Milwaukee BrewersEdit
Molitor začínal jako shortstop, pak se přesunul na druhou metu, když se Robin Yount vrátil po krátkém zranění. V MLB debutoval v roce 1978, odehrál 125 zápasů a dosáhl průměru .273 s 6 homeruny, 45 RBI a 30 ukradenými metami. V roce 1981 působil ve středním a pravém poli, aby se vyhnul zraněním spojeným s hrou v poli. Před sezónou 1982 byl Molitor přesunut na třetí metu. Molitor byl součástí mladého týmu Milwaukee Brewers, který v roce 1982 prohrál Světovou sérii v sedmi zápasech s týmem St Louis Cardinals. Molitor v této sérii odpaloval na pálce s hodnotou .355. V prvním zápase měl pět odpalů, což byl rekord Světové série. Během sezóny 1982 odpálil 0,302 a vedl Americkou ligu (AL) se 136 dosaženými body. Dne 12. května odpálil proti Royals tři homeruny při prohře 9:7.
Molitor se na začátku kariéry potýkal se zraněními, v letech 1980 až 1986 byl šestkrát umístěn na listinu práce neschopných. V roce 1984 se Molitor potýkal s problémy s loktem, odehrál pouze 13 zápasů a nakonec podstoupil operaci ve snaze zachránit svou kariéru. V roce 1985 odehrál 140 zápasů, ve kterých dosáhl úspěšnosti 0,297, 10 homerunů a 48 bodů. V roce 1986 dosáhl průměru .281, 9 homerunů a 55 RBI. V tomto roce utrpěl zranění podkolenní šlachy, vrátil se na několik dní a pak si ji znovu poranil. V té sezóně odehrál 105 zápasů.
Molitor upoutal pozornost celostátních médií v roce 1987 během své série 39 odpalů. Ke konci této série napsal sloupkař Mike Downey, že „úžasné na nedávném pálkařském dramatu Paula Molitora není to, že se trefil ve 33 zápasech v řadě, ale to, že odehrál 33 zápasů v řadě“. Série skončila s Molitorem v nadhazovacím kruhu, když Rick Manning 26. srpna 1987 odpalem ukončil zápas a porazil Cleveland Indians. Fanoušci Manninga vypískali za to, že vsítil vítězný doběh a připravil tak Molitora o poslední šanci dosáhnout 40 zápasů. Tato série je pátou nejdelší v novodobé historii baseballu a zůstává nejdelší od 44zápasové série hitů Peta Rose v roce 1978.
Toronto Blue JaysEdit
Přestože Molitor chtěl zůstat v Milwaukee, když se po sezóně 1992 stal volným hráčem, klub mu nabídl roční smlouvu se snížením platu o 900 000 dolarů (na 2 USD.5 milionů dolarů), zatímco Toronto Blue Jays nabídlo tříletou smlouvu na 13 milionů dolarů (23 000 000 dolarů v současném dolarovém vyjádření), což vedlo k jeho podpisu s Blue Jays. Agent Ron Simon řekl: „Jednal jsem také s Milwaukee, ale bylo nám jasné, že Milwaukee nemělo takový zájem podepsat Molitora, možná kvůli své finanční situaci.“
Molitor se rychle stal ofenzivním žolíkem. V roce 1993 Molitor vedl AL v počtu odehraných met (725) a odpálených míčů (211) a dosáhl hodnoty .332 s 22 homeruny a 111 RBI. Poprvé od roku 1982 se vrátil do play-off a byl klíčovou součástí druhého mistrovství světa Blue Jays. Molitor v sérii odpálil 2 dvojky, 2 trojky a 2 homeruny, získal cenu MVP Světové série a vyrovnal rekord Světové série, když v šestizápasové sérii odpálil 0,500 (12 z 24). Poté, co celou sezónu hrál na DH, hrál Molitor navíc 3. zápas Světové série na první metě a 4. a 5. zápas na třetí metě v zápasech hraných ve Philadelphii.
V roce 1994, v sezóně zkrácené o stávku, Molitor odpálil .341 a vedl AL v počtu odehraných zápasů (115) a singlů (107). V této sezóně také ukradl 20 met, aniž by byl chycen, což je o jednu méně než rekord Kevina McReynoldse z roku 1988, kdy jich ukradl 21. V roce 1995 klesl Molitorův průměr na 0,270, což byla jeho nejnižší hodnota za posledních více než deset let.
Minnesota TwinsEdit
Po sezóně 1995 opustil Blue Jays a na poslední tři sezóny své kariéry se připojil ke svým rodným Minnesota Twins, kde získal svůj 3000. hit. Byl prvním hráčem, který dosáhl mety 3000 hitů s trojkou. Molitor se těšil z možnosti zahrát si se superhvězdou Twins Kirbym Puckettem, ale Puckett během jarního tréninku v roce 1996 onemocněl glaukomem, který ukončil jeho kariéru, a už si nikdy nezahrál. V roce 1996 se Molitor stal po Samu Riceovi, členovi Síně slávy, druhým čtyřicátníkem s 200 hity, který vedl ligu s 225 hity a zároveň vedl ligu v počtu singlů (167). Molitor také zůstává posledním hráčem MLB, který v jedné sezóně zaznamenal 100 nebo více doběhů a zároveň odpálil méně než 10 homerunů (9 HR, 113 RBI).
Molitor v roce 1997 odpálil 0,305, což byla jeho dvanáctá sezóna, kterou zakončil s pálkařským průměrem vyšším než 0,300. V roce 1997 se Molitor stal nejlepším hráčem MLB. V roce 1998 odpálil .281 se 4 homeruny, 69 RBI a 9 ukradenými metami. Kromě velmi krátké sezóny 1984 byla sezóna 1998 první v Molitorově kariéře, v níž nedosáhl dvouciferného počtu ukradených met. V prosinci ukončil kariéru se slovy: „Mé srdce mi říká, že jsem na hřišti a v této hře udělal, co jsem mohl,“ řekl Molitor. „Jsem šťastný, že ho opouštím, když hraji svou poslední sezónu v dresu Twins… Teď přesměruji své úsilí na to, abych zjistil, co dalšího mi budoucnost přinese.“