Atlanta BravesEdit
Francoeur ylennettiin Atlantassa 6. heinäkuuta 2005. Hän oli osa ryhmää aloittelevia pelaajia, lempinimeltään ”Baby Braves”, jotka Atlanta kutsui minor league -järjestelmästään kauden 2005 aikana.
Francoeur debytoi MLB:ssä seuraavana päivänä, kun hän aloitti oikealla kentällä Chicago Cubsia vastaan kaksinkertaisen ottelun toisessa ottelussa. Kahdeksannen vuoroparin alareunassa hän löi kolmen juoksun kunnarin keskikentälle, joka oli hänen ensimmäinen Major League -osumansa. Francoeur on kuuluisa lupauksistaan heti uransa alussa: hän pääsi Sports Illustratedin 26. elokuuta 2005 ilmestyneen numeron kanteen, jossa häntä tituleerattiin ”The Naturaliksi” hänen lyötyään ensimmäisissä 37 ottelussaan 0,360 pistettä 1,067 OPS:llä. Francoeur päätti kauden lyömällä 67 ottelussa .300/.336/.549, 14 kunnaria ja 44 RBI:tä. Tulokaskautensa aikana hän sai maineen vapaasti heiluvana nopean pallon lyöjänä, ja hänen ensimmäinen kävelykierroksensa tapahtui vasta hänen 128. pelikertansa aikana. Puolustuksessa Francoeur tuli tunnetuksi vahvasta ja tarkasta kädestään, ja hän viimeisteli kauden aikana 13 ulkokentän syöttöpistettä (kolmas MLB:ssä), vaikka pelasi alle puolet kaudesta. Hän sijoittui kolmanneksi National League Rookie of the Year -äänestyksessä keräten samalla eniten kakkossijan ääniä.
Francoeur löi ensimmäisellä täydellä kaudellaan majorissa .260 pistettä, 29 homeria ja 103 RBI:tä. Hänestä tuli myös vasta neljäs Brave, joka pelasi kauden kaikki 162 ottelua Félix Millánin, Dale Murphyn ja Andruw Jonesin lisäksi. Francoeur hylättiin ensimmäisen kerran urallaan 16. heinäkuuta 2006. Toukokuun 13. päivänä 2006 Francoeur löi walk-off grand slamin Washington Nationalsia vastaan, joka oli hänen uransa ensimmäinen walk-off-kotijuoksu ja grand slam.
Toisella täydellä kaudellaan 2007 Francoeur löi 0,293 pistettä, 19 kotiutusta ja 105 RBI:tä. Francoeur osoitti lahjakkuutta myös kentän puolustuspuolella, johtaen liigan ulkopelien syöttöpisteitä 19:llä ja ansaiten samalla uransa ensimmäisen Gold Glove -hanskan. Francoeur pelasi kaikki 162 ottelua toisena peräkkäisenä kautena. Hänet hylättiin toisen kerran urallaan 16. heinäkuuta 2007, tasan vuosi ensimmäisen hylkäyksensä jälkeen.
12. huhtikuuta 2008 Francoeur teki 3/5 Washington Nationalsia vastaan, mukaan lukien kaksi kunnaria ja seitsemän RBI:tä. Hän kokosi 370 peräkkäisen pelatun ottelun putken ennen kuin hän istui ulos tuplapelin toisen ottelun 20. toukokuuta 2008. Toukokuun 22. päivänä 2008 Francoeur pelasi New York Metsiä vastaan 3/4 RBI-triplalla, RBI-singlellä ja kahden juoksun kunnarilla, ja viimeisteli tuplan vajaan kierroksen.
Viikkojen jälkeen, kun hän oli ollut uransa pahimmassa lamassa, Bravesin johto siirsi Francoeurin Double-A Mississippiin heinäkuun 4. päivänä 2008 työskentelemään vanhan lyömävalmentajansa, Phillip Wellmanin, kanssa ja hiomaan swingiään pois paineistetun suurliiga-asetelman tieltä. Francoeur oli tuohon kauden vaiheeseen mennessä tehnyt tehot .234/.287/.374. Francoeur kutsuttiin takaisin 7. heinäkuuta 2008, kun hän oli ollut vain kolme päivää alaikäisten joukossa Bravesin loukkaantumisten takia lomaviikonlopun aikana. Hänen notkahduksensa jatkui hänen palattuaan pääsarjaan; Francoeur kirjasi .234/.300/.324-viivan syyskuun 10. päivään mennessä.
New York MetsEdit
10. heinäkuuta 2009 Francoeur kaupattiin New York Metsiin ulkokenttäpelaaja Ryan Churchia vastaan.
Francoeur teki debyyttinsä Metsissä 11. heinäkuuta 2009 ja merkkautti ensimmäisellä lyöntipelikerrallaan kaksi RBI:tä. Hän viimeisteli päivän 2-4, kaksi RBI:tä, yhden strikeoutin ja jäi kerran kiinni varkaudesta. Heinäkuun 20. päivänä Francoeur löi ensimmäisen kunnarinsa Metinä Washington Nationalsin syöttäjältä Logan Kensingiltä ottelun yhdeksännessä vuoroparissa.
Elokuun 23. päivänä 2009 Francoeurista tuli toinen pelaaja Major Leaguen historiassa (Homer Summan jälkeen vuonna 1927), joka löi ottelun päättävässä pelissä avustamattoman kolmoispelin. Hän löi suoraan Philadelphia Philliesin kakkospesämies Eric Bruntlettille. Francoeur teki Metsin kanssa uuden sopimuksen vuodeksi 2010.
Oltuaan kauden 2010 ensimmäisen puoliskon ajan Metsin aloittava oikea kenttäpelaaja, Francoeur korvattiin Ángel Pagánilla, jotta Carlos Beltránin paluulle saatiin tilaa toisella puoliskolla.
Texas RangersTiedoksianto
31. elokuuta 2010 Mets vaihtoi Francoeurin Texas Rangersiin sisäpelaaja Joaquín Áriasiin. Francoeuria hyödynnettiin vuoden 2010 AL-mestarijoukkueessa lähinnä puolustustehtävissä.
Kansas City RoyalsEdit
Joulukuun 8. päivänä 2010 Francoeur allekirjoitti Kansas City Royalsin kanssa 2 dollarin arvoisen yhden vuoden sopimuksen.5 miljoonan dollarin sopimuksen, johon sisältyi molemminpuolinen optio kaudelle 2012.
18. elokuuta 2011 Francoeur sopi kahden vuoden jatkosopimuksesta Royalsin kanssa 13,5 miljoonan dollarin arvosta. Hänet määrättiin siirtoon 30. kesäkuuta 2013 lyötyään 59 ottelussa Royalsissa .208/.249/.322.
San Francisco GiantsEdit
Francoeur allekirjoitti pikkuliigasopimuksen Giantsin kanssa, 9. heinäkuuta 2013. Heinäkuun 13. päivä hänen sopimuksensa ostettiin Fresno Grizzliesilta. Francoeur määrättiin tehtäväksi 20. elokuuta ja vapautettiin 22. elokuuta. Giantsin 22 ottelussa hän kirjautti 12 osumaa, 4 RBI:tä, lyöden vain .194.
Cleveland IndiansEdit
Francoeur allekirjoitti 6. tammikuuta 2014 alaikäisliigasopimuksen Cleveland Indiansin kanssa. Organisaatio vapautti Francoeurin 22. maaliskuuta 2014.
San Diego PadresEdit
Francoeur allekirjoitti minor league -sopimuksen San Diego Padresin kanssa 26. maaliskuuta 2014. Hänet määrättiin Triple-A El Paso Chihuahuasiin ja hän löi joukkueen historian ensimmäisen kunnarin 3. huhtikuuta 2014. He harkitsivat hänen muuttamistaan syöttäjäksi, ja hän vietti osan ajastaan ala-asteella syöttäen. Lopulta hänet päätettiin kuitenkin pitää ulkokenttämiehenä. Hänet kutsuttiin kokoonpanoon ja hän oli aloituskokoonpanossa 23. heinäkuuta. Elokuun 11. päivänä Francoeur määrättiin luovutettavaksi. Hän selvisi waiversista ja siirrettiin takaisin Chihuahuasiin. Francoeur valitsi vapaan agentuurin lokakuussa 2014.
Philadelphia PhilliesEdit
13. marraskuuta 2014 Francoeur allekirjoitti minor league -sopimuksen Philadelphia Philliesin kanssa.16. kesäkuuta 2015 Francoeuria käytettiin helpotuskasvattajana 19-3-tappiossa Baltimore Oriolesille, heittäen ottelun ainoan pisteettömän sisävuoron. Hän kuitenkin luovutti kaksi juoksua seuraavassa vuoroparissa. Heinäkuussa hän alkoi menestyä sekä penkillä että aloituskokoonpanossa, mukaan lukien jakso, jonka aikana hän löi kolme kunnaria kahdeksassa pelissä. Vaikka hän ilmaisi haluavansa pysyä Philliesissä kauden 2015 ja ehkä jopa sen jälkeenkin, hänen pelinsä viittasi siihen, että hänet saatetaan siirtää lähelle kaupantekotilaisuuden päättymispäivää jonkun kilpailevan joukkueen ulkokentän vahvistamiseksi. Häntä ei kuitenkaan siirretty vaihtotakarajalla. Lopulta hän päätti kauden .258 lyöntikeskiarvolla, 13 kunnarilla ja 45 RBI:llä.
Paluu AtlantaanEdit
22. helmikuuta 2016 Francoeur sopi Bravesin kanssa minor-league-sopimuksesta, jossa oli kutsu kevään harjoituksiin. Maaliskuun 29. päivänä Braves osti Francoeurin sopimuksen.
Miami MarlinsEdit
Francoeur kaupattiin Miami Marlinsiin 24. elokuuta 2016 kolmen joukkueen kaupassa, jossa mukana oli Texas Rangers. Braves sai Rangersilta junioriliigan apupelaaja Dylan Mooren ja Marlinsilta junioriliigan sieppari Matt Foleyn.