Geografická poloha Východní Indie podél významných větrných systémů a obchodních cest zásadně ovlivnila její historii. Podnebí a geologická činnost formovaly její pevninu a vytvořily souostroví.
Kdysi podle geologů v dávném moři, které oddělovalo Asii a Austrálii, žádné ostrovy nebyly. Vnější vrstva Země je rozdělena na mnoho pevných bloků, tzv. tektonických desek, které se pomalu pohybují po zemském povrchu. Některé z ostrovů Východní Indie vznikly, když se podmořská deska začala srážet s jinou deskou. Teplo a pohyb jedné desky překrývající druhou zvedly hřbety zemské kůry a na jejich vrcholech se vytvořily ostrovy. Tyto geologické síly se dnes projevují gejzíry, aktivními sopkami a častými zemětřeseními, která se vyskytují na celém území Východní Indie. Další pohyby desek jsou patrné v pokroucené podobě některých ostrovů, například čtyř ramen Celebesu.
Moře mezi ostrovy je velmi mělké a mořské proudy jsou silné. Pro velké lodě je obtížné proplout mezi většinou ostrovů a je to kolem nich dlouhá cesta. Po staletí proplouvaly lodě obchodující mezi Evropou, Afrikou, Arabským poloostrovem a Indií ze západu a Čínou, Japonskem a západem Spojených států z východu mezi Sumatrou a Malajským poloostrovem hlubokou vodou známou jako Malacký průliv.
Rozšíření rostlin a živočichů ve Východní Indii spolu s dalšími důkazy vedlo vědce k závěru, že některé ze západních ostrovů byly kdysi spojeny pevninou s jihovýchodní Asií. Nová Guinea byla kdysi spojena s Austrálií. Poměrně mělké moře mezi Malajským poloostrovem a ostrovy Sumatra, Jáva, Bali a Borneo je hluboké méně než 90 metrů. Na těchto ostrovech se vyskytují zvířata z pevniny – například tygři, nosorožci a opice. Na ostrovech na východě však žijí zvířata podobná těm australským. Přírodovědec Alfred Russel Wallace toto rozdělení, dnes známé jako Wallaceova linie, zmapoval a publikoval v roce 1869. Při studiu způsobu, jakým se ptáci na ostrovech šíří a mění své druhy, dospěl Wallace nezávisle na Charlesi Darwinovi k evoluční teorii.
Bujné tropické lesy, palmy, kapradiny, bambusy a zářivé květiny Východní Indie tvoří součást jeho pohádky. Jsou výsledkem rovníkového klimatu, které je obecně horké a vlhké. Srážky na většině míst dosahují 100 až 150 palců (250 až 380 cm) ročně. Na úrovni moře se teplota na většině míst celoročně pohybuje mezi 26° a 32° C (80° až 90° F). Ostrovy jsou však hornaté a mnoho míst leží ve srážkovém stínu hor a prší na nich málo nebo jen sezónně. Na vyšších horách a náhorních plošinách je podnebí subtropické a na vrcholcích nad 10 000 stop (3 050 m) je chladné klima a dokonce i sníh. Na severněji položených ostrovech jsou srážky silně ovlivňovány monzunovými větry.
Proměnlivé větry byly velmi důležité pro obchod a plavbu až do rozvoje paroplavby v 19. století. Obchodníci se plavili z Číny na Sumatru za severovýchodního monzunu, skladovali své zboží ve skladech a přebírali náklad z Indie nebo Blízkého východu. Poté se při jihozápadním monzunu plavili zpět do Číny, zatímco obchodníci připlouvali z Indie, vykládali svůj náklad, brali na palubu čínské zboží ve skladech a při dalším severovýchodním monzunu se vraceli do Indie. Takto v Indii vzkvétala města a říše.