Jen tässä –
Kiinnostaisiko sinua ymmärtää, miten otamme morfologisia tietoja sukupuuttoon kuolleista eläimistä ja käytämme niitä evoluutiohistorian päättelyyn? Näitä puita voidaan käyttää kehyksenä erilaisten makroevolutiivisten kysymysten testaamiseen, jotka koskevat lajien levinneisyyttä, paleoekologiaa, muutosnopeuksia ja paljon muuta! Toivomme pystyvämme selittämään, miten kukin vaihe tehdään! Aluksi hahmomatriisin rakentaminen.
Ennen kuin todella sukellat mihinkään konkreettiseen, suosittelen sinua miettimään hieman evoluutiota, fylogeniaa ja kaikkea tähän alaan liittyvää perusterminologiaa. Suosittelen, että kävisit läpi The Compleat Cladist -teoksen: A Primer of Phylogenetic Procedures. Tämä on käytännössä työkirja, jossa käydään läpi termejä, käsitteitä ja muuta!
Tämän ei ole tarkoitus olla tyhjentävä opas, vaan pikemminkin antaa sinulle valmiudet tutustua ohjelmaan ja luoda testihahmomatriisi!
Vaihe 1: Tutustu tutkimusryhmääsi
Tämä edellyttää PALJON lukemista ja sukeltamista niiden eläinten historiaan, joista olet kiinnostunut. Joissakin tapauksissa tämä on helppoa, toisissa taas hyvin vaikeaa! En puutu tähän liikaa, mutta on helppo unohtaa, mistä aloittaa. Aloittaisin Google Scholarin avulla tutkimalla kiinnostuksen kohteena olevaa ryhmää sekä evoluutiota, morfologiaa ja fylogeniaa. Sitten sinun on luultavasti suunnattava kirjastoon aseistettuna luettelolla kirjallisuudesta, joka on paljon vanhempaa kuin sinä, jotta voit todella aloittaa syväsukelluksen. Muista, että ajatukset muuttuvat ajan myötä, joten alusta aloittaminen on todella arvokasta, jotta opit, miten ajatukset ovat muuttuneet!
Tärkeää on, että opit myös homologiasta ja työskentelet ymmärtääksesi eläinlajejesi homologisia elementtejä. Homologia on yksinkertaisesti samankaltaisuutta, joka johtuu periytymisestä yhteisestä esi-isästä. Homologian ymmärtäminen ja arviointi voi olla erilaista riippuen siitä, mitä ryhmää tarkastelet. Esimerkiksi piikkinahkaisia on tarkasteltu tällä tavoin jo jonkin aikaa, ja järjestelmiä on useita. Yhdessä otetaan huomioon keho kokonaisuutena ja se, miten osat liittyvät toisiinsa, ja toisessa otetaan tarkempi lähestymistapa, jossa tarkastellaan tiettyjä suuta ympäröiviä levyjä. Nämä järjestelmät eivät sulje toisiaan pois, vaan niitä voidaan käyttää yhdessä toistensa kanssa. Toinen hyvä asia, joka on hyvä muistaa, on se, että jotkut ihmiset haluavat ajatella olevansa oikeampia kuin toiset – kuka voi sanoa, oikeastaan. Varmista vain, että teet omat kotiläksysi muodostaaksesi omat mielipiteesi ja ajatuksesi.
Vaihe 2: Järjestä tietosi
Tähän on useita tapoja, voit yksinkertaisesti tallentaa tiedot Exceliin tai Google Sheetsiin tai käyttää jotain hahmotietojen kuratointiin tarkoitettua ohjelmaa. Minä olen käyttänyt tähän Mesquitea. Mesquite on vapaasti saatavilla oleva ohjelmisto, joka on
”…modulaarinen, laajennettavissa oleva evoluutiobiologian ohjelmisto, joka on suunniteltu auttamaan biologeja organisoimaan ja analysoimaan vertailevaa tietoa eliöistä. Sen pääpaino on fylogeneettisessä analyysissä, mutta jotkut sen moduuleista koskevat populaatiogenetiikkaa, kun taas toiset tekevät ei-fylogeneettistä monimuuttuja-analyysia. Koska se on modulaarinen, käytettävissä olevat analyysit riippuvat asennetuista moduuleista.”
Voit helposti kuvata merkkejä, lisätä uusia taksoneita, poistaa taksoneita, tuoda tai piirtää puun ja nähdä, miten merkit muuttuvat eri puun topologioissa.
Tässä on sivutyökalupalkki, josta voit helposti aloittaa matriisin muokkaamisen. Voit siis muuttaa taksonien nimiä, lisätä taksoneita, muuttaa merkkejä, lisätä merkkejä, poistaa haluamasi ja paljon muuta, jonka kanssa en ole oikeastaan pelleillyt! Suosittelen, että jos olet ensikäyttäjä, vietät jonkin aikaa väärennetyn matriisin kanssa sekoilemalla. Kun saat tänne huomattavan kokoisen tietokokonaisuuden, on parasta, ettet tee mitään virheitä! Selvitä, missä saatat mennä pieleen ja korjaa vikoja etukäteen.
Helpompi tapa tuoda hahmot ja eri tilat on käyttää State Names Editor -ikkunaa. Tämä näyttää sinulle hahmojesi luettelon ja kaikki eri tilat, joita sillä voi olla – voit helposti muokata näitä ja se on mukava tapa järjestää hahmot, koska hahmomatriisissa teksti on vinossa ja tavallaan vaikeasti luettavissa.
Mesquiten toiminnallisuus ulottuu melko pitkälle tätä pidemmälle. Jos etsit opetusohjelmia tai haluat kokeilla ohjelman rajoja, tässä lisätietoa:
- Mesquite-projektin kotisivu (paljon opetusohjelmia ja vaiheittaisia oppaita)
- Integrative Biology 200A, vanha laboratorio-opas
- KU Lab, muokattu Paul Lewisilta
Vaihe 3: Vie matriisisi analyysin tekoa varten
>Tiedosto > Vienti antaa sinulle joukon vaihtoehtoja tiedostosi viemiseksi, älä unohda myös säännöllistä TALLENNA tiedostoasi, jotta voit palata matriisiisi ja lisätä siihen helposti! Useimmat ohjelmat, jotka päättelevät fylogenioita, tarvitsevat NEXUS-tiedoston. Tämäntyyppisessä tiedostossa on matriisisi ja usein hieman enemmän tietoa siitä, mitä haluat analyysissä tai tietoa merkeistä. Suosittelen käyttämään suosikkitekstiedostojasi ja viemään muutaman eri tyypin, jotta näet, miten ne ovat rakenteeltaan ja miksi tietyt ohjelmat saattavat haluta erilaisia tiedostoja ja eri tietoja!