En elimineringsdiet är ett vanligt behandlingsalternativ. Det är viktigt att tala med en kvalificerad allergolog/gastroenterolog och ha en dietist med erfarenhet av matallergier innan man påbörjar en eliminationsdiet. Eliminationsdieten är skräddarsydd för den enskilda individen. Vissa personer kan identifiera specifika livsmedel som utlöser symtom, men de flesta kan inte göra det. Mer än ett livsmedel kan vara inblandat. Vissa läkare kan föreslå att upp till 6/8 vanliga födoämnesallergener (mjölk, ägg, soja, vete, jordnötter/trädnötter, skaldjur/fisk) avlägsnas. Nya studier visar att mjölk, ägg, vete och soja är de vanligaste livsmedelsutlösarna för EoE, och därför kan vissa specialister rekommendera att endast dessa fyra livsmedelsutlösare avlägsnas. Det finns inget test (hudpricktest, blodtest eller lapptest) som på ett tillförlitligt sätt kan visa vilka livsmedel som är de specifika utlösande faktorerna vid EoE. Vid varje elimineringskost är det viktigt att se till att kosten är balanserad, att tillväxten bibehålls och att det finns en plan för att göra en ny bedömning.
En elementär kost består endast av ett särskilt medicinskt livsmedel, en så kallad elementärformel, som innehåller aminosyror (proteinernas byggstenar), fetter, sockerarter, vitaminer och mineraler. De ger all den näring en person behöver om man tar tillräckligt mycket av dem.Vissa personer behöver en sond för att se till att de får tillräckligt med formeln eller för att ge matstrupen vila. Patienten får formeln ensam i ett antal veckor och får sedan en ny endoskopi för att se om det har skett en förbättring. Om tillståndet har förbättrats introduceras livsmedel långsamt tillbaka i kosten och en upprepad endoskopi utförs ofta för att säkerställa fortsatt kontroll med återinförande av livsmedel.
Läkemedel kan användas ensamma och/eller tillsammans med kostbehandling. De vanligastemedicinerna som används vid EoE är kortikosteroider som sväljs, ofta används en flutikasonpuffer (som sväljs) eller budesonidampuller (som görs till en slurry). Dessa läkemedel täcker matstrupen och hjälper till att göra sig av med eosinofiler. Mediciner mot sura uppstötningar kan också användas. Läkaren avgör vilka eventuella mediciner som är lämpliga för varje individ.
Ösofagaldilatation kan användas hos personer med allvarliga förträngningar eller strikturer i matstrupen för att ge omedelbar lindring, och i andra hand hos personer med långvariga symtom som har försökt med diet eller mediciner utan att det har förbättrats. Även om dilatation är relativt säker är denna behandling mindre bekväm eftersom den innebär ett endoskopiskt ingrepp och bör därför endast användas i noggrant utvalda fall.