Fredrik Vilhelm III föddes i Potsdam den 3 augusti 1770 och efterträdde sin far, Fredrik Vilhelm II, som kung av Preussen 1797. Han inledde sin regeringstid med att skicka sin fars älskarinnor och favoriter iväg, och han lät meddela att han hade för avsikt att häva alla existerande restriktioner för religionen, avskaffa censuren och förbättra böndernas villkor. Snart drog han sig dock tillbaka inför den konservativa preussiska adelns motstånd.
Under den andra koalitionens krig mot Frankrike klamrade sig Fredrik Vilhelm fast vid en farlig och alltmer isolerad neutralitet. När Preussen äntligen anslöt sig till den tredje koalitionen fick det bara det katastrofala nederlaget i Jena (1806). I den efterföljande freden i Tilsit (1807) måste alla Preussens polska och västra territorier – ungefär hälften av dess landmassa – överlämnas. Denna katastrof avslöjade det sårbara läget för ett Preussen som var omgivet av folkrikare och mäktigare grannar och gav därmed impulser till de centraliserande reformer som genomfördes av Fredrik Vilhelms ministrar. Dessa reformer gjorde det möjligt för Preussen att återinträda i kriget mot Napoleon 1813. I den tyska historien kallas denna förnyelse av kriget för befrielsekriget, på grund av att den preussiska regeringen uttryckligen framställde att den kämpade för att rensa tysk mark från den främmande inkräktaren. År 1815 tilldelade Wienkongressen Preussen vissa nya landområden och återställde de flesta av dess förlorade territorier.
Trots sina många vädjanden till tysk patriotism och till och med nationalism under kriget anslöt sig Fredrik Vilhelm efter krigets slut till det reaktionära parti som uppstod under Wienkongressen. Han vägrade att infria sitt löfte att ge Preussen en konstitution och beordrade arresteringen av ett stort antal liberaler som hade låtit sig fångas in i ett slarvigt avslöjande av sin politiska filosofi. De senare åren av hans regeringstid präglades av oförminskad reaktion. De enda positiva framgångarna var föreningen av de preussiska lutherska och kalvinistiska kyrkorna (1817), en återspegling av kungens växande intresse för religiösa frågor, och upprättandet av en nordtysk tullunion (1834), ett steg som skulle underlätta utvidgningen av det preussiska politiska herraväldet över detta område cirka tre decennier senare. Fredrik Vilhelm III dog i Berlin den 7 juni 1840.