prefabricerade agarosgeler är lätta att ladda med en flerkanalspipett.

Prefabricerade agarosgeler ger utmärkt separation och upplösning av DNA och är kompatibla med de flesta undervattens horisontella elektroforesesystem.

Mer information om agaros

Agaros är en linjär polysackarid som består av upprepade enheter av agarobiose och som extraheras från kokta rödalger. Dess neutrala laddning, låga geleringstemperatur och bildandet av stabila geler med stora porstorlekar gör agaros till ett bra medium för elektrofores och kromatografi. Agarosgeler är enkla och snabba att sätta upp och kan separera DNA-fragment från cirka 20 bp till många megabaser. Agarospärlor används i stor utsträckning för kolonnkromatografi, särskilt vid storleksexkludering och affinitetskromatografi.