Organisationen som ledde fram till Military Auxiliary Radio System hette Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS skapades i november 1925 av några hängivna pionjärer i United States Army Signal Corps under ledning av kapten Thomas C. Rives. Förenta staterna insåg att radio var ett viktigt kommunikationssätt under första världskriget. Integreringen av radio för att stödja arméns operationer skapade ett betydande behov av arbetskraft och kompetens som inte var lätt att tillgodose. Army Amateur Radio System bildades 1925 för att tillhandahålla en pool av utbildade radiooperatörer för att förstärka signalkåren under mobilisering i krigstid och för att tillhandahålla en utvidgning av signalkårens radionätverk för att stödja civila myndigheter i samband med hjälpinsatser vid naturkatastrofer. Samtidigt som organisationen stödde militära mål bestod den av frivilliga civila som var skickliga radioamatörer. Dessa civila tillämpade sina specialkunskaper inom radiokommunikation när de stödde signalkåren över hela det amerikanska fastlandet, Filippinerna, Panama och Hawaii.
Organisationen upplevde i slutändan både framgång och misslyckande. Army Amateur Radio System lyckades utveckla sina radiooperatörers kompetens, vilket visades av det stöd som gavs till lokala, delstatliga och federala myndigheter under hjälpinsatser vid naturkatastrofer. Men inför USA:s inträde i andra världskriget var Army Amateur Radio Systems medlemmar betydligt underutvecklade i antal för att tillhandahålla betydande arbetskraft för att förstärka signalkårens mobilisering för kriget. AARS-organisationen fortsatte att fungera fram till USA:s inträde i andra världskriget den 7 december 1941, då radioamatörer nekades användning av etern, och amatörtjänsten och Army Amateur Radio System avaktiverades. Efter andra världskriget insåg den amerikanska armén vikten av att återaktivera AARS för att utbilda livsviktig kommunikationspersonal till en relativt låg direkt kostnad för staten, och 1946 återaktiverades AARS.
AARS fungerade som sådant fram till skapandet av Military Affiliate Radio System i november 1948 med inrättandet av separata MARS-program för armén och flygvapnet, vilket återspeglade skapandet av flygvapnet som en separat tjänst. 1948 valde kapten Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) att använda akronymen MARS, den romerska krigsguden, som ett passande namn för AARS:s pånyttfödelse efter andra världskriget som Military Amateur Radio System. Programmets namn ändrades till Military Affiliate Radio System den 2 september 1952, som ett erkännande av organisationens förändrade karaktär med det växande antalet civila frivilliga medlemmar. Så småningom inrättades marinkårens MARS-program officiellt den 17 augusti 1962 och inledde sin verksamhet den 1 januari 1963. Detta följde på Kubakrisen och president Kennedys oro för livskraftiga och utökade kommunikationsmöjligheter.
Under Koreakriget, Vietnamkriget, kalla kriget och Gulfkriget var MARS mest känt för sin hantering av skriftliga ”Marsgram”-meddelanden och för att tillhandahålla ”telefonplåster” som gjorde det möjligt för utlandssoldater att kontakta sina familjer i hemlandet.
Programmets namn ändrades återigen till det nuvarande Military Auxiliary Radio System den 23 december 2009.
En försändelse som utfärdades i maj 2009 meddelade att marinkårens och marinkårens MARS-program skulle stängas av den 30 september 2009. Navy-Marine Corps MARS fortsatte dock att fungera fram till den 30 september 2015.
Department of Defense Instruction 4650.02, daterad den 23 december 2009, ändrade MARS status från en affiliate till en auxiliary (lika status som Coast Guard Auxiliary och Civil Air Patrol). Denna ändring av statusen räddade Navy-Marine Corps MARS-program från att läggas ner och satte det tillbaka i linje med uppdraget för nödkommunikation för dess systertjänster (Army and Air Force MARS).
.