Marlon Green föddes i El Dorado, Arkansas. Hans far, Mickinley Green, föddes år 1900 och gifte sig med Greens blivande mor, Lucy, den 10 april 1921. Greens bror Rudolph Valentino Green föddes 1928, följt av Marlon (6 juni 1929), Jean Evelyn (1933), James Zell (1936) och Allen David (1941).
År 1936 eller 1937 flyttade familjen till Lansing, Michigan, där han fick arbete på Drop Forge Company. Han anslöt sig senare till tandläkaren J. Shelton Rushings hushållspersonal som vad sonen kallade major domo.
Marlon Green anslöt sig till det amerikanska flygvapnet, där hans sista tjänstgöring var att flyga SA-16 Albatross med 36th Air Rescue Squadron på Johnson Air Base i Tokyo, Japan. Under sin ledighet 1957 ansökte han om en tjänst som pilot hos Continental Airlines och blev inbjuden till en intervju efter att ha lämnat frågan om rasidentitet blank i ansökan. Han underlät också att klistra in en bild på sig själv i det lilla fyrkantiga fältet i det övre högra hörnet på den första sidan av ansökan, fem andra vita sökande som var mindre kvalificerade anställdes. Enligt olika källor fick han antingen avslag då, eller så anställdes han som landets första afroamerikanska pilot för ett större kommersiellt flygbolag, men fick avslag efter att ha anmält sig för introduktion. Den 22 april 1963, efter muntliga argument den 28 mars 1963, avgjorde USA:s högsta domstol i målet Colorado Anti-Discrimination Commission v. Continental Airlines, Inc. 372 U.S. 714 no. 146″ att Green hade blivit olagligt diskriminerad. År 1964 anställde American Airlines David Harris som den första afroamerikanska piloten för ett stort amerikanskt passagerarflygbolag. Efter sin seger i Högsta domstolen flög Green för Continental från 1965 till 1978, till en början som pilot på Vickers Viscounts från Denver. Han blev kapten 1966.
Green dog 80 år gammal i Denver, Colorado. Han var skild och efterlämnar sina tre döttrar och tre söner. Den 16 februari 2010 namngav Continental Airlines på George Bush Intercontinental Airport i Houston, Texas, en Boeing 737-824 (N77518, cn 31605)> efter honom.
Under sin livstid blev Green invald i Arkansas Aviation Hall of Fame.