Använd vänster- och högerpilarna ovan för att navigera i bildspelet. Klicka på bilden för att pausa.
Lewis och Clark var de första som noterade att området kring nuvarande Nebraska City skulle vara en idealisk plats för en framtida stad under deras expedition för att utforska väst 1804-1806. Nebraska Citys första början kan hittas i samband med etableringen av Fort Kearney 1846. Fort Kearney grundades inom nuvarande Nebraska City, nära Missouriflodens stränder mellan North Table Creek och South Table Creek. Fort Kearneys militärpost bestod av ett blockhus i timmer och låg på en kulle med utsikt över Missourifloden nära den nuvarande platsen för Nebraska City. Fortets betydelse berodde på dess läge vid Missourifloden, som underlättade bättre transporter, vilket gjorde Fort Kearney till ett viktigt försörjningsfort för den amerikanska armén som var verksam i regionen. Den verksamhet som var förknippad med fortet bidrog till att skapa sysselsättningsmöjligheter för de tidiga bosättarna som kom till området. Kort efter etableringen övergavs fortet och möjligheten att skapa en stad i närheten av fortet förverkligades inte. Den färja som John Boulware drev och som låg vid Nebraska City för att underlätta för arméns personal att resa över Missourifloden fortsatte dock att användas efter det att fortet stängdes. Denna färja utnyttjades av hundratals 49ers när de korsade Nebraska Territory på väg till Kalifornien.
År 1854 skapades Otoe County i och med antagandet av Kansas Nebraska Bill. Detta öppnade upp för bosättning i hela Nebraska-territoriet och samma år byggdes stadens första byggnad. Nebraska City erkändes först den 20 december 1853 med öppnandet av Table Creek Post Office. Table Creek var en postadress år 1853. År 1854 utsågs samhället Table Creek till säte för Otoe County och den 4 mars samma år bytte samhället namn från Table Creek till Nebraska City. Vid namnbytet från Table Creek till Nebraska City förblev Nebraska City länssäte för Otoe County.
Nebraska City ritades upp i juni 1854 och införlivades den 2 mars 1855. Nebraska Citys ursprungliga platta ligger i centrum av dagens Nebraska City. Det rutnätssystem av vägar som hörde till stadens ursprungliga platta var utformat för att ge den enklaste transporten av gods från floden genom staden och västerut. Alla stadens vägar anlades parallellt och vinkelrätt mot Missouriflodens segment mellan North Table Creek och South Table Creek. Den 16 mars 1855 blev Kearney City, som ligger sydost om Nebraska City, inkorporerad. Detta område är i dag mer allmänt känt som Kearney Hill. Kearney Citys rutnätssystem skilde sig mycket från grannkommunen eftersom vägarna var roterade på en axel, jämfört med vägarna i Nebraska City. Det alternativt riktade vägnätet i Kearney Hill är fortfarande mycket tydligt i dag. Förutom Kearney City bildades ett tredje samhälle vid namn South Nebraska City den 26 januari 1856 och var beläget direkt söder om Nebraska City och norr om South Table Creek. Som ett separat samhälle utvecklade även detta område ett helt eget vägsystem. Vägarna i South Nebraska City hade samma riktning som vägarna i Nebraska City, men de var förskjutna i öst/västlig riktning, vilket gjorde att de båda samhällenas vägkorridorer inte låg i en rak linje. Konsekvenserna av denna inriktning av vägarna i de två samhällena resulterade i vägar som inte följer stadens övergripande rutnätssystem och ett antal tomter som är markant mindre än det typiska utvecklingsmönstret i staden. I december 1857 bildades alla tre samhällen slutligen till det som nu är känt som Nebraska City.
De tidiga bosättarna i Nebraska City var väl medvetna om bristen på betydande skogsområden, vilket ledde till brist på byggnadsmaterial. För att bekämpa denna situation började staten erbjuda många incitament för lokala markägare att plantera träd. Förutom att han anlade sin egen fruktträdgård och sitt arboretum blev Nebraska City-pionjären och invånaren J. Sterling Morton en politisk förespråkare för trädplantering och var grundaren av Arbor Day, som nu är ett nationellt evenemang. Förutom sina insatser för att skapa Arbor Day var J. Sterling Morton en lokal, delstatlig och federal politiker som avslutade sin politiska karriär 1897 som jordbruksminister under president Grover Cleveland. Mortons hem i Nebraska City, en herrgård med 52 rum som byggdes för att likna Vita huset i Washington D.C., byggdes ursprungligen 1879. År 1923 omvandlades byggnaden till Arbor Lodge, en statlig historisk park och ett arboretum.
Två år efter inbördeskrigets slut, den 1 mars 1867, blev Nebraska officiellt den 37:e staten i unionen. Införandet av Nebraska som stat bidrog till att locka till sig nya bosättare och Nebraska Citys läge som en bra korsning av Missourifloden sporrade till ny utveckling i Nebraska City. Den första tillväxtboomen inträffade när järnvägen kom till staden och den lokala ekonomin övergick från att transportera varor på floden till att baseras på det växande järnvägsnätet. I april 1871 byggdes Burlington and Missouri River Railroad som låg mitt i den nybildade staden och detta ledde i sin tur till en ökning av industrier i området. Med enkel tillgång till såväl järnväg som pråmtrafik från floden kunde företagen blomstra.
Förädlingsindustrin har spelat en mycket viktig roll för samhällets tillväxt. Den tidiga industriella utvecklingen ledde till att stadens befolkning nådde en rekordnivå på 7 550 invånare 1890. Med ett utmärkt läge intill Missourifloden och omedelbar tillgång till järnvägstransporter kunde lokala varor få tillgång till marknader över hela det amerikanska fastlandets utvecklingsområden. När människorna i Nebraska City och dess omgivningar insåg jordbrukspotentialen i Nebraska betonades behovet av plogar, maskiner och metallvaror. De lokala industrierna var unikt lämpade för att leverera dessa varor tack vare det fördelaktiga läget längs de stora transportvägarna. År 1888 tryckte S.H. Calhoun Jr. en reklambok där han prisade de fördelar som Nebraska City hade när det gällde industriell tillväxt.
Nebraska City upplevde en nedgång i industriell verksamhet och befolkning med början år 1900. Flodtrafiken minskade och järnvägarna som till en början var koncentrerade till Nebraska City fortsatte att bygga nätverk över prärien. Fraktverksamhet, resor och industri minskade liksom befolkningen till cirka 7 000 invånare, där den har legat kvar i årtionden. Den nuvarande sysselsättningen omfattar plast och tillverkning, produktion av naturgasmätare, elproduktion, köttförädling, detaljhandel, utbildning, hälsovård och serviceinstitutioner för att nämna några exempel. År 2015 ledde en förnyad betoning på skapande av småföretag och entreprenörskap till att staden samarbetade med det privata näringslivet för att skapa en infrastruktur för fiberoptisk kommunikation i staden.
Nebraska City har strävat efter att bevara sina historiska byggnader och platser, vilket resulterat i att många av Nebraska Citys byggnader är upptagna i National Registry of Historic Places samt i Nebraska’s Historical Registry. På grund av stadens historiska småstadscharm och närheten till de stora befolkningscentrumen Omaha, Lincoln och Kansas City har turistindustrin utvecklats och frodats. År 1968 skapade Nebraska City sin ikoniska AppleJack Festival. Detta evenemang drar säsongsbaserad turism till samhället och erkändes 2015 som en Top 10 höstskördefestival av USA Today. År 1972 grundades Arbor Day Foundation av John Rosenow, som också övervakade byggandet av Lied Lodge and Conference Center 1993. Arbor Day Foundation är en ideell bevarande- och utbildningsorganisation med miljontals medlemmar som har till uppgift att inspirera människor att plantera, vårda och fira träd, och dess Lied Lodge and Conference Center erbjuder en resortliknande atmosfär för konferenser, ledningsretreater, familjeåterföreningar och bröllop. Missouri River Basin Lewis & Clark Center, som erkänner områdets historia och turismens dragningskraft, har lockat besökare från alla 50 stater och många länder varje år sedan det byggdes 2004. Den tre våningar höga, 12 000 kvadratmeter stora anläggningen ligger på en naturskön 79 hektar stor skogsbevuxen bluff med utsikt över Missourifloden och ger dagens besökare en känsla av varför Lewis och Clark noterade detta område för över 200 år sedan.
Förutom den unika historien bidrar även konsten till turismens dragningskraft i Nebraska City. År 2001 bildades Kimmel-Harding-Nelson Center for the Arts i Nebraska City. Centret tar årligen emot mellan femtio och sextio bildkonstnärer, författare, kompositörer och tvärvetenskapliga konstnärer från hela landet och världen och tar emot upp till fem konstnärer åt gången för vistelser som varierar från två till åtta veckor. Detta residensprogram för konstnärer har bidragit till att forma konstens ansikte i Nebraska och regionen, bland annat genom att 2013 bidra till skapandet av ett konstprojekt med titeln ”An Enchanted Arboretum” (ett förtrollat arboretum). Projektet består av sjuttioen (71) stiliserade trädskulpturer som utformats av professionella konstnärer och elever från Nebraska City. Tjugofem (25) sex fot höga professionellt utformade träd är placerade utomhus på offentliga platser i Nebraska City, och fyrtiosex (46) fyra fot höga träd utformade av studenter finns runt om i staden i eller utanför företag och privata hem och gårdar. An Enchanted Arboretum var pilotprojektet för Nebraska Citys Arbor City Initiative, en gräsrotsinsats för att främja staden som Arbor Day’s Hometown Where Great Ideas Grow.
Under hela Nebraska Citys historia har ekonomin varit inriktad på Missourifloden och jordbruket. Idag ligger Nebraska City och Otoe County fortfarande längs och/eller nära viktiga transportleder som Interstate 29 i öster och Interstate 80 i norr. Nebraska City får tillgång till de båda interstatliga systemen via U.S. Highway 75 och State Highway 2. Highway 75 är en tvåfilig väg medan State Highway 2 är en fyrfilig väg med begränsat tillträde som förbinder staden Lincoln och Interstate 29 via J. Sterling Morton Beltway som ligger längs Nebraska Citys södra kant. Även om flodtrafiken har minskat med tiden, tjänar den lokala flodtillgången trafik uppåt och nedåt till andra terminaler och marknader.