Atlanta BravesEdit
Francoeur byl povýšen Atlantou 6. července 2005. Byl součástí skupiny nováčků, přezdívaných „Baby Braves“, které Atlanta povolala ze svého druholigového systému během sezóny 2005.
Francoeur debutoval v MLB následující den, kdy nastoupil v pravém poli proti Chicago Cubs ve druhém zápase dvojzápasu. V dolní části osmé směny odpálil tříbodový homerun do středního pole, což byl jeho první prvoligový odpal. Francoeur se proslavil svým slibným výkonem hned na začátku kariéry: 26. srpna 2005 se dostal na obálku časopisu Sports Illustrated, který ho nazval „The Natural“ poté, co v prvních 37 zápasech dosáhl úspěšnosti 0,360 s 1,067 OPS. Francoeur zakončil sezónu s pálkami .300/.336/.549 v 67 zápasech, 14 homeruny a 44 RBI. Během své nováčkovské sezóny si získal pověst pálkaře s rychlým odpalem a jeho první walk přišel až při 128. vystoupení na pálce. V obraně se Francoeur proslavil silnou a přesnou rukou a sezónu zakončil s 13 asistencemi v poli (celkově třetí v MLB), přestože odehrál méně než polovinu sezóny. V hlasování o nováčka roku Národní ligy skončil na třetím místě a zároveň získal nejvíce hlasů na druhém místě.
Francoeur ve své první kompletní sezóně v první lize dosáhl na metu .260 s 29 homeruny a 103 RBI. Stal se také teprve čtvrtým hráčem týmu Brave, který odehrál všech 162 zápasů v sezóně, a připojil se tak k Félixi Millánovi, Daleu Murphymu a Andruwu Jonesovi. Francoeur byl poprvé v kariéře vyloučen 16. července 2006. Dne 13. května 2006 Francoeur odpálil proti Washington Nationals walk-off grand slam, což byl první walk-off homerun a grand slam v jeho kariéře.
Ve své druhé kompletní sezóně v roce 2007 Francoeur odpálil .293, měl 19 homerunů a 105 RBI. Francoeur projevil talent i v defenzivě, s 19 asistencemi v poli vedl ligu a zároveň získal svou první Zlatou rukavici v kariéře. Francoeur odehrál všech 162 zápasů podruhé za sebou. Podruhé v kariéře byl vyloučen 16. července 2007, přesně rok po svém prvním vyloučení.
Dvanáctého dubna 2008 zaznamenal Francoeur proti Washington Nationals 3 z 5 bodů, včetně dvou homerunů a sedmi RBI. Než si 20. května 2008 odseděl druhý zápas dvojzápasu, vytvořil sérii 370 odehraných zápasů v řadě. Dne 22. května 2008 dosáhl Francoeur proti New York Mets výsledku 3:4 s RBI triplem, RBI singlem a dvoubodovým homerunem, čímž mu chyběl double do cyklu.
Po několika týdnech, kdy se potácel v nejhorší krizi své kariéry, vyřadilo vedení Braves 4. července 2008 Francoeura s opcí do Double-A Mississippi, aby pracoval se svým starým trenérem odpalů Phillipem Wellmanem a zdokonalil svůj švih mimo tlakové prostředí první ligy. Francoeur měl do té doby v sezóně bilanci 234/.287/.374. Francoeur byl odvolán 7. července 2008, po pouhých třech dnech v nižší soutěži, protože Braves utrpěli během prázdninového víkendu řadu zranění. Jeho krize pokračovala i po návratu do první ligy; Francoeur měl do 10. září bilanci .234/.300/.324.
New York MetsEdit
Dne 10. července 2009 byl Francoeur vyměněn do New York Mets za outfieldera Ryana Churche.
Francoeur debutoval v dresu Mets 11. července 2009 a hned při svém prvním odpalu zaznamenal dva RBI. Den zakončil s bilancí 2-4, dvěma RBI, strikeoutem a jednou byl chycen při krádeži. Dne 20. července Francoeur odpálil svůj první homerun v dresu Mets od nadhazovače Washington Nationals Logana Kensinga, a to během deváté směny tohoto zápasu.
Dne 23. srpna 2009 se Francoeur stal druhým hráčem v historii Major League (po Homeru Summovi v roce 1927), který odpálil v závěru zápasu trojku bez asistence. Trefil se přímo do Erica Bruntletta, hráče druhé mety týmu Philadelphia Phillies. Francoeur znovu podepsal smlouvu s Mets na rok 2010.
Po první polovině sezóny 2010 byl Francoeur nahrazen Ángelem Pagánem, aby uvolnil místo pro návrat Carlose Beltrána v druhé polovině sezóny.
Texas RangersEdit
31. srpna 2010 byl Francoeur vyměněn Mets do Texas Rangers za infieldera Joaquína Áriase. Francoeur byl v týmu AL Champions 2010 využíván především pro defenzivní účely.
Kansas City RoyalsEdit
8. prosince 2010 podepsal Francoeur roční smlouvu s Kansas City Royals v hodnotě 2 USD.5 milionů dolarů, která zahrnovala vzájemnou opci na sezónu 2012.
18. srpna 2011 se Francoeur dohodl s Royals na prodloužení smlouvy o dva roky v hodnotě 13,5 milionu dolarů. Dne 30. června 2013 byl určen k přestupu poté, co v 59 zápasech u Royals dosáhl úspěšnosti .208/.249/.322.
San Francisco GiantsEdit
Francoeur podepsal 9. července 2013 s Giants druholigovou smlouvu. Dne 13. července byla jeho smlouva odkoupena od Fresno Grizzlies. Francoeur byl 20. srpna určen k přeložení a 22. srpna propuštěn. Ve 22 zápasech za Giants zaznamenal 12 hitů, 4 RBI, s pálkou pouze 0,194.
Cleveland IndiansEdit
Francoeur podepsal 6. ledna 2014 druholigovou smlouvu s Cleveland Indians. Organizace propustila Francoeura 22. března 2014.
San Diego PadresEdit
Francoeur podepsal 26. března 2014 druholigovou smlouvu se San Diego Padres. Byl zařazen do týmu Triple-A El Paso Chihuahuas a 3. dubna 2014 odpálil první homerun v historii týmu. Uvažovalo se o jeho přestavbě na nadhazovače a část svého působení v nižších soutěžích strávil jako nadhazovač. Nakonec se však rozhodli ponechat si ho jako outfieldera. Byl povolán a 23. července nastoupil v základní sestavě. Dne 11. srpna byl Francoeur určen k přeložení. Prošel waivers a byl vyřazen zpět do Chihuahuas. V říjnu 2014 si Francoeur zvolil volnou agenturu.
Philadelphia PhilliesEdit
13. listopadu 2014 podepsal Francoeur druholigovou smlouvu s Philadelphií Phillies. 16. června 2015 byl Francoeur použit jako nadhazovač při prohře 19:3 s Baltimore Orioles, kdy odehrál jedinou směnu zápasu bez bodu. V následující směně však odevzdal dva doběhy. V červenci se mu začalo dařit jak na lavičce, tak v základní sestavě, včetně období, během něhož odpálil tři homeruny v osmi zápasech. Ačkoli vyjádřil přání zůstat v týmu Phillies do konce sezóny 2015 a možná i po ní, jeho hra naznačovala, že by mohl být v době uzávěrky přestupů přesunut, aby posílil pole některého z týmů bojujících o titul. V době uzávěrky přestupů však k jeho přesunu nedošlo. Nakonec sezónu dokončil s pálkařským průměrem 0,258, 13 homeruny a 45 RBI.
Návrat do AtlantyEdit
Dne 22. února 2016 se Francoeur dohodl s Braves na druholigové smlouvě s pozvánkou na jarní přípravu. Dne 29. března Braves odkoupili Francoeurův kontrakt.
Miami MarlinsEdit
Francoeur byl 24. srpna 2016 vyměněn do Miami Marlins v rámci dohody tří týmů, která zahrnovala i Texas Rangers. Braves získali od Rangers druholigového univerzálního hráče Dylana Moorea a od Marlins druholigového catchera Matta Foleyho.