För det mesta lever parasitiska protozoer i en ganska konstant miljö. Temperaturen fluktuerar mycket lite, eller inte alls, inne i värddjuret, uttorkning är ingen risk, och mat finns i ständig tillgång. Frilevande protister å andra sidan står inför kort- eller långvariga förändringar i temperatur, vattensurhet, livsmedelstillgång, fukt och ljus. Många protozoer reagerar på ogynnsamma miljöförhållanden genom att kryptera: de utsöndrar en tjock, hård vägg runt sig själva och går effektivt in i ett lugnt tillstånd som kan jämföras med vinterdvala. Förmågan att bilda en motståndskraftig cysta är utbredd bland olika protistangrupper och utvecklades troligen tidigt i deras evolutionära historia. Vilande cystor transporteras också lätt av vinden och utgör en viktig spridningsväg för arter som lever i marken eller är vanliga i flyktiga dammar och bassänger. I klimat med tydliga kalla årstider kan cystan vara en viktig fas i den årliga livscykeln.
Cystväggen består av ett varierande antal lager, vars beståndsdelar är beroende av arten. Under cystbildningsprocessen genomgår protozoernas cell en rad förändringar som avsevärt minskar organismens komplexitet. Flagellerade organismer och ciliater förlorar sina flageller och cilier, den kontraktila vakuolen och matvakuolerna försvinner, och fördelningen av organeller inom cellen kan omorganiseras. Hos vissa arter minskar cellvolymen avsevärt. Dessa förändringar vänds om under processen med excystment.
Vissa marina planktoniska tintinnider är programmerade att bryta ut ur sina cystor en masse vid de tider på året då födotillgången är riklig. Helicostomella subulata, till exempel, excystas i juni i tempererade vatten och blir talrik från juli till oktober. I oktober bildar den cystor igen och sjunker ner i sedimenten, där den stannar kvar till nästa år. Cystan är en normal del av den årliga livscykeln, och till och med laboratoriepopulationer av denna ciliatystas vid samma tidpunkt som den naturliga populationen. Denna typ av livsstrategimönster har påvisats hos flera andra ciliater och hos vissa amöbor.
För marklevande protozoer är cystan en viktig tillflyktsort när markfukten försvinner eller när markvattnet fryser till. I jordar som är utsatta för frysning och periodisk kortvarig upptining, excystar protozoerna snabbt, äter och reproducerar sig och encystar sedan igen när markvattnet tillfälligt blir otillgängligt för dem.
Cystan spelar en viktig roll i livscyklerna hos flera parasitiska protozoer som har ett fritt levande spridningsstadium, t.ex. Entamoeba histolytica och Cryptosporidium. Cystorna utsöndras i värdens avföring och överlever i vatten eller jord. Människor smittas vanligtvis genom att dricka förorenat vatten eller äta rå frukt och grönsaker som odlats där mänsklig avföring använts som gödningsmedel.
A.L. Leu
Vissa sötvattenprotozoer, särskilt ciliaterna Spirostomum, Loxodes och Plagiopyla, undviker obehagliga förhållanden, särskilt syrebrist, genom att överge sitt liv på botten och simma uppåt för att positionera sig på en nivå där det finns en del syre tillgängligt, men där de inte konkurrerar direkt med planktonarter. De stannar där tills syre återigen blir tillgängligt på sjöns botten, då de vandrar nedåt.
Den utbredda förekomsten av mixotrofi som innebär algsymbios och att planktoniska protozoer behåller och binder plastiderna från fotosyntetiska bytesdjur tros vara en anpassning till vatten där födan är begränsad. Ciliater som behåller plastider verkar vara mycket vanligare i vatten där det råder brist på föda än i produktiva vatten. Det finns ett omvänt förhållande mellan denna form av mixotrofi och ekosystemets produktivitet.