Vykopávky v těchto městech sice přinesly řadu informací o obou městech a o životě Římanů obecně, ale zároveň umožnily, aby se tyto lokality dostaly pod vliv živlů. Některým z nich nelze zabránit, většinu z nich však lze zpomalit nebo zcela zastavit lidským zásahem. Bohužel finanční prostředky jsou v takovém stavu, že ne vše lze zachránit. Odhaduje se, že jen v Pompejích je k provedení všech nezbytných prací zapotřebí 335 milionů USD.
Zvětrávání a erozeEdit
Pompeje a Herkulaneum byly vykopávány po staletí (v Herkulaneu se začalo s vykopávkami v roce 1738 a později v roce 1748) a všechny odkryté stavby byly v průběhu času postiženy celkovou degradací. Zejména od doby, kdy erupce narušila mnoho staveb, je vykopávky učinily nestabilními a náchylnými ke zřícení, jako například městské hradby v Pompejích. Na mnoha místech se zdi částečně zřítily a velká část lokality je pro návštěvníky uzavřena kvůli nebezpečí, které pro ně představuje.
Mnoho samotných artefaktů je také poškozeno přírodními procesy. V Herculaneu se zuhelnatělé zbytky předmětů, jakmile byly vystaveny vzduchu, během několika dní zničily. Teprve po aplikaci látky (lampové černě) byly schopny přežít na volném prostranství. Také v Herculaneu byly kosti stovek obětí nalezených na pláži ponechány na volném prostranství kvůli nedostatku finančních prostředků a postupně se rozpadají.

Expozice světlemEdit
Fresky, sochy a malby převládající v obou městech byly velmi zachovalé, zachovaly si velké množství detailů, barev a živosti. Bohužel při vykopávkách začaly vlivem působení přirozeného světla blednout a také se začaly drolit a odlepovat od stěn. Tyto problémy však lze vyřešit pomocí jednoduchých konzervačních technik: dřívější organické metody konzervace se ukázaly jako účinné a modernější metoda využívající hliník a plast měla ještě lepší výsledky. Kromě toho byly zhotoveny detailní reprodukce mnoha uměleckých děl, například Alexandrovy mozaiky ve Faunově domě.
Ne všechna opatření přijatá k ochraně staveb a artefaktů však byla účinná a některá způsobila větší škody. Například na ochranu fresek a graffiti byly zhotoveny plexisklové schránky, které však vytvářejí past na vlhkost a způsobují poškození omítky.
Rostliny a živočichovéRedakce
Oblast Kampánie, v níž obě naleziště leží, je velmi mírná a úrodná, takže se mnoha rostlinám daří i uvnitř archeologického areálu. Henri de Saint-Blanquat identifikuje v Pompejích jednatřicet rostlin, které se po růstu v místech holé země rozrůstají směrem ven a napadají okolní budovy a také rozrušují dlaždice a mozaiky. Podél zdí roste zejména břečťan, jehož části se drolí, a kořeny podkopávají základy budov. V oblastech, kterými procházejí turisté, jejich nohy rostliny pošlapávají; v uzavřených oblastech, zejména v těch, které jsou nejblíže nevykopaným částem měst, to budovy vážně poškozuje.

V Pompejích byli problémem zejména zdivočelí psi. Psi, kteří v 80. letech 20. století obývali budovy v okolí Fóra, byli odstraněni. Na místě jich žily stovky a neúmyslně poškozovaly chodníky, silnice a zdi a také se projevovaly agresivně vůči některým turistům.
V Herculaneu představují zvláštní problém holubi; kyselý charakter jejich výkalů opotřebovává střechy a zdi mnoha staveb. Italské zákony zakazují jejich odstřel.
Lidská činnostEdit
Rané vykopávkyEdit
Zejména v Herculaneu se nejstarší vykopávky točily spíše kolem sběru cenných artefaktů a starožitností než kolem systematických vykopávek. Pouhým vykopáváním předmětů s estetickou a komerční hodnotou byly tyto předměty převezeny z in situ do soukromých sbírek, a tím se o nich ztratilo mnoho informací. Kromě toho byly další předměty, které pronásledovatelé antikvariátu nepovažovali za hodnotné, zničeny nebo poškozeny při získávání jiných předmětů.
Tyto cenné předměty byly po objevení také dezorganizovány a ztratily veškerý historický význam: soubor bronzových písmen původně upevněných na zdi v Herculaneu, který kdysi odstranili bourbonští králové, byl vyjmut z pořádku, aniž by bylo zaznamenáno původní umístění nebo význam. Návštěvníci byli vyzváni, aby je znovu uspořádali a vytvořili z nich vlastní vzkazy. Podobně se využívaly i kosti: často se skládaly dohromady jako kompozice kostí několika jedinců, dokonce se kombinovaly kosti dětí s kostmi dospělých a některé dostaly doslova dvě levé nohy. Ty se pak pro dramatický efekt vystavovaly. Některé z nich se zachovaly dodnes, ale je jen malá naděje, že by se podařilo původní kostry znovu zformovat nebo je použít k odhalení informací o obyvatelích Pompejí nebo Herkulanea.
Galerie akvarelů Luigiho Bazzaniho Pompeje při prvních vykopávkáchUpravit
(Více na Wikimedia Commons)
- 
Letní triklinium domu V, 2, 15, 1914 
- 
Lázně Pompeje 
- 
Lararium domu Dioscuri, 1902 
- 
Dům Velké fontány 
- 
Atrium domu Století, 1901 
- 
Peristyl s fontánou v Domě Marka Lukrécia 
- 
Peristyl s fontánou v Domě Marka Lukrécia (Detail) 
- 
Interiér domu v Pompejích 
- 
Divadlo v Pompejích 
- 
Lararium domu IX,1,7, Pompeje,1903 
- 
Nymfaeum v Domě Býka, 1901 
- 
Atrium v Domě námořníků 
- 
Dům Vettiů 
- 
.Dům Malé fontány 
- 
Dům s impluviem a mramorovým stolem 
- 
Insula v regionu IX, V, 18 
- 
Isidin chrám 
- 
Thermopolion (stánek s rychlým občerstvením) v kohoutí aleji 
- 
Fontána s hlavou Merkura. na Merkurově ulici 
- 
Dům s visutým balkonem 
- 
Portál patricijského domu na Augustově ulici 
- 
Hrobka v ul. nekropole 
- 
Hrobka s krytou nikou a květináčem s věncem 
- 
Lararium v domě L Caecilia Jucunda 
- 
Pompeje Atrium 
- 
Archa Nerona na Foru 
- 
Pompeiův červený interiér 
- 
Genaeceum (ženské prostory) v domě Sallustově (VI 2, 4) 
- 
Thermopolium v Aleji lékárníků 
- 
Atrium domu Antického lovu 
- 
.Atrium domu Antického lovu (detail) 
- 
Atrium v Pompejích 
- 
Atrium domu Vettiů VI.15.1 
- 
Vstup do římského dómu 
- 
Atrium domu neapolského knížete 
- 
Fontána domu K. Virnia Modesta (IX 7, 16) 
- 
Atrium rodu Cornelius Rufus 
- 
Kolonáda rodu Cornelia Rufa 
- 
Dům stříbrné svatby 
- 
Lararium rodinného oltáře, viděno in situ po vykopávkách, dům Aula Vettia, Pompeje, cca 36-39 n. l., 1895 
- 
Lararium domu Paccia Alexandra (IX 1, 7) 
- 
Velké divadlo v Pompejích, 1910, 
- 
Fórum v Pompejích 
- 
Chrám Fortuny Augusty 
Rekonstrukční práceEdit
Amedeo Maiuri, ředitel Pompejí a Herkulanea v letech 1924-1961, měl v úmyslu znovu vytvořit „atmosféru“ obou měst tak, jak vypadala těsně před výbuchem Mt. Vesuv. Ačkoli někteří ředitelé před ním k tomu podnikli omezené kroky, Maiuri byl motivován k rekonstrukci velké části infrastruktury obou měst. To znamenalo obnovit zdi a střechy, které byly strženy erupcí, a reprodukovat tak fasádu měst. To bylo důležité zejména v Pompejích, kde erupce zničily střechy a vše, co bylo více než dva metry nad úrovní terénu.
Naneštěstí materiály použité při této rekonstrukci byly většinou beton a ocel. Směs cementu byla na mnoha místech obzvláště špatná a alkalické látky ve zdivu reagovaly se starověkými kameny, což způsobilo rozpad a erozi zdí staveb, jako je Dům barevných kapitálů, a také odloupnutí všech stávajících nátěrů.
Po roce 1980 byly tyto materiály použité při rekonstrukci nahrazeny modernějšími, které by s původním dílem nereagovaly špatně, a staré rekonstrukce jsou postupně nahrazovány; na většině míst však již došlo k poškození a snahy o výměnu budou trvat ještě mnoho let.
Turistický ruchEdit
Turistický ruch byl pro lokalitu smíšeným požehnáním. Vzhledem k tomu, že obě města ročně navštíví 2,5 milionu návštěvníků, umožňuje jejich přítomnost osvětu v oblasti ochrany přírody v lokalitě. Navíc byl v Itálii v roce 1997 přijat zákon, který umožnil, aby veškeré peníze získané od těchto turistů byly přímo směřovány na pomoc při ochraně lokality.
Masivní počet turistů však způsobuje i řadu problémů. Jejich všeobecný pohyb způsobuje postupné opotřebovávání silnic a chodníků, zejména na frekventovanějších místech, jako je komplex Pompejského fóra. Turisté si také mohou z místa odnášet úlomky kamene nebo skály a náhodně se otírat o zdi a fresky, což dále zvyšuje rychlost jejich poškozování. Otevřenost obou lokalit turistům je také hlavní příčinou vandalismu a krádeží.

Vandalismus a válkaEdit
Vandalismus, zejména graffiti, je pro Pompeje a Herkulaneum problematický. Turisté a další osoby často odlamují části městských staveb, aby si je odnesli domů na památku nebo jako suvenýr. Graffiti se objevují vepsané do zdí (často vedle svých antických protějšků) i na malbách a freskách, zejména na méně poškozených nebo nezničených uměleckých dílech. Během druhé světové války byla lokalita také bombardována spojeneckým letectvem a mnoho budov muselo být v poválečném období rekonstruováno.
KrádežeUpravit
Ačkoli jsou obě oblasti střeženy, mnoho artefaktů si stále nachází cestu na nelegální trh se starožitnostmi. Často při těchto krádežích dochází také k náhodnému poškození okolních objektů a ukradené starožitnosti již nejsou na místě a ztrácejí svůj kontext a kulturní asociace.
V roce 2003 byly ze zdi v Domě cudných milenců v Pompejích odcizeny dvě fresky. Tento čin krádeže poškodil i několik dalších fresek v domě, a přestože v Pompejích existuje kamerový systém, v době, kdy k události došlo, byl již několik měsíců mimo provoz. Tyto fresky se o několik měsíců později podařilo získat zpět, ale mnoho dalších z místa zmizelo a už nikdy se nevrátily.