Kuubalainen musiikki on ollut suosittua Saharan eteläpuolisessa Afrikassa 1900-luvun puolivälistä lähtien. Juuri kuubalainen musiikki, enemmän kuin mikään muu, tarjosi alkuperäisen mallin afropopille. Afrikkalaisille clave-pohjainen kuubalainen populaarimusiikki kuulosti sekä tutulta että eksoottiselta. Encyclopedia of Africa v. 1. toteaa:
”1940-luvulta alkaen afrokuubalaiset yhtyeet, kuten Septeto Habanero ja Trio Matamoros, saavuttivat laajaa suosiota Kongon alueella Radio Congo Belgen, Léopoldvillessä (nyk. Kinshasa, Kongon demokraattinen tasavalta) sijaitsevan vaikutusvaltaisen Radio Congo Belge -radioaseman kautta. Musiikkiklubien, äänitysstudioiden ja kuubalaisyhtyeiden konserttiesiintymisten lisääntyminen Léopoldvillessä vauhditti kuubalaista musiikkisuuntausta 1940-luvun lopulla ja 1950-luvulla.”
Kongolaisyhtyeet alkoivat tehdä kuubalaisia covereja ja laulaa sanoituksia foneettisesti. Pian he tekivät omia alkuperäisiä kuubalaistyyppisiä sävellyksiä, joissa oli ranskankieliset sanoitukset. Kongolaiset kutsuivat tätä uutta musiikkia nimellä rumba, vaikka se todellisuudessa perustui soniin. Afrikkalaiset sovittivat guajeot sähkökitaroihin ja antoivat niille oman alueellisen makunsa. Kitarapohjainen musiikki levisi vähitellen Kongosta ja omaksui yhä enemmän paikallisia piirteitä. Tämä prosessi johti lopulta useiden erilaisten erillisten alueellisten genrejen, kuten soukousin, syntymiseen.
Kuubalaisella populaarimusiikilla oli merkittävä rooli monien afrikkalaisen populaarimusiikin nykyisten genrejen kehityksessä. John Storm Roberts toteaa: ”Kuubalainen yhteys, mutta yhä useammin myös newyorkilainen salsa, tarjosi tärkeimmät ja pysyvät vaikutteet – ne, jotka menivät syvemmälle kuin aiempi jäljittely tai ohimenevä muoti. Kuubalainen yhteys alkoi hyvin varhain, ja sen oli määrä kestää ainakin kaksikymmentä vuotta, jolloin se vähitellen imeytyi ja uudelleen afrikkalaistui.” Afrikkalaisten suorittama afrokuubalaisten rytmikuvioiden uudelleenkäsittely tekee rytmeistä täyden ympyrän.
Harmonisten kuvioiden uudelleenkäsittely paljastaa silmiinpistävän eron hahmottamisessa. Kuubalaisessa musiikissa niin yleinen I IV V IV -harmoninen eteneminen on kuubalaisen musiikin vaikutuksen ansiosta kuultavissa popmusiikissa kaikkialla Afrikan mantereella. Nämä soinnut liikkuvat länsimaisen musiikkiteorian perusperiaatteiden mukaisesti. Kuten Gerhard Kubik huomauttaa, afrikkalaisen populaarimusiikin esittäjät eivät kuitenkaan välttämättä hahmota näitä sävelkulkuja samalla tavalla: ”Kongon/Zairen populaarimusiikissa näkyvästi esiintyvää harmonista C-F-G-F-sykliä ei yksinkertaisesti voida määritellä etenemiseksi toonikalta subdominanttiin, dominanttiin ja takaisin subdominanttiin (johon se päättyy), koska esittäjän käsityksessä ne ovat samanarvoisia eikä missään hierarkkisessa järjestyksessä, kuten länsimaisessa musiikissa.”
Suurin kuubalaisperäisen musiikin aalto Afrikkaan saapui salsan muodossa. Vuonna 1974 Fania All Stars -yhtye esiintyi Afrikan Zairessa (tunnetaan nykyään Kongon demokraattisena tasavaltana) Kinshasassa sijaitsevassa 80 000 katsojaa vetävässä Stadu du Haissa. Tämä taltioitiin filmille ja julkaistiin nimellä Live In Africa (Salsa Madness Yhdistyneessä kuningaskunnassa). Zairen esiintyminen tapahtui musiikkifestivaalilla, joka järjestettiin Muhammad Alin ja George Foremanin raskaan sarjan mestaruusottelun yhteydessä. Paikalliset tyylilajit olivat tuolloin jo vakiintuneet. Silti salsa yleistyi monissa Afrikan maissa, erityisesti Senegambiassa ja Malissa. Kuubalainen musiikki oli ollut Senegalin yöelämän suosikki 1950-1960-luvuilla. Senegalilainen yhtye Orchestra Baobab soittaa perus-salsatyyliä congojen ja timbalesien kanssa, mutta siihen on lisätty Wolof- ja Mandinka-soittimia ja sanoituksia.
Lise Waxerin mukaan: ”Afrikkalainen salsa ei viittaa niinkään salsan paluuseen Afrikan maaperälle (Steward 1999: 157) vaan monimutkaiseen kulttuurisen omimisen prosessiin kahden niin sanotun kolmannen maailman alueen välillä.” Afrikkalaiset taiteilijat ovat 1990-luvun puolivälistä lähtien olleet hyvin aktiivisia myös superyhtye Africandon kautta, jossa afrikkalaiset ja newyorkilaiset muusikot sekoittuvat johtavien afrikkalaisten laulajien, kuten Bambino Diabaten, Ricardo Lemvon, Ismael Lon ja Salif Keitan kanssa. Vielä nykyäänkin on tavallista, että afrikkalainen artisti levyttää salsakappaleen ja lisää siihen oman alueellisen lisänsä.