Kupionichin mainitsee Mariano Bolizza vuonna 1614 kuuluneena Scutarin Sanjakiin. Se oli roomalaiskatolinen, siinä oli 60 taloa ja 130 aseistettua miestä, joita komensi Pecha Campersa.
Koplikin uskotaan perustaneen joskus 1300-luvulla Serbian tsaari Stephan Dushan.
Koplikin ollessa rajakaupunki, sillä on pitkä sotahistoria. Koplikin historiallinen merkitys on paljolti Malissori-heimojen ansiota. Heidän kiivas itsenäinen luonteensa takasi sen, että Koplik oli usein sotkeutunut sotiin ottomaaneja ja serbejä vastaan suurimman osan historiastaan. Kaupungissa on muistomerkki Koplikin taistelusta, joka tunnetaan myös nimellä Deçiqin taistelu, koska se käytiin sekä Koplikissa että Tuzissa. Taistelu oli seurausta Traboin-Hoti heimoon kuuluvan Ded Gjo Lulin johtaman malsori-heimon jäsenten kapinasta ottomaanien keisarillista valtaa vastaan. Taistelu oli kallis voitto malsoriheimolaisille. Ensimmäisen maailmansodan ja Malsia e Madhen kahteen osaan jakamisen jälkeen Tuzia ympäröivä alue annettiin Montenegron kuningaskunnalle, kun taas Koplikia ympäröivä alue säilyi albanialaisena, ja Koplikista tehtiin Malsia e Madhen alueellinen pääkaupunki. Osmanien miehityksen aikana monet kaupungin asukkaista kääntyivät islaminuskoon, vaikka Malësia e Madhen maaseutuväestö olikin edelleen pääasiassa katolilaista. Kommunistihallinto rajoitti voimakkaasti liikkuvuutta, mutta kommunismin kaatumisen jälkeen vuonna 1991 Koplikiin saapui runsaasti uusia asukkaita maaseudulta.
Koplik nostettiin vuonna 1984 kaupungin asemaan, ja 26. heinäkuuta 1992 pidettyjen ensimmäisten demokraattisten vaalien jälkeen Koplikille myönnettiin kunta.