Parazitičtí prvoci žijí většinou v poměrně stálém prostředí. Teplota uvnitř hostitele kolísá jen velmi málo nebo vůbec ne, vysušení nehrozí a potravy je stálý přísun. Naproti tomu volně žijící prvoci čelí krátkodobým nebo dlouhodobým změnám teploty, kyselosti vody, přísunu potravy, vlhkosti a světla. Mnoho prvoků reaguje na nepříznivé podmínky prostředí encystací: vylučují kolem sebe silnou, houževnatou stěnu a účinně se dostávají do klidového stavu srovnatelného s hibernací. Schopnost vytvářet odolné cysty je rozšířená mezi různými skupinami prostat a pravděpodobně se vyvinula v rané fázi jejich evoluční historie. Odpočívající cysty jsou také snadno přenášeny větrem a tvoří důležitý prostředek šíření pro druhy, které žijí v půdě nebo jsou běžné v efemerních rybnících a tůních. V podnebí s výraznými chladnými obdobími může být cysta důležitou fází ročního životního cyklu.
Stěna cysty se skládá z různého počtu vrstev, jejichž složení závisí na druhu. Během procesu encystace prochází buňka prvoka řadou změn, které značně snižují složitost organismu. Bičíkaté organismy a řasinky ztrácejí bičíky a řasinky, mizí kontraktilní vakuola a potravní vakuoly a může dojít k reorganizaci rozmístění organel v buňce. U některých druhů se výrazně zmenšuje objem buňky. Tyto změny jsou během procesu excystace obráceny.
Někteří mořští planktonní tintinidé jsou naprogramováni tak, že se hromadně vylamují ze svých cyst v ročních obdobích, kdy je hojná nabídka potravy. Například Helicostomella subulata excystuje v červnu v mírných vodách a od července do října se stává početnou. V říjnu opět encystuje a klesá do sedimentů, kde zůstává až do následujícího roku. Cysty jsou běžnou součástí ročního životního cyklu a dokonce i laboratorní populace tohoto řasnatce encystují ve stejnou dobu jako populace v přírodě. Tento typ vzorce životní strategie byl prokázán u několika dalších řasinek a některých améb.
Pro prvoky žijící v půdě je cysta důležitým útočištěm, když zmizí půdní vlhkost nebo když půdní voda zamrzne. V půdách, které jsou vystaveny mrazu a periodickému krátkodobému rozmrazování, prvoci rychle excystují, živí se a rozmnožují a poté opět encystují, když se pro ně půdní voda stane dočasně nedostupnou.
Cysty hrají důležitou roli v životních cyklech několika parazitických prvoků, kteří mají volně žijící disperzní stadium, jako jsou Entamoeba histolytica a Cryptosporidium. Cysty jsou vylučovány výkaly hostitele a přežívají ve vodě nebo v půdě. Člověk se obvykle nakazí pitím kontaminované vody nebo konzumací syrového ovoce a zeleniny pěstované tam, kde se lidské výkaly používají jako hnojivo.
A.L. Leu
Někteří sladkovodní prvoci, zejména řasinky Spirostomum, Loxodes a Plagiopyla, se vyhýbají nepříjemným podmínkám, zejména nedostatku kyslíku, tím, že opouštějí svůj způsob života na dně a plavou vzhůru, aby se umístili na úrovni, kde je k dispozici určité množství kyslíku, ale kde nejsou v přímé konkurenci s planktonními druhy. Zůstávají tam, dokud není na dně jezera opět k dispozici kyslík, a v té době migrují dolů.
Široce rozšířený výskyt mixotrofie zahrnující symbiózu s řasami a zadržování a sekvestraci plastidů fotosyntetické kořisti planktonními prvoky se považuje za adaptaci na vody, kde je potrava omezená. Řasinky, které zadržují plastidy, jsou zřejmě mnohem častější ve vodách s nedostatkem potravy než v produktivních vodách. Mezi touto formou mixotrofie a produktivitou ekosystému existuje inverzní vztah
.