Cupionich omnämndes av Mariano Bolizza 1614 som en del av Sanjak av Scutari. Den var romersk-katolsk, hade 60 hus och 130 vapenmän under befäl av Pecha Campersa.
Koplik tros ha grundats någon gång under 1300-talet av tsar Stephan Dushan av Serbien.
Koplik, som är en gränsstad, har en lång historia av krigföring. Kopliks historiska betydelse beror till stor del på Malissori-stammarna. Deras våldsamma oberoende natur gjorde att Koplik ofta var inblandad i krig mot ottomanerna och serberna under en stor del av sin historia. I själva staden finns ett monument till minne av slaget vid Koplik, även känt som slaget vid Deçiq på grund av att det utkämpades både i Koplik och Tuzi. Slaget var ett resultat av ett uppror av Malsori-stammar som leddes av Ded Gjo Luli från Traboin-Hoti-stammen mot den ottomanska kejserliga auktoriteten. Slaget var en kostsam seger för Malsori-stammarna. Efter första världskriget och delningen av Malsia e Madhe i två delar gavs området kring Tuzi till kungariket Montenegro medan området kring Koplik förblev albanskt och Koplik blev Malsia e Madhes regionala huvudstad. Under den osmanska ockupationen konverterade många av stadens invånare till islam, även om landsbygdsbefolkningen i Malësia e Madhe fortsatte att vara huvudsakligen katolsk. Den kommunistiska regimen införde kraftiga begränsningar av rörligheten, men efter kommunismens fall 1991 upplevde Koplik en stor tillströmning av nya bosättare från landsbygden.
1984 upphöjdes Koplik till stad och beviljades en kommun efter de första demokratiska valen den 26 juli 1992.