En su mayor parte, los protozoos parásitos viven en un entorno bastante constante. La temperatura fluctúa muy poco, o nada, en el interior del huésped, la desecación no es un riesgo, y el alimento es constante. Los protistas de vida libre, en cambio, se enfrentan a cambios a corto o largo plazo en la temperatura, la acidez acuática, el suministro de alimentos, la humedad y la luz. Muchos protozoos responden a las condiciones ambientales adversas enquistándose: segregan una pared gruesa y resistente a su alrededor y entran en un estado de quiescencia comparable a la hibernación. La capacidad de formar un quiste resistente está muy extendida entre diversos grupos de protistas y probablemente se desarrolló al principio de su historia evolutiva. Los quistes en reposo también son fácilmente transportados por el viento y constituyen un importante medio de dispersión para las especies que viven en el suelo o son comunes en estanques y piscinas efímeras. En climas con estaciones frías definidas, el quiste puede ser una fase importante del ciclo vital anual.
La pared del quiste está compuesta por un número variable de capas, cuyos componentes dependen de la especie. Durante el proceso de enquistamiento, la célula del protozoo sufre una serie de cambios que reducen considerablemente la complejidad del organismo. Los organismos flagelados y los ciliados pierden sus flagelos y cilios, la vacuola contráctil y las vacuolas alimenticias desaparecen, y la distribución de los orgánulos dentro de la célula puede reorganizarse. En algunas especies el volumen celular se reduce considerablemente. Estos cambios se invierten durante el proceso de excitación.
Ciertos tintínidos planctónicos marinos están programados para salir de sus quistes en masa en las épocas del año en que el suministro de alimento es abundante. Helicostomella subulata, por ejemplo, se enquista en junio en aguas templadas y se vuelve numerosa de julio a octubre. Vuelve a enquistarse en octubre y se hunde en los sedimentos, donde permanece hasta el año siguiente. El quiste es una parte normal del ciclo vital anual, e incluso las poblaciones de laboratorio de este ciliado se enquistan al mismo tiempo que la población natural. Este tipo de patrón de estrategia vital se ha demostrado en varios otros ciliados y en algunas amebas.
Para los protozoos que viven en el suelo, el quiste es un importante refugio cuando la humedad del suelo desaparece o cuando el agua del suelo se congela. En los suelos sometidos a congelación y descongelación periódica de corta duración, los protozoos se excitan rápidamente, se alimentan y se reproducen y luego se enquistan de nuevo cuando el agua del suelo deja de estar disponible temporalmente para ellos.
El quiste desempeña un papel importante en los ciclos de vida de varios protozoos parásitos que tienen una fase de dispersión de vida libre, como Entamoeba histolytica y Cryptosporidium. Los quistes se excretan en las heces del huésped y sobreviven en el agua o el suelo. Los seres humanos suelen infectarse al beber agua contaminada o al comer frutas y verduras crudas cultivadas en lugares donde se utilizan heces humanas como abono.
A.L. Leu
Algunos protozoos de agua dulce, especialmente los ciliados Spirostomum, Loxodes y Plagiopyla, evitan las condiciones desagradables, especialmente la falta de oxígeno, abandonando su modo de vida en el fondo y nadando hacia arriba para situarse en un nivel en el que hay algo de oxígeno disponible pero en el que no están en competencia directa con las especies planctónicas. Permanecen allí hasta que el oxígeno vuelve a estar disponible en el fondo del lago, momento en el que migran hacia abajo.
Se cree que la ocurrencia generalizada de la mixotrofia que implica la simbiosis con las algas y la retención y secuestro de los plastos de las presas fotosintéticas por parte de los protozoos planctónicos es una adaptación a las aguas donde el alimento es limitado. Los ciliados que retienen plástidos parecen ser mucho más comunes en aguas donde el alimento es escaso que en aguas productivas. Existe una relación inversa entre esta forma de mixotrofia y la productividad del ecosistema.