Urinvägsinfektioner är bland de vanligaste bakterieinfektionerna. De kan uppstå antingen i en okomplicerad värdmiljö, där det inte finns någon underliggande strukturell eller funktionell avvikelse i patientens genitourinära trakter, eller komplicerade, där det finns. I det senare fallet är vanliga predisponerande faktorer närvaron av en främmande kropp, t.ex. en urinkateter, eller störning av det normala urinflödet genom obstruktion eller retention. Bakterier har mycket varierande förmåga att invadera urinvägarna, men den stora majoriteten av sådana infektioner orsakas av ett litet antal arter. Vanligtvis sker det genom uppstigning från urinröret. Vissa uropatogena stammar av Escherichia coli är de mest kompetenta när man mäter hur ofta de är den identifierade orsaken. Sådana stammar uppvisar ett antal virulensfaktorer som gör det möjligt för dem att inta denna nisch – vilket med ökad förståelse kan främja olika behandlingsmetoder. Andra arter är ofta inblandade endast i närvaro av en underliggande urologisk abnormitet. Närvaron av en urinkateter eller annan urindräneringsanordning ger organismerna en färdig ställning att utveckla en biofilm, vilket i sin tur gör att de inte kan utrotas på ett framgångsrikt sätt. Njursten kan på samma sätt kopplas till biofilmproduktion.