Agaróza

Agarosové prášky a prefabrikované gely

Bio-Rad nabízí celou řadu agarózových prášků a prefabrikovaných agarózových gelů, které splňují všechny vaše potřeby pro elektroforézu DNA a RNA, včetně elektroforézy v pulzním poli a speciálních aplikací, jako je IEP a IEF. Prášky jsou certifikované DNA agarózy s genetickou kvalitou. Naše prefabrikované gely jsou k dispozici jak v pufru TBE, tak v pufru TAE, s ethidium bromidem nebo bez něj.

Typy a použití agarózy v elektroforéze

Všechny agarózové produkty společnosti Bio-Rad jsou zaručeně bez inhibitorů, DNáz a RNáz. Existuje řada typů agarózy, které byly optimalizovány pro různá použití.

Agaroza pro molekulární biologii: Jedná se o agarózu pro všeobecné použití, která má vysoký vylučovací limit. Tento typ agarózy má vysokou pevnost gelu a snadno se s ním manipuluje při nízkých procentech. Agaróza pro molekulární biologii má jakost GQT (genetická kvalita testována), takže je ideální pro přípravné gely a obnovu DNA. Analytická separace je >1 000 párů bází (bp).

Nízkorozpustná agaróza: Hlavní použití nízkotavitelné agarózy je pro preparativní elektroforézu. Je ideální pro aplikace v gelu, jako je ligace, PCR, štěpení restrikčními enzymy, transformace a sekvenování. Mezi další aplikace patří elektroforéza megabázové DNA v pulzním poli a zalévání chromozomů. Tato agaróza má teplotu gelace 26 °C a vysokou rozlišovací schopnost, >1 000 kb.

Nízkotavitelná agaróza se také používá k zajištění proužků s imobilizovaným pH gradientem (IPG) pro izoelektrickou fokusaci, druhý rozměr 2-D SDS-PAGE. Tato agaróza obsahuje bromfenolovou modř pro monitorování elektroforézy.

PCR agaróza: Tato vysoce pevná agaróza vytváří gely, se kterými se snadno manipuluje a které zůstávají pružné i při vysokých procentech gelu, což snižuje riziko prasknutí nebo zlomení. Teplota gelace je 40 °C. Tato agaróza má vynikající sítkovací vlastnosti a nejvyšší pevnost gelu ze všech agaróz.

PCR agaróza s nízkým obsahem taveniny má vysokou sítkovací schopnost. Je ideální pro preparativní elektroforézu a aplikace v gelu, jako jsou digesce restrikčními enzymy, ligace a transformace. PCR agaróza se doporučuje pro fragmenty DNA <1 000 bp.

Nízkotavná ultraagaróza: Tato agaróza poskytuje rozlišení primerů a malých produktů PCR při nižších koncentracích než standardní agaróza, čímž se vyhne nutnosti používat polyakrylamid. V 3% gelu je jasně rozlišitelný 10 bp žebříček. Analytická separace je 20-800 bp.

Megabázová agaróza: Tato agaróza má velmi vysokou pevnost gelu, vysokou elektroforetickou pohyblivost a vysoký vylučovací limit. Megabázová agaróza je nejlepší volbou pro aplikace upnuté homogenní elektroforézy (CHEF) a gelové elektroforézy s inverzním polem (FIGE). Gely zůstávají snadno manipulovatelné při koncentracích pouhých 0,3 % a umožňují kratší dobu běhu. Obarvení s nízkým pozadím také umožňuje vynikající zobrazování vysokomolekulární DNA. Rozsah separace je od 1 kb do 5 Mb.

Agaroza s pulzním polem: Pro separaci velkých fragmentů DNA se používá gelová elektroforéza s pulzním polem (PFGE). Ačkoli gely odlité s touto agarózou mají delší dobu běhu PFGE než s megabázovou agarózou, podmínky běhu pro tuto agarózu jsou přednastaveným, volitelným protokolem pro autoalgoritmus systému CHEF Mapper® XA. Rozsah separace je 1 kb až 2 Mb.

Agaroza pro IEP a IEF: K dispozici jsou agarózy pro imunoelektroforézu (IEP) a izoelektrickou fokusaci (IEF). Lze je použít ke stanovení relativních molekulových hmotností (Mr). Agaróza pro IEF nemá detekovatelnou elektroendosmózu.

Prefabrikované agarózové gely

Prefabrikované agarózové gely mají kromě rychlosti a reprodukovatelnosti několik výhod. Díky uzamykatelnému zásobníku se agarózové gely během nakládání a na začátku cyklu nepohybují, což může vést k plýtvání vzorkem, nerovnoměrnému zatížení a snížení ostrosti pásů. UV-transparentní zásobník má fluorescenční očíslované jamky, které pomáhají sledovat vzorce nakládání při velkém počtu vzorků, a také fluorescenční pravítko na jedné straně pro měření migrace.

K dispozici je široká škála gelů, 1 a 3% agarózových, TBE a TAE a s ethidium bromidem i bez něj. Konfigurace jamek vyhovují potřebám od preparativních až po screening velkého počtu vzorků (až čtyři řady jamek). Díky uniformitě se prefabrikované agarózové gely snadno nabíjejí vícekanálovou pipetou.

Prefabrikované agarózové gely poskytují vynikající separaci a rozlišení DNA a jsou kompatibilní s většinou podmořských horizontálních elektroforézních systémů.

Další informace o agaróze

Agaroza je lineární polysacharid složený z opakujících se jednotek agarobiózy, který se získává z vařených červených řas. Její neutrální náboj, nízká želírovací teplota a tvorba stabilních gelů s velkou velikostí pórů činí z agarózy vhodné médium pro elektroforézu a chromatografii. Agarosové gely se snadno a rychle připravují a lze jimi oddělit fragmenty DNA od přibližně 20 bp až po mnoho megabází. Agarózové kuličky se hojně používají pro sloupcovou chromatografii, zejména při vylučování velikosti a afinitní chromatografii.