College of Pharmacy grundades och öppnades 1903 som School of Pharmacy och låg i Science Hall. Skolan hade en lokal läkare, dr Samuel C. Benedict, som tjänstgjorde som dekan på deltid och en lokal apotekare på H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, som tjänstgjorde som professor i farmaci på deltid. Dr Benedict undervisade också i Materia Medica. Science Hall förstördes av en brand i november samma första år, så apoteksskolan flyttades till Terrell Halls källare.
Skolan anställde Robert C. Wilson som sin första heltidsanställda i början av skolåret 1907-08 (Wilson var sonson till George Foster Pierce). Den första gruppen av utexaminerade började 1908 och fick sin doktorsexamen i farmaci.
När dekan Benedict dog 1914 blev Robert Wilson skolans föreståndare och förblev i den positionen fram till 1948. Wilson utsågs till dekanus för apoteksskolan 1924. Skolan bytte senare namn till College of Pharmacy. År 1926 blev skolan en av de första i landet att erbjuda en fyraårig Bachelor of Science in Pharmacy. Den upplöste också sitt tvååriga doktorandprogram vid denna tid.
Skolans lokaler förblev i Terrell Hall fram till 1939 då den flyttade in på andra och tredje våningen i den nyligen ombyggda New College-byggnaden. På 1940-talet gav Robert W. Woodruff flera donationer för att finansiera ett dispenslaboratorium, ett apotek och ett farmakologilaboratorium.
College’s Master of Science-program började 1951 och Ph.D.-programmet 1964 med de första doktorstitlarna som gavs 1967. Skolan flyttade in i sina nuvarande lokaler, Robert C. Wilson Pharmacy Building, 1964, men byggnaden fick inte sitt namn efter Wilson förrän 1978 (dr Wilsons 100-årsdag).
Dr Stuart Feldman från University of Houston utsågs till dekanus 1991. Under hans tid fick högskolan medel från Georgia State lotteriet för att öka tekniken i utbildningen och Millikan Educational Resources Center byggdes om till ett datalaboratorium som studenterna kunde använda. I enlighet med en nationell trend ändrades läroplanen från kvartals- till terminssystem, och doktorsexamen i farmaci (PharmD) på nybörjarnivå och det icke-traditionella Doctor of Pharmacy Pathway Program inleddes. En erfarenhetsbaserad samordnare anställdes på heltid.
Dr Svein Øie från University of California San Francisco blev dekanus den 1 januari 2000. Under hans ledning har högskolan ökat sin klasstorlek, utökat sin regionala närvaro, varit delaktig i inrättandet av ett Center for Drug Discovery och ett Center for Mass Destruction Defense, ökat den tvärvetenskapliga forskningen och stärkt sin forskningsinriktning.
Högskolan har blivit aktivt involverad i utbildning för praktikanter. År 2003 firade kollegiet sitt hundraårsjubileum. Insamlingsinsatser har ökat antalet stipendier, donerade professurer och ökat de tillgängliga medlen för förbättringar av byggnader. År 2007 godkände Georgias lagstiftande församling en finansiering på 44 miljoner dollar för en ny 93 288 kvadratmeter stor tillbyggnad av skolan. Den nya anläggningen, som kallas Pharmacy South, byggdes i anslutning till Robert C. Wilson Pharmacy Building och invigdes i september 2009. Renoveringen av mer än 60 % av Wilson-byggnaden avslutades 2010. Högskolan har etablerat ett partnerskap med Georgia Regents Universitys Medical College of Georgia i Augusta, Georgia. Hösten 2013 inrättade högskolan en ny kandidatexamen i farmaceutisk vetenskap.