Det geografiska läget för Ostindien vid sidan av viktiga vindsystem och handelsvägar har påverkat dess historia i grunden. Dess klimat och geologiska aktivitet har format dess land och skapat skärgården.
En gång, tror geologerna, fanns det inga öar i det uråldriga hav som skilde Asien och Australien åt. Jordens yttre skikt är uppdelat i många styva block, så kallade tektoniska plattor, som rör sig långsamt över jordytan. Några av öarna i Ostindien skapades när en undervattensplatta började kollidera med en annan platta. Värmen och rörelsen hos den ena plattan som överskred den andra höjde åsar av jordskorpan, och topparna bildade öar. Dessa geologiska krafter är tydliga i dag i form av gejsrar, aktiva vulkaner och frekventa jordbävningar som förekommer i hela Ostindien. Andra rörelser av plattorna är uppenbara i den vriden form som vissa öar har, till exempel Celebes fyra armar.
Högarna mellan öarna är mycket grunda och strömmarna är starka. Det är svårt för stora fartyg att passera mellan de flesta av öarna, och det är en lång väg runt dem. I århundraden har fartyg som bedriver handel mellan Europa, Afrika, Arabiska halvön och Indien från väst och Kina, Japan och västra USA från öst passerat mellan Sumatra och den Malaysiska halvön genom det djupa vatten som kallas Malacka sundet.
Fördelningen av växter och djur i Ostindien, tillsammans med andra bevis, har fått forskare att dra slutsatsen att några av de västra öarna en gång i tiden hade landförbindelse med Sydostasiens fastland. Nya Guinea var en gång förenat med Australien. De relativt grunda haven mellan den malaysiska halvön och öarna Sumatra, Java, Bali och Borneo är mindre än 90 meter djupa. Djur från fastlandet – t.ex. tigrar, noshörningar och apor – finns på dessa öar. På öarna i öster liknar djuren däremot dem i Australien. Naturforskaren Alfred Russel Wallace kartlade denna uppdelning, som nu är känd som Wallace’s Line, och publicerade den 1869. Genom att studera hur fåglar spreds och förändrades i arter mellan öarna kom Wallace fram till evolutionsteorin oberoende av Charles Darwin.
De frodiga tropiska skogarna, palmerna, ormbunkarna, bambuerna och de lysande blommorna i Ostindien utgör en del av dess fabel. De är ett resultat av ett ekvatoriellt klimat som i allmänhet är varmt och fuktigt. Nederbörden på de flesta platser är mellan 250 och 380 centimeter per år. Vid havsnivå ligger temperaturen på de flesta platser mellan 26 och 32 grader Celsius året runt. Öarna är dock bergiga och många platser ligger i ett bergs regnskugga och får lite eller bara säsongsvis regn. På de högre bergen och platåerna är klimatet subtropiskt, och topparna över 3 050 meter har ett svalt klimat och till och med snö. De nordligare öarna påverkas starkt av monsunvindarna i sina nederbördsmönster.
De skiftande vindarna var mycket viktiga för handel och sjöfart tills ångfartyget utvecklades på 1800-talet. Köpmännen seglade från Kina till Sumatra med nordostmonsunen, lagrade sina varor i lagerlokaler och tog ombord gods från Indien eller Mellanöstern. Med den sydvästra monsunen seglade de sedan tillbaka till Kina medan köpmännen anlände från Indien, lossade sina laster, tog ombord de kinesiska varorna i lagerlokalerna och återvände till Indien med nästa nordöstra monsun. På detta sätt blomstrade städer och imperier i Indien.