8. června 1985 byl Rigali papežem Janem Pavlem II. jmenován předsedou Papežské církevní akademie a titulárním arcibiskupem ve Volsiniu. Biskupské svěcení přijal z rukou Jana Pavla 14. září následujícího roku za účasti kardinálů Eduarda Martíneze Somala a Achille Silvestriniho jako spolusvětitelů v katedrále v Albanu. Jako své biskupské motto si zvolil: Verbum Caro Factum Est, což znamená „Slovo se stalo tělem“ (Jan 1,14). Členem Řádu Božího hrobu se stal 13. října 1986.
V letech 1985-1990 Rigali kromě funkce prezidenta Papežské církevní akademie zastával řadu funkcí v Římské kurii, působil ve Státním sekretariátu, Radě pro veřejné záležitosti církve, Kongregaci pro biskupy a Papežské radě pro laiky. Jan Pavel II. ho 21. prosince 1989 jmenoval sekretářem Kongregace pro biskupy; jako sekretář byl druhým nejvyšším úředníkem tohoto dikasteria. Rigali byl později 2. ledna 1990 Janem Pavlem II. jmenován sekretářem kardinálského kolegia a působil ve Stálé mezikatedrální komisi, Papežské komisi pro Latinskou Ameriku a Kongregaci pro nauku víry. V téže době se také věnoval pastorační službě v řadě římských farností a seminářů.
Arcibiskupem v St. LouisEdit
Dne 25. ledna 1994 papež Jan Pavel II. jmenoval Rigaliho sedmým arcibiskupem v St. Louis ve státě Missouri. Nástupcem arcibiskupa Johna L. Maye jej 15. března téhož roku slavnostně uvedl do úřadu kardinál Bernardin Gantin, tehdejší prefekt Posvátné kongregace pro biskupy. Nově instalovaný arcibiskup se 7. listopadu 1994 stal členem Kolumbových rytířů. Během svého působení v Saint Louis, známém jako „Řím Západu“, projevoval arcibiskup Rigali velký zájem o školy a navštívil všechny střední školy v arcidiecézi. Rigali se však stavěl proti kolektivnímu vyjednávání učitelů a proti jakýmkoli jejich snahám o organizování. Rigali byl všeobecně uznáván jako schopný administrátor a efektivní fundraiser, ačkoli jeho popularita v průběhu jeho působení klesala.
V lednu 1999 Rigali hostil pastorační návštěvu Jana Pavla v St. Louis, což byla jediná taková papežská návštěva (nepočítáme-li ještě kratší zastávky Jana Pavla na Aljašce při cestách do jiných zemí) v jediné diecézi ve Spojených státech během pontifikátu. Jan Pavel se údajně rozhodl hostit arcidiecézi St. Louis kvůli svému dlouholetému blízkému přátelství s Rigalim z dob, kdy pod ním Rigali pracoval v Římě jako biskup.
Podle listu St. Louis Business Journal Rigali během svého působení ve funkci arcibiskupa v St. Louis „přinesl finanční stabilitu do St. Louis, dohlížel na úspěšné kapitálové kampaně k řešení okamžitých potřeb a získával nadační fondy pro budoucnost.“
Arcibiskup FiladelfieRegali byl později jmenován osmým arcibiskupem Filadelfie papežem Janem Pavlem II. ke konci jeho pontifikátu 15. července 2003, kdy nahradil odstupujícího Anthonyho Bevilacquu. Před Rigaliho instalací ve Filadelfii 7. října 2003 bylo 28. září oznámeno, že bude povýšen do kardinálského kolegia, což je obvyklá výsada filadelfských arcibiskupů. Rigali byl jmenován kardinálem-knězem Santa Prisca v konzistoři 21. října 2003.
Rigali byl jediným americkým kardinálem, který sloužil jako koncelebrant při pohřební mši za Jana Pavla II. v roce 2005. Byl také jedním z kardinálů volitelů, kteří se zúčastnili následného papežského konkláve, jež vybralo papeže Benedikta XVI. i následujícího konkláve, které vybralo papeže Františka. Rigali měl právo hlasovat v konklávech až do svých 80 let, kterých dosáhl 19. dubna 2015.
V září 2007 byl kardinál Benediktem XVI. jmenován členem Kongregace pro biskupy, oddělení kurie, které papeži předkládá jména osob považovaných za vhodnou volbu pro jmenování biskupy.
Apoštolský administrátor diecéze ScrantonEdit
31. srpna 2009 se Rigali stal apoštolským administrátorem (sede vacante) diecéze Scranton poté, co papež přijal rezignaci biskupa Josepha Martina a pomocného biskupa Scrantonu Johna Doughertyho. Rigali působil jako apoštolský administrátor scrantonské diecéze osm měsíců. Jeho zástupcem byl Joseph Bambera, který se 26. dubna 2010 stal desátým scrantonským biskupem, čímž Rigaliho správa Scrantonu skončila.
Mezi správou Scrantonu a odchodem do důchoduRegali byl 16. června 2011 jmenován zvláštním vyslancem papeže na oslavách 200. výročí narození svatého Jana Neumanna, čtvrtého filadelfského biskupa, a tedy Rigaliho předchůdce, v Prachaticích v České republice. Neumann, druhý americký občan, který byl kanonizován (po Frances Xavier Cabrini), se narodil v Prachaticích, přišel do Spojených států, kde byl v roce 1836 vysvěcen a v roce 1848 se stal naturalizovaným občanem USA.
Papež Benedikt XVI. jmenoval 19. července 2011 denverského arcibiskupa Charlese J. Chaputa nástupcem Rigaliho ve Filadelfii. K Rigaliho odchodu do důchodu došlo uprostřed skandálu, konkrétně „uprostřed rozruchu kvůli obvinění velké poroty, že ve službě ponechával asi tři desítky podezřelých ze zneužívání“. Rigali nejprve prohlásil, že „v aktivní službě nejsou žádní kněží, kteří by byli obviněni ze zneužívání“, než obrátil a během jediného dne suspendoval 21 kněží, což „vyvolalo kritiku, že měl prokurátory upozornit dříve“. Arcibiskup Chaput byl uveden do úřadu 8. září 2011.
Odchod do důchoduEdit
Po uvedení Chaputa do úřadu ve Filadelfii odešel Rigali do rezidenčního důchodu v diecézi Knoxville ve státě Tennessee na pozvání biskupa Richarda Stiky, který byl generálním vikářem a kancléřem arcidiecéze Saint Louis, když tam Rigali působil jako arcibiskup. Během svého pobytu v této diecézi aktivně působil.
V prosinci 2013, kdy papež František zrevidoval složení Kongregace pro biskupy, odešel tehdy 78letý Rigali do důchodu a nebyl znovu jmenován.
Přinejmenším od listopadu 2015 se Rigali podílel také na některých aktivitách v diecézi Nashville.
Kontroverze ohledně řešení skandálů se sexuálním zneužívánímRedakce
Když Rigali odešel do důchodu, deník The New York Times uveřejnil článek s titulkem „Ve Filadelfii došlo ke střídání stráží ve stínu skandálu“; článek odkazoval na „mrak, který visí nad odkazem kardinála Rigaliho – jeho špatné řešení skandálu se zneužíváním“. V září 2015 se skupina Catholic Whistleblowers, organizace sdružující kněze, jeptišky a kanonické právníky, kteří se zasazují o oběti sexuálního zneužívání duchovními, obrátila na papeže Františka krátce před jeho návštěvou Spojených států s žádostí, aby prošetřil Rigaliho zacházení s oběťmi sexuálního zneužívání dětí a jejich rodinami, jakož i záznamy kardinála Raymonda Leo Burkeho.
V roce 2007 zavolal bývalý student katolické střední školy na církevní linku pro sexuální zneužívání a oznámil, že byl v 70. letech 20. století, tedy desítky let předtím, než Bransfield povýšil na biskupa Wheelingu-Charlestonu v Západní Virginii, opakovaně zneužíván Michaelem J. Bransfieldem – tehdy učitelem na Lansdale Catholic High School v Pensylvánii. Rigali se jako filadelfský arcibiskup stížností zabýval a v říjnu 2009 prohlásil, že obvinění jsou nepodložená, a nepodnikl proti Bransfieldovi žádné kroky. V té době Bransfield udržoval přátelské vztahy se členy církevní hierarchie ve Filadelfii, v roce 2011 věnoval Rigalimu dar ve výši 1 000 dolarů a další peněžní dary dalším vysokým duchovním filadelfské arcidiecéze, včetně monsignora Timothyho C. Seniora, vikáře pro duchovní. Bransfield byl později v roce 2018 odvolán z funkce biskupa Wheeling-Charleston, protože se během svého působení dostal pod drobnohled kvůli řadě obvinění ze sexuálního zneužívání a finančních nekalostí. Bransfieldův žalobce uvedl, že se Rigali a další představitelé „dívali jinam“ a neinformovali ho o tom, jak se církev jeho stížností zabývala.
.