Agarose

Agarosepulver og præfabrikerede geler

Bio-Rad tilbyder en række agarosepulvere og præfabrikerede agarosegeler til at opfylde alle dine behov for DNA- og RNA-elektroforese, herunder pulse field gelelektroforese og specialapplikationer som IEP og IEF. Pulver er certificeret genetisk kvalitetstestet DNA agarose. Vores præfabrikerede geler fås både i TBE- eller TAE-buffer, med eller uden ethidiumbromid.

Agarosetyper og anvendelse i elektroforese

Alle Bio-Rad agaroseprodukter garanteres at være fri for inhibitorer, DNaser og RNaser. Der findes en række agarosetyper, der er optimeret til forskellige anvendelser.

Molekylærbiologisk agarose: Dette er en agarose til generelle formål, der har en høj udelukkelsesgrænse. Denne type agarose har en høj gelstyrke og er let at håndtere ved lave procenter. Molekylærbiologisk agarose er af GQT-kvalitet (genetisk kvalitetstestet), hvilket gør den ideel til præparative geler og gendannelse af DNA. Analytisk adskillelse er >1.000 basepar (bp).

Low-melt agarose: Den vigtigste anvendelse af agarose med lavt smeltepunkt er til præparativ elektroforese. Den er ideel til in-gel-applikationer som f.eks. ligering, PCR, restriktionsenzymfordøjelse, transformation og sekventering. Andre anvendelser omfatter pulseret feltelektroforese af megabase-DNA og indlejring af kromosomer. Denne agarose har en geleringstemperatur på 26 °C og en høj opløsningsevne, >1.000 kb.

Low-melt agarose anvendes også til at sikre immobiliserede pH-gradient (IPG)-strimler til isoelektrisk fokusering, den anden dimension af 2-D SDS-PAGE. Denne agarose indeholder bromophenolblåt til overvågning af elektroforese.

PCR agarose: Denne agarose med høj styrke danner geler, der er lette at håndtere og forbliver fleksible selv ved høje gelprocenter, hvilket reducerer risikoen for revner eller brud. Geleringstemperaturen er 40 °C. Denne agarose har fremragende sigtningsegenskaber og den højeste gelstyrke af alle agaroser.

PCR agarose med lavt smeltepunkt har en høj sigtningskapacitet. Den er ideel til præparativ elektroforese og in-gel-applikationer som f.eks. restriktionsenzymdigester, ligering og transformation. PCR-agaroser anbefales til DNA-fragmenter <1.000 bp.

Low range ultra agarose: Denne agarose giver opløsning af primere og små PCR-produkter ved lavere koncentrationer end standardagarose, hvorved man undgår at skulle bruge polyacrylamid. En 3 % gel opløser tydeligt en 10 bp ladder. Analytisk adskillelse er 20-800 bp.

Megabase agarose: Denne agarose har en meget høj gelstyrke, høj elektroforetisk mobilitet og en høj udelukkelsesgrænse. Megabase agarose er det bedste valg til applikationer med fastklemt homogent elektrisk felt (CHEF) og felt-inversion gelelektroforese (FIGE). Gelerne forbliver nemme at håndtere ved koncentrationer så lave som 0,3 % og giver mulighed for kortere kørselstider. Lav baggrundsfarvning giver også overlegen billeddannelse af DNA med høj molekylvægt. Separationsområdet er mellem 1 kb og 5 Mb.

Pulsed field agarose: Pulsed field gelelektroforese (PFGE) anvendes til separation af store DNA-fragmenter. Selv om geler støbt med denne agarose har længere PFGE-køretider end med megabaseagarose, er kørselsbetingelserne for denne agarose en forudindstillet, valgbar protokol for CHEF Mapper® XA-systemets auto-algoritme. Separationsområdet er 1 kb til 2 Mb.

Agarose til IEP og IEF: Der findes agaroser til immunelektroforese (IEP) og isoelektrisk fokusering (IEF). De kan anvendes til bestemmelse af relative molekylvægte (Mr). Agarose til IEF har ingen påviselig elektroendosmosis.

Prefabrikerede agarosegeler

Prefabrikerede agarosegeler har flere fordele, ud over hastighed og reproducerbarhed. Låsbakken betyder, at agarosegelene ikke bevæger sig under indlæsning og i begyndelsen af en kørsel, hvilket kan medføre spild af prøver, give ujævne belastninger og mindske båndskarpheden. Den UV-transparente bakke har fluorescerende nummererede brønde, der hjælper med at holde styr på indlæsningsmønstre, når der er mange prøver, samt en fluorescerende lineal ned langs den ene side til måling af migration.

Der fås et bredt udvalg af geler, 1 og 3 % agarose, TBE og TAE, og med og uden ethidiumbromid. Brøndkonfigurationer passer til behov fra præparativ til screening af et stort antal prøver (op til fire rækker brønde). Ensartetheden gør de præfabrikerede agarosegeler nemme at indlæse med en flerkanalspipette.

Prefabrikerede agarosegeler giver fremragende adskillelse og opløsning af DNA og er kompatible med de fleste undersøiske horisontale elektroforese-systemer.

Mere information om agarose

Agarose er et lineært polysaccharid fremstillet af gentagne enheder af agarobiose, der udvindes af kogte rødalger. Dens neutrale ladning, lave geleringstemperatur og dannelsen af stabile geler med store porestørrelser gør agarose til et godt medium til elektroforese og kromatografi. Agarosegeler er nemme og hurtige at opstille, og de kan adskille DNA-fragmenter fra ca. 20 bp til mange megabaser. Agaroseperler anvendes i vid udstrækning til kolonnekromatografi, især til størrelseseksklusionskromatografi og affinitetskromatografi.