I slaget om Atlanten eskorterade HMS Rajputana flera konvojer i Nordatlanten från Bermuda och Halifax, Nova Scotia under kapten F. H. Taylor, inklusive BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 och BHX 117.
Hennes systerfartyg SS Rawalpindi, SS Ranchi och SS Ranpura byggdes också om till beväpnade handelskryssare. Med undantag för små korvetter var de ombyggda passagerarfartygen som HMS Rajputana det enda beväpnade skyddet för de flesta av de tidiga konvojerna. Med sina 6-tums (152 mm) kanoner var de de enda eskorter som kunde angripa tyska ytfartyg. Mycket få konvojer fick skydd av de större kryssarna eller slagskeppen.
Den 13 april 1941, fyra dagar efter att ha skiljt sig från konvoj HX 117, torpederades hon av U-108 under ledning av Klaus Scholtz i Danmarks sund väster om Reykjavík, Island. Hon sjönk över en timme senare med förlust av 42 män, inklusive hennes sista civila kapten Commander C. T. O. Richardson. Sammanlagt 283 personer ur besättningen räddades av förstöraren HMS Legion, en del av dem efter att ha tillbringat tolv timmar i överfulla livbåtar. Bland de överlevande fanns Daniel Lionel Hanington, som senare blev konteramiral i den kungliga kanadensiska flottan.
Av hennes systerfartyg överlevde två av dem kriget. Den 23 november 1939, när HMS Rawalpindi var på ”Northern Patrol” och bevakade GIUK-gapet, var HMS Rawalpindi i strid med de tyska slagskeppen Scharnhorst och Gneisenau. Hon förhindrade fartygens genombrott, men sänktes själv sydost om Island i Island-Farö-passagen. HMS Ranchi överlevde kriget och skrotades i Newport 1953. HMS Ranpura såldes till amiralitetet 1943 och omvandlades till ett reparationsfartyg. Hon tjänstgjorde i Royal Navy som flottans depåfartyg fram till 1961, då hon skrotades. Hon deltog i den brittiska invasionen av Egypten 1956.