The College of Pharmacy byla založena a otevřena v roce 1903 jako School of Pharmacy a byl umístěn v Science Hall. Na škole působil místní lékař Dr. Samuel C. Benedict jako děkan na částečný úvazek a místní lékárník firmy H.R. Palmer &Sons Arthur J. Palmer jako profesor farmacie na částečný úvazek. Dr. Benedict také vyučoval Materia Medica. Science Hall byla v listopadu téhož prvního roku zničena požárem, a tak se škola farmacie přestěhovala do suterénu Terrell Hall.
Škola na začátku školního roku 1907-08 přijala Roberta C. Wilsona jako svého prvního zaměstnance na plný úvazek (Wilson byl vnukem George Fostera Pierce). První skupina absolventů začala v roce 1908 získávat titul Pharmacy Graduate (Ph.G.).
Po smrti děkana Benedicta v roce 1914 se Robert Wilson stal ředitelem školy a zůstal v této funkci až do roku 1948. V roce 1924 byl Wilson jmenován děkanem farmaceutické školy. Škola později změnila svůj název na College of Pharmacy. V roce 1926 se škola stala jednou z prvních v zemi, která nabízela čtyřleté bakalářské studium farmacie. V této době také zrušila dvouletý doktorský studijní program.
Sídlo školy zůstalo v Terrell Hall až do roku 1939, kdy se přestěhovala do druhého a třetího patra nově přestavěné budovy New College. Ve čtyřicátých letech 20. století věnoval Robert W. Woodruff několik darů na financování výdejní laboratoře, výdejny a farmakologické laboratoře.
V roce 1951 byl na škole zahájen magisterský program a v roce 1964 doktorský program, přičemž první doktoráty byly uděleny v roce 1967. V roce 1964 se škola přestěhovala do současného objektu, budovy Robert C. Wilson Pharmacy Building; budova však byla pojmenována po Wilsonovi až v roce 1978 (100. výročí narození Dr. Wilsona).
Dr. Stuart Feldman z University of Houston byl jmenován děkanem v roce 1991. Během jeho působení získala vysoká škola prostředky z loterie státu Georgia na rozšíření technologií ve výuce a Millikan Educational Resources Center bylo přestavěno na počítačovou laboratoř pro přístup studentů. V souladu s celostátním trendem byl upraven učební plán ze čtvrtletního na semestrální systém a byl zahájen vstupní stupeň doktorátu farmacie (PharmD) a netradiční program doktorátu farmacie (Non-traditional Doctor of Pharmacy Pathway Program). Na plný úvazek byl přijat koordinátor zkušeností.
Děkanem se 1. ledna 2000 stal Dr. Svein Øie z University of California San Francisco. Pod jeho vedením se zvýšil počet tříd, rozšířila se regionální působnost, škola se podílela na založení Centra pro objevování léčiv a Centra pro obranu proti hromadnému ničení, zvýšil se mezioborový výzkum a posílilo se její výzkumné zaměření.
Škola se aktivně zapojila do vzdělávání rezidentů. V roce 2003 oslavila vysoká škola sté výročí svého založení. Díky úsilí o získávání finančních prostředků se zvýšil počet stipendií, obdarovaných profesorů a zvýšily se dostupné prostředky na vylepšení budov. V roce 2007 schválil zákonodárný sbor státu Georgia financování nové přístavby školy o rozloze 93 288 čtverečních metrů ve výši 44 milionů dolarů. Nový objekt, známý jako Pharmacy South, byl postaven v sousedství budovy lékárny Roberta C. Wilsona a byl slavnostně otevřen v září 2009. Rekonstrukce více než 60 % Wilsonovy budovy byla dokončena v roce 2010. Vysoká škola navázala partnerství s lékařskou fakultou Georgia Regents University se sídlem v Augustě ve státě Georgia. Na podzim roku 2013 založila vysoká škola nový bakalářský obor farmaceutické vědy.