El Colegio de Farmacia se estableció y se abrió en 1903 como la Escuela de Farmacia y se encuentra en Science Hall. La escuela contaba con un médico local, el Dr. Samuel C. Benedict, como decano a tiempo parcial y un farmacéutico local de H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, como profesor de Farmacia a tiempo parcial. El Dr. Benedict también enseñaba Materia Médica. Science Hall fue destruido por un incendio en noviembre de ese primer año, por lo que la Escuela de Farmacia se trasladó al sótano de Terrell Hall.
La escuela contrató a Robert C. Wilson como su primer miembro del personal a tiempo completo para el comienzo del año escolar 1907-08 (Wilson era el nieto de George Foster Pierce). El primer grupo de graduados comenzó en 1908 obteniendo sus títulos de Graduado en Farmacia (Ph.G.).
A la muerte del decano Benedict en 1914, Robert Wilson se convirtió en el director de la escuela y permaneció en ese puesto hasta 1948. Wilson fue nombrado decano de la Facultad de Farmacia en 1924. Posteriormente, la escuela cambió su nombre por el de Facultad de Farmacia. En 1926, la escuela se convirtió en una de las primeras del país en ofrecer una licenciatura de cuatro años en Farmacia. También se disolvió su título de doctorado de dos años en este momento.
La ubicación de la escuela se mantuvo en Terrell Hall hasta 1939, cuando se trasladó a los pisos segundo y tercero del recién remodelado edificio del New College. En la década de 1940, Robert W. Woodruff hizo múltiples donaciones para financiar un laboratorio de dispensación, un dispensario y un laboratorio de farmacología.
El programa de maestría en ciencias de la universidad comenzó en 1951 y el programa de doctorado en 1964, con los primeros doctorados conferidos en 1967. La facultad se trasladó a sus instalaciones actuales, el edificio de farmacia Robert C. Wilson, en 1964; sin embargo, el edificio no recibió el nombre de Wilson hasta 1978 (el centenario del Dr. Wilson).
El Dr. Stuart Feldman, de la Universidad de Houston, fue nombrado decano en 1991. Durante su mandato, el Colegio recibió fondos de la lotería del Estado de Georgia para aumentar la tecnología en la educación y el Centro de Recursos Educativos Millikan se convirtió en un laboratorio de computación para el acceso de los estudiantes. Siguiendo una tendencia nacional, el plan de estudios se modificó del sistema trimestral al semestral, y se iniciaron el grado de Doctor en Farmacia (PharmD) de nivel de entrada y el programa de Doctor en Farmacia no tradicional. Se contrató a un coordinador de experiencias a tiempo completo.
El Dr. Svein Øie, de la Universidad de California en San Francisco, se convirtió en decano el 1 de enero de 2000. Bajo su dirección, la Facultad ha aumentado el número de alumnos, ha ampliado su presencia regional, ha participado en la creación de un Centro para el Descubrimiento de Fármacos y un Centro para la Defensa contra la Destrucción Masiva, ha aumentado la investigación interdisciplinaria y ha reforzado su enfoque de investigación.
La Facultad ha participado activamente en la formación de residentes. En 2003, el Colegio celebró su centenario. Los esfuerzos de recaudación de fondos han aumentado el número de becas, las cátedras dotadas y los fondos disponibles para la mejora de los edificios. En 2007, la Legislatura de Georgia aprobó la financiación de 44 millones de dólares para una nueva adición de 93.288 pies cuadrados a la escuela. Conocida como Pharmacy South, la nueva instalación se construyó junto al edificio Robert C. Wilson Pharmacy y se inauguró en septiembre de 2009. La renovación de más del 60% del edificio Wilson se completó en 2010. La universidad ha establecido una asociación con el Medical College of Georgia de la Georgia Regents University, situado en Augusta, Georgia. En el otoño de 2013, la universidad estableció una nueva licenciatura en ciencias farmacéuticas.