Efter årtionden av styre under en militärdiktatur, med endast glimtar av stunder då civila styrde, återinfördes ett demokratiskt styre i och med valet av Hernan Suazo 1982. Efter Suazos val ledde uppsägningar inom tenngruvindustrin till migration till Bolivias Chapare-region, där migranterna förlitade sig på kokaodling för sin försörjning och organiserade sin handel. De sex kokaodlarfederationerna, en enhet bestående av jordbruksfackföreningar, styrde och upprätthöll regionen i avsaknad av statlig närvaro. När Chapareregionen höll på att byggas upp återupptog USA det stöd som hade skurits ned under militärkuppen 1980. I stödet ingick medel för narkotikakontroll samt 4 miljoner dollar för att skapa och underhålla UMOPAR, en narkotikapolisenhet på landsbygden.
Koka är en helig medicin för Aymara-folket i Anderna, som använder koka-te som ett stimulerande medel för att ge energi på hög höjd, för att lindra huvudvärk och för att lindra smärta i samband med menstruation. Detta skapar spänningar med USA, som försöker lösa sina interna problem med kokainmissbruk (kokain är en högkoncentrerad form av en aktiv ingrediens i koka.) I juni 2002 fördömde USA:s ambassadör Manuel Rocha Evo Morales i ett tal och varnade de bolivianska väljarna för att om de valde någon som ville att Bolivia återigen skulle bli en stor kokainexportör, så skulle USA:s framtida bistånd äventyras. Talet ansågs allmänt ha genererat ett enormt uppsving på mer än tio procentenheter för Morales i det efterföljande valet, som kom inom två procentenheter från att vinna den nationella presidentomröstningen. Morales kallade Rocha för sin ”kampanjchef.”
USA:s utrikesdepartement påpekar att kontrollen av olaglig narkotika är en viktig fråga i de bilaterala förbindelserna. I århundraden har bolivianska kokablad tuggats och använts i traditionella ritualer, men under 1970- och 1980-talen ledde framväxten av narkotikahandeln till en snabb expansion av kokaodling som används för att framställa kokain, särskilt i den tropiska Chapare-regionen i departementet Cochabamba (som inte är ett traditionellt kokaodlingsområde). 1986 använde USA sina egna trupper i Operation Blast Furnace, ”den första större narkotikabekämpningsoperationen på utländsk mark som offentligt involverade amerikanska militära styrkor”). Amerikanska tjänstemän hävdade att sådana militära insatser var nödvändiga för att stänga kokainlaboratorier, blockera handelsvägar för kokain och beslagta fraktflygplan som misstänktes transportera kokain. USA:s närvaro i landet väckte protester mot dess kränkning av Bolivias suveränitet. År 1988 erkände en ny lag, lag 1008, att endast 12 000 hektar i Yungas var tillräckliga för att tillgodose den lagliga efterfrågan på koka. I lag 1008 anges också uttryckligen att koka som odlas i Chapare inte behövdes för att tillgodose den traditionella efterfrågan på tuggor eller te, och i lagen krävdes att all ”överflödig” koka skulle utrotas med tiden.
För att uppnå detta mål införde på varandra följande bolivianska regeringar program som erbjöd kontant ersättning till kokaodlare som frivilligt utrotade koka, och regeringen började utveckla och främja lämpliga alternativa grödor som bönderna kunde odla. Från och med 1997 inledde regeringen en mer effektiv politik för att fysiskt utrota de illegala kokaplantorna, och Bolivias illegala kokaproduktion sjönk under de följande fyra åren med upp till 90 procent. Denna plan, som kallas Plan Dignidad, lanserades av president Hugo Banzer. Plan Dignidad bygger på begreppet ”delat ansvar med det internationella samfundet” och dess ”fyra pelare” omfattade ”alternativ utveckling, förebyggande och rehabilitering, utrotning och förbud”. Alternativ utveckling skulle ha gett kokaodlare nya möjligheter så att de inte skulle vara beroende av inkomster från kokaodlingar och kunna sluta odla koka helt och hållet.
Denna ”påtvingade” utrotning är dock fortfarande kontroversiell, och välorganiserade kokaodlarfackföreningar har blockerat vägar, trakasserat polisens utrotningsarbetare och ibland använt våld för att protestera mot denna politik. Som svar har den tidigare regeringens säkerhetsstyrkor använt våld. År 1998 stationerade Joint Task Force (JTF), en kombinerad enhet av polis och militär, medlemmar i Chapare-regionen. År 2001 skapades den paramilitära Expeditionary Task Force (ETF) med finansiering från den amerikanska ambassaden. Även om ETF:s trupper var civila var de kommenderande officerarna bolivianska militärtjänstemän. Användningen av säkerhetsstyrkor och regeringens misslyckande med att förhandla och/eller hålla avtal med kokaodlare resulterade i kränkningar av de mänskliga rättigheterna. I stället för att ställas inför en civil domstol enligt den bolivianska konstitutionella lagen prövades fall av kränkningar av de mänskliga rättigheterna i militärdomstolar, om de överhuvudtaget prövades. I vissa fall har konfrontationer mellan säkerhetsstyrkor och kokaodlare eller distributörer resulterat i skador och dödsfall, vilket ger upphov till oro för de mänskliga rättigheterna. Morales regering har inlett en politik för frivillig utrotning och social kontroll. Även om våldsamma konfrontationer mellan polis och kokaodlare/distributörer har minskat under det nya tillvägagångssättet återstår det att bevisa att det är effektivt på lång sikt.
Bolivia planerar att, åtminstone under en begränsad tid, utöka den lagliga kokaproduktionen till 20 000 hektar och betonar utvecklingen av lagliga kommersiella användningsområden för kokablad. Även om USA föredrar långsiktiga begränsningar som ligger närmare den nuvarande uppskattade lagliga inhemska efterfrågan på cirka 4 000 till 6 000 hektar, kommer man att fortsätta att stödja narkotikabekämpningsinsatserna i Bolivia, eftersom förslaget på 20 000 hektar fortfarande är betydligt lägre än den nuvarande odlingen, som har pendlat mellan cirka 23 000 och 28 000 hektar sedan 2001.
USA ger också ett starkt stöd till parallella insatser för att stoppa smugglingen av kokablad, kokain och prekursor-kemikalier. Den amerikanska regeringen har i stor utsträckning finansierat alternativa utvecklingsprogram och polisinsatser för narkotikabekämpning. Förenta staterna certifierade 2007 Bolivia på nytt som ett land som inte ”bevisligen har misslyckats” med att samarbeta i narkotikabekämpningsfrågor och ansåg att Bolivias bekämpningsinsatser var mycket positiva, även om de skedde mot bakgrund av en stadigt ökande produktion av och handel med kokain. De senaste bolivianska regeringarna har stött den amerikanska regeringens program för narkotikabekämpning.
Mängden bolivianskt kokain som når den amerikanska marknaden är försumbar. New York Times spekulerar i att USA:s stöd till utrotning av koka kan vara mer utformat för att ge amerikanska tjänstemän ett sällsynt fönster in i Morales regering. Men även det begränsade samarbetet mellan de två regeringarna utsätts för allt större påfrestningar. Radikala medlemmar av Morales regering har krävt utvisning av amerikanska biståndsarbetare. I juni 2008 marscherade 20 000 demonstranter till den amerikanska ambassaden i La Paz, där de drabbade samman med polisen och hotade att bränna ner byggnaden. Evo Morales berömde senare demonstranterna.