Pierpont Morgan pocházel z pěti generací významných občanů Nové Anglie – obě strany jeho rodiny přišly do Nového světa před revolucí. Jedním z jeho předků z matčiny strany byl James Pierpont, zakladatel univerzity Yale, jehož dcera se provdala za Jonathana Edwardse. Z dalšího rodu pocházel reverend John Pierpont, Pierpontův dědeček z matčiny strany, unitářský duchovní, básník a radikální bojovník proti otroctví a za mírnost. Z Morganovy strany Pierpontův dědeček Joseph spoluzaložil pojišťovací společnost Aetna a v roce 1847 po sobě zanechal majetek v hodnotě asi 1 milionu dolarů. Junius Morgan (Josephův syn) se v roce 1836 oženil s dcerou reverenda Pierponta Juliet. O rok později se jim v Hartfordu narodilo první dítě, Pierpont. Měli také tři dcery – Sarah, Mary a Juliet – a Pierpontova jediného bratra Juniuse, který se dožil pouze jedenácti let.
Po úspěchu v hartfordské firmě s drogistickým zbožím přijal Junius Morgan partnerství v investičním domě George Peabody & Co. (později J. S. Morgan & Co.,) a v roce 1854 přestěhoval celou svou rodinu do Londýna. Pierpont právě absolvoval bostonskou anglickou střední školu. Aby Junius připravil svého syna na kariéru v mezinárodním bankovnictví, poslal Pierponta po střední škole do Evropy, aby se naučil francouzsky a německy. Když v roce 1857 ve svých dvaceti letech začal pracovat jako bankéřský učeň v New Yorku, ovládal plynně oba jazyky a znal více kultur než většina Američanů té doby. Dalších třicet let pracoval společně se svým otcem na převádění kapitálu z Evropy do vznikající americké ekonomiky a Pierpont nejméně jednou ročně překračoval Atlantik, aby se setkal se svými londýnskými partnery a pokračoval ve svém evropském kulturním vzdělávání.