Ačkoli je zobrazování živých buněk žádoucí, není vždy proveditelné a v mnoha situacích se buňky fixují, aby se získal „snímek“ povahy a rozložení molekul v buňce a zároveň se minimalizovaly změny způsobené pohybem buněk, degradací vzorku atd. K dispozici je široká škála fixačních metod, které působí různými mechanismy a na různé buněčné složky. Každá metoda má své výhody a nevýhody a při výběru fixační metody pro konkrétní experiment je třeba tyto faktory zohlednit. Zde jsme použili Ramanovo spektroskopické zobrazování živých buněk a porovnali jsme je s buňkami konzervovanými aldehydem nebo fixačními metodami na bázi organických rozpouštědel, abychom posoudili chemické změny vyvolané jednotlivými fixačními prostředky a jejich dopad na kvalitu obrazů, které lze z fixovaných buněk získat. Celkově lze říci, že metody fixace aldehydy byly výrazně lepší než metody fixace organickými rozpouštědly, přičemž došlo k menší ztrátě biochemických informací. Fixační prostředky na bázi aldehydů vykazují změněný biochemický obsah buněk, což se připisuje tvorbě aduktů, ale tento jev lze minimalizovat optimalizací teploty fixace nebo odstraněním tvorby aduktů pomocí permeabilizace na bázi detergentů jako druhého kroku (za cenu ztráty jiných biochemických informací). Výsledky ukázaly, že organická rozpouštědla naopak vedou k závažné ztrátě buněčného obsahu, což se připisuje ztrátě integrity membrány po odstranění lipidů. Navíc fixace aldehydy před permeabilizací organickými rozpouštědly neposkytuje dostatečnou ochranu cytoplazmatického obsahu. Použití Ramanova zobrazení je ideální pro porovnávání skupin buněk z hlediska jejich molekulárního obsahu a výsledky ukazují, že metody fixace aldehydy jsou vhodnější pro studie, kde je důležitý celkový molekulární obsah vzorků. Ačkoli neexistuje univerzální fixační metoda pro každou aplikaci, výsledky zde uvedené nám umožňují poskytnout několik obecných zásad: tam, kde je důležitá spektrální podobnost s živými buňkami, je vhodnější fixace paraformaldehydem při pokojové teplotě, a to za cenu určitého krvácení a tvorby vakuol. Tam, kde je důležité zachování buněčné struktury nebo rozložení biomolekul, by byla vhodnější směs paraformaldehydu a glutaraldehydu, ale za cenu určitých změn spektrálního profilu, zejména v pásmech souvisejících s DNA.
.