V bitvě o Atlantik HMS Rajputana doprovázela několik severoatlantických konvojů z Bermud a Halifaxu v Novém Skotsku pod velením kapitána F. H. Taylora, včetně BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 a BHX 117.
Její sesterské lodě SS Rawalpindi, SS Ranchi a SS Ranpura byly rovněž přestavěny na ozbrojené obchodní křižníky. S výjimkou malých korvet byly přestavěné osobní lodě jako HMS Rajputana jedinou ozbrojenou ochranou většiny prvních konvojů. Se svými 6palcovými (152 mm) děly byly jediným doprovodem, který mohl zasáhnout německé hladinové lodě. Jen velmi málo konvojů dostalo ochranu větších křižníků nebo bitevních lodí.
13. dubna 1941, čtyři dny po rozloučení s konvojem HX 117, byla v Dánském průlivu západně od Reykjavíku na Islandu torpédována lodí U-108 pod velením Klause Scholtze. Potopila se o více než hodinu později se ztrátou 42 mužů, včetně svého posledního civilního kapitána velitele C. T. O. Richardsona. Celkem 283 členů její posádky zachránil torpédoborec HMS Legion, někteří z nich po dvanácti hodinách strávených v přeplněných záchranných člunech. Mezi přeživšími byl i Daniel Lionel Hanington, který se později stal kontradmirálem Kanadského královského námořnictva.
Z jejích sesterských lodí válku přežily dvě. Dne 23. listopadu 1939 se HMS Rawalpindi při „Severní hlídce“ střežící průliv GIUK zapojila do bitvy proti německým bitevním lodím Scharnhorst a Gneisenau. Zabránila průlomu těchto lodí, ale sama byla potopena jihovýchodně od Islandu v průjezdu Island-Faerské ostrovy. HMS Ranchi válku přežila a v roce 1953 byla sešrotována v Newportu. HMS Ranpura byla v roce 1943 prodána Admiralitě a přestavěna na opravárenskou loď. V Královském námořnictvu sloužila jako loď pro skladiště flotily až do roku 1961, kdy byla rozdělena. V roce 1956 se zúčastnila britské invaze do Egypta.