FLAG-tag, eller FLAG-oktapeptid eller FLAG-epitop, är en polypeptidproteintag som kan läggas till ett protein med hjälp av rekombinant DNA-teknik och som har sekvensmotivet DYKDDDDDDK (där D=asparaginsyra, Y=tyrosin och K=lysin). Det är en av de mest specifika taggarna och det är ett artificiellt antigen som specifika monoklonala antikroppar med hög affinitet har utvecklats mot och som därför kan användas för rening av proteiner med hjälp av affinitetskromatografi och även kan användas för att lokalisera proteiner i levande celler. Det har använts för att separera rekombinant, överexpressat protein från vildtypsprotein som uttrycks av värdorganismen. Den kan också användas för att isolera proteinkomplex med flera underenheter, eftersom dess milda reningsförfarande tenderar att inte störa sådana komplex. Det har använts för att få fram proteiner av tillräcklig renhet och kvalitet för att utföra 3D-strukturbestämning genom röntgenkristallografi.
En FLAG-tagg kan användas i många olika analyser som kräver igenkänning av en antikropp. Om det inte finns någon antikropp mot ett visst protein kan man genom att lägga till en FLAG-tag till ett protein studera proteinet med en antikropp mot FLAG-sekvensen. Exempel på detta är studier av cellulär lokalisering genom immunofluorescens, immunoprecipitering eller detektion genom SDS PAGE-proteinelektrofores och Western blotting.
Peptidsekvensen för FLAG-taggen från N-terminus till C-terminus är: DYKDDDDK (1012 Da). Dessutom kan den användas i tandem, vanligen 3xFLAG-peptiden: DYKDHD-G-DYKDHD-DYKDHD-I-DYKDDDDDDK (med den sista taggen som kodar för ett enterokinas-klyvningsställe). Den kan fusioneras till ett proteins C-terminus eller N-terminus, eller infogas i ett protein. Vissa kommersiellt tillgängliga antikroppar (t.ex. M1/4E11) känner igen epitopen endast när den finns vid N-terminus. Andra tillgängliga antikroppar (t.ex. M2) är dock positionsoberoende. Tyrosinresterna i FLAG-taggen kan vara sulfaterade, vilket kan påverka antikropparnas erkännande av FLAG-epitopen. FLAG-tagget kan användas tillsammans med andra affinitets-taggar, t.ex. en polyhistidin-tagg (His-tag), HA-tag eller myc-tag.