takže budeme mluvit o kooperativní vazbě, což je velmi zajímavé téma při diskusi o enzymové kinetice, ale nejprve si zopakujme myšlenku, že enzymovou katalýzu můžeme rozdělit na dva kroky, první Vazba substrátu enzymu a druhý Tvorba produktu a pomocí této myšlenky můžeme odvodit michaelis-mentenovu rovnici, která je velmi užitečná pro kvantitativní pohled na enzymovou kinetiku, a také si pamatujte, že se zvyšující se koncentrací substrátu se rychlost tvorby produktu vyrovná na maximální hodnotě, jak je znázorněno na tomto grafu. první věc, o které chci mluvit, je, že některé bílkoviny mohou vázat více než jeden substrát a ne všechny enzymy mají jen jedno aktivní místo, takže E Plus mohou tvořit es prostřednictvím toho, co se nazývá reakce 1, ale některé enzymy mohou reagovat s další molekulou substrátu a tvořit es 2 prostřednictvím toho, co jsem nazval reakcí 2 a opět tvořit es 3 prostřednictvím reakce 3 a tak dále. tyto enzymy mohou tvořit produkt v kterékoli fázi svého procesu bez ohledu na to, kolik molekul substrátu je navázáno. očekávali byste, že rychlost reakce 1 bude rychlejší než rychlost reakce 2, pokud se podíváme na příklad enzymu se třemi vazebnými místy pro substrát, jsou k dispozici tři prázdná místa pro substrát prostřednictvím reakce 1 a pouze dvě místa pro reakci 2, takže byste očekávali, že rychlost 1 bude rychlejší, podobně rychlost 2 bude rychlejší než rychlost 3 ze stejného důvodu. a jde o to, že nasycení aktivního místa se nezvyšuje s koncentrací substrátu lineárně teď chápu, že to může být sousto, takže se na to podíváme graficky, ale také si ukážeme výjimku z tohoto pravidla takže v tomto prvním grafu jsem vynesl koncentraci substrátu proti procentuálnímu nasycení enzymu a jak vidíte, křivka se vyrovnává s tím, jak se obsazují vazebná místa substrátu je obtížné najít více molekul substrátu, protože máte více navázaných molekul substrátu příště nakreslím jinou křivku, kterou můžete také vidět u některých enzymů, a to v případě, že k vazbě substrátu dochází rychleji, protože vazebná místa se obsazují, vazba substrátu mění afinitu k substrátu a nazýváme ji kooperativita. Nyní můžeme s ohledem na kooperativitu definovat 3 nové myšlenky pozitivně kooperativní vazba nastává, když vazba substrátu zvyšuje afinitu enzymu k následnému substrátu negativně kooperativní vazba nastává, když vazba substrátu snižuje afinitu enzymu k následnému substrátu více, než byste normálně očekávali a nekooperativní vazba je stejná jako v prvním příkladu, kdy vazba substrátu neovlivňuje afinitu enzymů k molekulám substrátu, takže se na to podívejme graficky, pokud bychom měli protein s řekněme pěti vazebnými místy a vynesli bychom do grafu podíl obsazených míst v závislosti na koncentraci substrátu, dostali bychom tři možné křivky zelená křivka, která nabývá sigmoidálního tvaru, by představovala enzym s pozitivní kooperativitou modrá křivka hyperbolického tvaru by představovala enzym s nekooperativitou a modrá křivka hyperbolického tvaru by představovala enzym s pozitivní kooperativitou.kooperativní vazbou a červená křivka by spíše než enzym s negativní kooperativní vazbou pamatujte, že účinky kooperativity se projevují až poté, co se již naváže nějaký substrát, což je důvod, proč je rozdíl v obsazeném podílu mezi těmito třemi křivkami mnohem menší, jsou to menší hodnoty, jako např. 1/5, které jsem zde ukázal, než u vyšších hodnot, takže se podívejme na konkrétní příklad několika proteinů, takže hemoglobin nebo HB je molekula přenášející kyslík, kterou najdete v lidské krvi, a může vázat celkem až čtyři molekuly kyslíku a vykazuje pozitivně kooperativní vazbu myoglobin na druhé straně. což je molekula přenášející kyslík, která se nachází ve svalové tkáni, může vázat celkem pouze jednu molekulu kyslíku, a protože může vázat pouze jednu, musí vykazovat nekooperativní vazbu, protože neexistuje žádný následný substrát, o kterém by se dalo mluvit. Kyslík je zde naším substrátem, a protože je to plyn, použijeme tlak místo koncentrace, můžete vidět, že červená sigmoidní křivka spojená s pozitivní kooperativní vazbou hemoglobinu vypadá jinak než modrá hyperbolická křivka spojená s nekooperativní vazbou myoglobinu.Co jsme se tedy naučili, nejprve jsme se dozvěděli, že některé bílkoviny mohou vázat více než jeden ekvivalent substrátu, a dále jsme se dozvěděli, že existují tři různé typy kooperativity pozitivní negativní a nekooperativní, a nakonec jsme se dozvěděli o bílkovinách, které vykazují dva různé typy kooperativity, což jsou molekuly vázající kyslík – hemoglobin a myoglobin
.