Atlanta BravesEdit
Francoeur blev befordrad av Atlanta den 6 juli 2005. Han var en del av en grupp rookiespelare, med smeknamnet ”Baby Braves”, som Atlanta kallade upp från sitt minor league-system under säsongen 2005.
Francoeur gjorde sin MLB-debut dagen därpå när han startade på högerfältet mot Chicago Cubs i den andra matchen i ett dubbelmöte. I slutet av den åttonde inningen slog han en 3-run homer till mittfältet, hans första träff i Major League. Francoeur är känd för sina löften i början av sin karriär: han gjorde omslaget till Sports Illustrated den 26 augusti 2005, som döpte honom till ”The Natural” efter att han slagit 0,360 med en OPS på 1,067 under sina första 37 matcher. Francoeur avslutade säsongen med att slå .300/.336/.549 på 67 matcher, med 14 homeruns och 44 RBIs. Under sin rookiesäsong fick han ett rykte om sig att vara en fritt svängande fastballhittare, och hans första walk kom inte förrän vid sitt 128:e spel på plattan. I försvaret blev Francoeur känd för att ha en stark och exakt arm och avslutade säsongen med 13 outfieldassists (tredje totalt i MLB) trots att han spelade mindre än halva säsongen. Han slutade trea i National League Rookie of the Year-omröstningen samtidigt som han fick flest andraplatsröster.
Francoeur slog .260 med 29 homers och 103 RBIs under sin första hela säsong i majors. Han blev också bara den fjärde Brave som spelade alla 162 matcher under en säsong, tillsammans med Félix Millán, Dale Murphy och Andruw Jones. Francoeur blev utvisad för första gången i sin karriär den 16 juli 2006. Den 13 maj 2006 slog Francoeur en walk-off grand slam mot Washington Nationals, den första walk-off home run och grand slam i hans karriär.
I sin andra hela säsong 2007 slog Francoeur .293, med 19 homers och 105 RBIs. Francoeur visade också talang på den defensiva sidan av planen och ledde ligan i outfield assists med 19 samtidigt som han fick sin första Gold Glove i karriären. Francoeur spelade alla 162 matcher för andra säsongen i rad. Han blev utvisad för andra gången i sin karriär den 16 juli 2007, exakt ett år på dagen efter sin första utvisning.
Den 12 april 2008 gjorde Francoeur 3 av 5 mot Washington Nationals, inklusive två homeruns och karriärens högsta sju RBIs. Han hade en svit på 370 matcher i rad innan han satt ut i den andra matchen i ett dubbelmöte den 20 maj 2008. Den 22 maj 2008 gjorde Francoeur 3 av 4 mot New York Mets med en RBI-trippel, en RBI-singel och en homerun med två poäng, vilket innebar att han hamnade en dubbel kort före en cykel.
Efter att i flera veckor ha hamnat i den värsta svackan i sin karriär valde ledningen för Braves att låta Francoeur gå till Double-A Mississippi den 4 juli 2008, för att arbeta med sin gamle slagträningscoach Phillip Wellman och finslipa sin sving utanför den pressade major league-omgivningen. Francoeur hade fram till den tidpunkten av säsongen haft en resultatlista på .234/.287/.374. Francoeur återkallades den 7 juli 2008, efter bara tre dagar i underligan på grund av de många skador som Braves drabbades av under semesterhelgen. Hans svacka fortsatte efter att han återvänt till majors; Francoeur hade en siffra på .234/.300/.324 fram till den 10 september.
New York MetsEdit
Den 10 juli 2009 byttes Francoeur till New York Mets för outfieldern Ryan Church.
Francoeur debuterade i Mets den 11 juli 2009 och fick två RBI:er i sitt första slag. Han avslutade dagen med att göra 2-4 med två RBIs, en strikeout och blev fångad vid en stöld en gång. Den 20 juli slog Francoeur sin första homerun som Mets mot Washington Nationals kastare Logan Kensing, under den nionde inningen i den matchen.
Den 23 augusti 2009 blev Francoeur den andra spelaren i major league-historien (efter Homer Summa 1927) att slå in ett oassisterat trippelspel i slutet av matchen. Han slog ett line drive direkt till Eric Bruntlett, andra baseman för Philadelphia Phillies. Francoeur skrev på nytt kontrakt med Mets inför 2010.
Efter att ha varit Mets startande högerfältare under första halvan av säsongen 2010 ersattes Francoeur av Ángel Pagán för att göra plats för Carlos Beltráns återkomst under andra halvan.
Texas RangersRedigera
Den 31 augusti 2010 byttes Francoeur av Mets till Texas Rangers för infielder Joaquín Árias. Francoeur användes främst i defensivt syfte i 2010 års AL-mästare.
Kansas City RoyalsEdit
Den 8 december 2010 skrev Francoeur på ett ettårigt avtal med Kansas City Royals värt 2 dollar.5 miljoner dollar som inkluderade en ömsesidig option för säsongen 2012.
Den 18 augusti 2011 gick Francoeur med på en tvåårig förlängning med Royals värd 13,5 miljoner dollar. Han utsågs för uppdrag den 30 juni 2013 efter att ha slagit .208/.249/.322 på 59 matcher med Royals.
San Francisco GiantsEdit
Francoeur skrevs på ett minor league-kontrakt av Giants, den 9 juli 2013. Den 13 juli köptes hans kontrakt från Fresno Grizzlies. Francoeur utsågs för uppdrag den 20 augusti och släpptes den 22 augusti. På 22 matcher för Giants noterade han 12 träffar, 4 RBIs och slog endast .194.
Cleveland IndiansEdit
Francoeur skrev på ett minor league-avtal med Cleveland Indians den 6 januari 2014. Organisationen släppte Francoeur den 22 mars 2014.
San Diego PadresEdit
Francoeur skrev på ett minor league-avtal med San Diego Padres, den 26 mars 2014. Han tilldelades Triple-A El Paso Chihuahuas och slog den första homerun i lagets historia den 3 april 2014. De övervägde att omvandla honom till pitcher, och han spenderade en del av sin tid i miniorna som pitcher. De bestämde sig dock för att behålla honom som outfielder i slutändan. Han kallades upp och var med i startuppställningen den 23 juli. Den 11 augusti utsågs Francoeur för uppdrag. Han klarade waivers och blev outrighted tillbaka till Chihuahuas. Francoeur valde free agency i oktober 2014.
Philadelphia PhilliesEdit
Den 13 november 2014 skrev Francoeur på ett minor league-kontrakt med Philadelphia Phillies.
Den 16 juni 2015 användes Francoeur som avlastningskastare i en 19-3-förlust mot Baltimore Orioles, och kastade matchens enda poänglösa inning. Han släppte dock in två poäng i nästa inning. I juli började han ha framgång både från bänken och i startelvan, bland annat under en period då han slog tre homeruns på åtta matcher. Även om han uttryckte en önskan att stanna kvar hos Phillies under säsongen 2015 och kanske till och med därefter, indikerade hans spel att han skulle kunna flyttas nära trading deadline för att förstärka ett utmanande lags outfield. Han flyttades dock inte vid trade deadline. I slutändan avslutade han säsongen med ett slagsnitt på .258, 13 homeruns och 45 RBIs.
Återvänd till AtlantaEdit
Den 22 februari 2016 gick Francoeur med på ett minor-league-avtal med Braves, med en inbjudan till vårträning. Den 29 mars köpte Braves Francoeurs kontrakt.
Miami MarlinsEdit
Francoeur byttes till Miami Marlins den 24 augusti 2016 i en tre-lagsaffär som inkluderade Texas Rangers. Braves fick minor league utility player Dylan Moore från Rangers och minor league catcher Matt Foley från Marlins.