Jen here –
Zajímá vás, jak můžeme využít morfologická data z vyhynulých zvířat a odvodit z nich evoluční historii? Tyto stromy lze použít jako rámec pro testování různých makroevolučních otázek týkajících se rozšíření druhů, paleoekologie, rychlosti změn a mnoha dalších! Doufáme, že se nám podaří připravit půdu pro vysvětlení, jak se jednotlivé kroky provádějí! Nejdříve k sestavení matice znaků.
Než se skutečně ponoříte do něčeho konkrétního, doporučil bych vám, abyste se trochu zamysleli nad evolucí, fylogenezí a veškerou základní terminologií, která k tomuto oboru patří. Doporučil bych vám projít si knihu The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures. Jedná se vlastně o pracovní sešit, který vás provede termíny, pojmy a dalšími věcmi!
Není to myšleno jako vyčerpávající příručka, ale spíše vás to připraví na prozkoumání programu a vytvoření testovací matice znaků!
Krok 1: Poznejte svou studijní skupinu
To bude zahrnovat spoustu čtení a ponoření se do historie zvířat, která vás zajímají. V některých případech je to snadné, v jiných velmi obtížné! Nebudu se tím příliš zabývat, ale je snadné zapomenout, kde začít. Začal bych tím, že bych pomocí Google Scholar vyhledal skupinu, která vás zajímá, plus evoluci, morfologii, fylogenezi. Pak se pravděpodobně budete muset vydat do knihovny vyzbrojeni seznamem literatury, která je mnohem starší než vy, abyste se mohli začít opravdu hlouběji nořit. Nezapomeňte, že myšlenky se v průběhu času mění, takže začít od začátku je opravdu cenné, abyste se dozvěděli, jak se myšlenky měnily!“
Důležité je, abyste se také dozvěděli něco o homologii a snažili se pochopit homologické prvky vašich živočichů. Homologie je jednoduše podobnost v důsledku dědičnosti od společného předka. Chápání a hodnocení homologie se může lišit v závislosti na skupině, kterou se zabýváte. Například u ostnokožců se takto uvažuje již delší dobu a existuje několik schémat. Jedno bere v úvahu tělo jako celek a to, jak jsou jednotlivé prvky propojeny, druhé zaujímá specifičtější přístup, který se zabývá konkrétními destičkami v okolí úst. Tato schémata se vzájemně nevylučují, ale mohou být použita ve vzájemné shodě. Další dobrou věcí, kterou je dobré si uvědomit, je, že někteří lidé si rádi myslí, že jsou správnější než ostatní – kdo to má vlastně říct. Jen se ujistěte, že jste si udělali vlastní domácí úkol, abyste si vytvořili vlastní názory a představy.
Krok 2: Uspořádejte své informace
Existuje několik způsobů, jak to udělat, můžete jednoduše ukládat informace do aplikace Excel nebo do tabulek Google nebo můžete použít program určený pro kurátorství údajů o znacích. Já jsem k tomu použil program Mesquite. Mesquite je volně dostupný software, který je
„…modulární, rozšiřitelný software pro evoluční biologii, navržený tak, aby biologům pomáhal organizovat a analyzovat srovnávací data o organismech. Jeho důraz je kladen na fylogenetickou analýzu, ale některé jeho moduly se týkají populační genetiky, zatímco jiné provádějí nefylogenetickou vícerozměrnou analýzu. Protože je modulární, dostupné analýzy závisí na nainstalovaných modulech.“
Můžete snadno popisovat znaky, přidávat nové taxony, odstraňovat taxony, importovat nebo kreslit strom a sledovat, jak se znaky mění v různých topologiích stromu.
K dispozici je postranní panel nástrojů, kde můžete snadno začít upravovat matici. Takže můžete měnit názvy taxonů, přidávat taxony, měnit znaky, přidávat znaky, mazat, co chcete, a spoustu dalších věcí, se kterými jsem si zatím moc nepohrál! Doporučuji, abyste, pokud jste první uživatel, strávili nějaký čas s falešnou matricí a pohrávali si s ní. Jakmile sem dostanete značný soubor dat, bude nejlepší, když neuděláte žádnou chybu! Zjistěte, kde můžete udělat chybu, a odstraňte problémy předem.
Jednodušší způsob, jak importovat znaky a různé stavy, je použít okno Editor názvů stavů. To vám zobrazí seznam vašich znaků a všechny různé stavy, které může mít – můžete je snadno upravovat a je to pěkný způsob, jak uspořádat znaky, protože v matici znaků je text šikmý a trochu špatně čitelný.
Funkčnost Mesquite sahá zcela jinam. Pokud hledáte návody nebo chcete posunout hranice programu, zde je další čtení:
- Mesquite Project home (spousta návodů a postupných průvodců)
- Integrative Biology 200A, stará laboratorní příručka
- KU Lab, upraveno od Paula Lewise
Krok 3: Export matrice pro analýzu
Soubor > Export vám nabídne řadu možností exportu vašeho souboru, nezapomeňte také na pravidelné ULOŽENÍ souboru, abyste se mohli ke své matici vrátit a snadno ji doplnit! Většina programů, které odvozují fylogeneze, vyžaduje soubor NEXUS. Tento typ souboru obsahuje vaši matici a často i trochu více informací o tom, co chcete v analýze použít, nebo informace o znacích. Doporučuji použít váš oblíbený textový editor a vyexportovat několik různých typů, abyste viděli, jak jsou strukturované a proč mohou některé programy chtít různé soubory a různé informace!“
.