En el pasado, esta subespecie se encontraba en partes del drenaje del río Colorado en Wyoming, Colorado, Utah, Arizona y Nuevo México. Sin embargo, hoy en día los científicos creen que este pez ocupa el 13% de su área de distribución histórica (Range-Wide Status of Colorado River Cutthroat Trout (Oncorhynchus clarkii pleuriticus):2005).
Una joven trucha de corte del río Colorado
Se cree que las truchas de corte del río Colorado ocupaban la cuenca del arroyo Muddy superior, un afluente del río Little Snake (que finalmente desemboca en el río Colorado) en el sur del condado de Carbon, Wyoming. Los relatos históricos en cartas y diarios se refieren a ellas como «trucha de montaña» o «trucha moteada». Es posible que el pez haya comenzado a desaparecer del curso superior del arroyo Muddy en la década de 1850 como resultado de los cambios físicos realizados en el entorno por los viajeros, la introducción de la trucha de arroyo y otras especies no autóctonas, y posiblemente la captura excesiva de castores, que afectó a las presas y los hábitats dependientes.
En el río San Juan y sus afluentes también se encontró un linaje distinto de trucha degollada del río Colorado conocido como trucha degollada de San Juan, que fue identificado en 2012 mediante pruebas genéticas de dos especímenes recogidos en 1874 cerca de Pagosa Springs. Aunque se temía que estuviera extinto, a mediados de 2018 se descubrieron 8 poblaciones aisladas en el Bosque Nacional de San Juan y sus alrededores. Poco después del redescubrimiento de la meloncillo de San Juan, sus poblaciones remanentes se vieron amenazadas por el incendio 416, que se acercaba a su hábitat restante. En respuesta, se extrajeron 58 crías de San Juan de dos arroyos remotos al norte de Durango y se mantienen en criaderos, con el objetivo final de criarlas en cautividad y reintroducirlas.