Agaroosi

Agaroosijauheet ja esivalmistetut geelit

Bio-Rad tarjoaa erilaisia agaroosijauheita ja esivalmistettuja agaroosigeelejä kaikkiin DNA- ja RNA-elektroforeesin tarpeisiin, mukaan lukien pulssikenttägeelielektroforeesi ja erikoissovellukset, kuten IEP ja IEF. Jauheet ovat sertifioitua geneettisesti testattua DNA-agaroosia. Valmiit geelimme ovat saatavilla sekä TBE- että TAE-puskurissa, etidiumbromidin kanssa tai ilman.

Agaroosityypit ja käyttö elektroforeesissa

Kaikki Bio-Radin agaroosituotteet ovat taatusti vapaita inhibiittoreista, DNaaseista ja RNaaseista. On olemassa erilaisia agaroosityyppejä, jotka on optimoitu eri käyttötarkoituksiin.

Molekyylibiologian agaroosi: Tämä on yleiskäyttöinen agaroosi, jolla on korkea poissulkemisraja. Tämäntyyppisellä agaroosilla on suuri geelilujuus ja sitä on helppo käsitellä alhaisilla prosenttiosuuksilla. Molekyylibiologian agaroosi on GQT-luokkaa (genetic quality tested), joten se on ihanteellinen preparatiivisiin geeleihin ja DNA:n talteenottoon. Analyyttinen erottelu on >1 000 emäsparia (bp).

Matalasulava agaroosi: Matalasulavan agaroosin pääasiallinen käyttötarkoitus on preparatiivinen elektroforeesi. Se soveltuu erinomaisesti geelin sisäisiin sovelluksiin, kuten ligaatioon, PCR:ään, restriktioentsyymien digestioon, transformaatioon ja sekvensointiin. Muita käyttökohteita ovat muun muassa megatavaksen DNA:n pulssikenttäelektroforeesi ja kromosomien upottaminen. Tämän agaroosin geelöitymislämpötila on 26 °C ja sen erotuskyky on suuri, >1 000 kb.

Matalasulavaa agaroosia käytetään myös immobilisoitujen pH-gradienttiliuskojen (IPG) kiinnittämiseen isoelektriseen fokusointiin, joka on 2-D SDS-PAGE:n toinen ulottuvuus. Tämä agaroosi sisältää bromifenolisinistä elektroforeesin seurantaa varten.

PCR-agaroosi: Tämä luja agaroosi muodostaa geelejä, joita on helppo käsitellä ja jotka pysyvät joustavina myös korkeilla geeliprosenteilla, mikä vähentää halkeilun tai rikkoutumisen riskiä. Geelöitymislämpötila on 40 °C. Tällä agaroosilla on erinomaiset siivilöintiominaisuudet ja korkein geelilujuus kaikista agaroseista.

PCR low-melt agaroosilla on korkea siivilöintikyky. Se on ihanteellinen preparatiiviseen elektroforeesiin ja geelin sisäisiin sovelluksiin, kuten restriktioentsyymidigestit, ligointi ja transformaatio. PCR-agaroosia suositellaan <1 000 bp:n DNA-fragmenteille.

Matalan sulan ultra-agaroosi: Tämä agaroosi tarjoaa alukkeiden ja pienten PCR-tuotteiden resoluution pienemmillä pitoisuuksilla kuin standardiagaroosi, jolloin vältetään polyakryyliamidin käytön tarve. 3 %:n geeli erottaa selvästi 10 bp:n tikapuun. Analyyttinen erottelu on 20-800 bp.

Megabase-agaroosi: Tällä agaroosilla on erittäin korkea geelilujuus, suuri elektroforeettinen liikkuvuus ja korkea poissulkemisraja. Megabase-agaroosi on paras valinta kiinnitetyn homogeenisen sähkökentän (CHEF) ja kenttä-inversiogeelielektroforeesin (FIGE) sovelluksiin. Geelejä on helppo käsitellä jopa 0,3 %:n pitoisuuksilla, ja ne mahdollistavat lyhyemmät ajoajat. Vähäinen taustavärjäytyminen mahdollistaa myös korkean molekyylipainon DNA:n erinomaisen kuvantamisen. Erotusalue on 1 kb:n ja 5 Mb:n välillä.

Pulssikenttäagaroosi: Pulssikenttägeelielektroforeesia (PFGE) käytetään suurten DNA-fragmenttien erottamiseen. Vaikka tällä agaroosilla valettujen geelien PFGE-ajoaika on pidempi kuin megabase-agaroosilla valettujen geelien, tämän agaroosin ajo-olosuhteet ovat CHEF Mapper® XA -järjestelmän automaattisen algoritmin esiasetettu, valittavissa oleva protokolla. Erotusalue on 1 kb – 2 Mb.

Agaroosi IEP:tä ja IEF:tä varten: Agaroosit ovat saatavilla immunoelektroforeesia (IEP) ja isoelektristä fokusointia (IEF) varten. Niitä voidaan käyttää suhteellisten molekyylipainojen (Mr) määrittämiseen. IEF:hen tarkoitetussa agaroosissa ei ole havaittavaa elektroendosmoosia.

Precast-agaroosigeelit

Precast-agaroosigeeleillä on useita etuja nopeuden ja toistettavuuden lisäksi. Lukitusalustan ansiosta agaroosigeelit eivät liiku latauksen aikana ja ajon alussa, mikä voi hukata näytettä, antaa epätasaisia kuormia ja heikentää kaistojen terävyyttä. UV-läpinäkyvässä tarjottimessa on fluoresoivia numeroituja kuoppia, jotka auttavat seuraamaan lastauskaavioita, kun näytteitä on paljon, sekä fluoresoiva viivotin toisella sivulla siirtymisen mittaamista varten.

Saatavilla on laaja valikoima geelejä, 1 ja 3 % agaroosia, TBE- ja TAE-geelejä sekä etidiumbromidilla ja ilman. Kuoppakokoonpanot sopivat tarpeisiin preparatiivisesta suurten näytemäärien seulontaan (jopa neljä kuoppariviä). Tasalaatuisuuden ansiosta esivalmistetut agaroosigeelit on helppo ladata monikanavaisella pipetillä.

Esivalmistetut agaroosigeelit mahdollistavat erinomaisen DNA:n erottelun ja resoluution, ja ne ovat yhteensopivia useimpien vedenalaisten horisontaalisten elektroforeesijärjestelmien kanssa.

Lisätietoa agaroosista

Agaroosi on lineaarinen polysakkaridi, joka on valmistettu toistuvista agarobioosiyksiköistä ja joka uutetaan keitetystä puna- eli punalevästä. Sen neutraali varaus, alhainen hyytelöitymislämpötila ja stabiilien geelien muodostuminen, joilla on suuri huokoskoko, tekevät agaroosista hyvän väliaineen elektroforeesiin ja kromatografiaan. Agaroosigeelit ovat helppoja ja nopeita valmistaa, ja niillä voidaan erottaa DNA-fragmentteja noin 20 bp:stä moniin megatavuihin. Agaroosihelmiä käytetään laajalti pylväskromatografiassa, erityisesti koon poissulkemisessa ja affiniteettikromatografiassa.