Itä-Intian maantieteellinen sijainti merkittävien tuulijärjestelmien ja kauppareittien varrella on vaikuttanut suuresti sen historiaan. Sen ilmasto ja geologinen toiminta ovat muokanneet sen maata ja luoneet saariston.
Geologit uskovat, ettei Aasian ja Australian erottaneessa muinaisessa meressä ollut aikoinaan saaria. Maapallon ulkokerros on jakautunut moniin jäykkiin lohkoihin, joita kutsutaan tektonisiksi laatoiksi ja jotka liikkuvat hitaasti maan pinnalla. Osa Itä-Intian saarista syntyi, kun merenalainen levy alkoi törmätä toiseen levyyn. Kuumuus ja liikkeet, jotka aiheutuivat siitä, että toinen levy ylitti toisen, nostivat kuoriharjanteita, ja niiden huiput muodostivat saaria. Nämä geologiset voimat näkyvät nykyään geysireinä, aktiivisina tulivuoreina ja tiheinä maanjäristyksinä, joita esiintyy kaikkialla Itä-Intiassa. Muut laattojen liikkeet näkyvät joidenkin saarten, kuten Celebesin neljän haaran, vääntyneessä muodossa.
Saarten väliset meret ovat hyvin matalia, ja virtaukset ovat voimakkaita. Suurten alusten on vaikea kulkea useimpien saarten välillä, ja niiden ympäri on pitkä matka. Vuosisatojen ajan Euroopan, Afrikan, Arabian niemimaan ja Intian välillä lännestä käsin ja Kiinan, Japanin ja Yhdysvaltojen länsiosan välillä idästä käsin kauppaa käyvät alukset ovat kulkeneet Sumatran ja Malaijin niemimaan välillä Malakan salmeksi kutsutun syvän veden kautta.
Kasvien ja eläinten levinneisyys Itä-Intiassa on yhdessä muiden todisteiden kanssa saanut tutkijat päättelemään, että osa läntisistä saarista oli aikoinaan maayhteydessä Kaakkois-Aasian mantereeseen. Uusi-Guinea oli aikoinaan yhteydessä Australiaan. Malesian niemimaan ja Sumatran, Jaavan, Balin ja Borneon saarten väliset suhteellisen matalat merialueet ovat alle 90 metriä (300 jalkaa) syviä. Näillä saarilla tavataan mantereen eläimiä, kuten tiikereitä, sarvikuonoja ja apinoita. Sen sijaan itäisemmillä saarilla eläimet ovat Australian kaltaisia. Luonnontieteilijä Alfred Russel Wallace kartoitti tämän jaon, joka tunnetaan nykyään Wallacen linjana, ja julkaisi sen vuonna 1869. Tutkiessaan lintujen leviämistä ja lajien vaihtelua saarilla Wallace päätyi evoluutioteoriaan Charles Darwinista riippumatta.
Itä-Intian rehevät trooppiset metsät, palmut, saniaiset, bambut ja loistavat kukat ovat osa sen tarua. Ne ovat seurausta päiväntasaajan ilmastosta, joka on yleensä kuuma ja kostea. Sademäärä on useimmissa paikoissa 250-380 senttimetriä (100-150 tuumaa) vuodessa. Merenpinnan korkeudella lämpötila on useimmissa paikoissa 26-32 celsiusastetta ympäri vuoden. Saaret ovat kuitenkin vuoristoisia, ja monet paikat sijaitsevat vuoren varjossa ja saavat vain vähän tai vain kausittaista sadetta. Korkeammilla vuorilla ja tasangoilla ilmasto on subtrooppinen, ja yli 3 050 metriä korkeilla huipuilla on viileä ilmasto ja jopa lunta. Pohjoisemmilla saarilla monsuunituulet vaikuttavat voimakkaasti sademäärään.
Vaihtelevat tuulet olivat hyvin tärkeitä kaupankäynnin ja merenkulun kannalta, kunnes höyrylaiva kehitettiin 1800-luvulla. Kauppiaat purjehtivat koillismonsuunia pitkin Kiinasta Sumatralle, varastoivat tavaransa varastoihin ja ottivat lastia Intiasta tai Lähi-idästä. Lounaismonsuunilla he purjehtivat sitten takaisin Kiinaan, kun kauppiaat saapuivat Intiasta, purkivat lastinsa, ottivat kiinalaiset tavarat varastoihinsa ja palasivat Intiaan seuraavan koillismonsuunin myötä. Näin kaupungit ja valtakunnat kukoistivat Intiassa.